馬超科
馬超科包括馬科Equidae，或者將早期類型單設古獸馬科Palaeotheriidae，是進化過程研究的最透徹的一個類群，常作為動物進化的典範。最早的馬類以始新世早期的始馬（始祖馬）Hyracotherium為代表，接近於奇蹄目的原始類型，與其它奇蹄目成員的早期類型基本相似，體小如狐或犬，前肢4趾，後肢3趾，牙齒不特化，為低冠丘狀齒，食嫩葉。早期類型的馬還有原古馬Propalaeotherium、古獸馬Palaeotherium等，均分布於北美洲和歐亞大陸。
森林三趾馬
其後的類型進化主幹在北美洲，而不同階段有些成員也進入歐亞大陸和非洲等地。較進步的馬類是森林三趾馬類，前肢只有3趾，比古獸馬類進步，但是牙齒仍然為低冠，食嫩葉。這一階段的馬可追溯到始新世北美洲的山馬Orohippus和後馬Epihippus，到漸新世的中馬Mesohippus和細馬Miohippus已經大小如羊。這一階段的晚期類型被統稱為安期馬，其中有些成員體型很大，如巨馬Megahippus體型已接近現代的馬。安期馬類在中新世初期到達了歐亞大陸，並於中新世晚期滅絕，我國的中華馬Sinohippus是其最晚的代表。
草原三趾馬
中新世北美洲的另一支三趾馬齒冠開始增高，可以食草，被稱為草原三趾馬。這一類的早期代表是副馬Parahippus，體型和中馬類似，其後是草原古馬Merychippus，體型較大，3趾中的兩趾較小，只用1趾著地。草原古馬演化出非常多樣的類群，這些類群可以分成兩大類，一類保持著三趾馬的進化方向，另一類向著單趾的真馬方向進化。三趾馬方向以三趾馬Hipparion為代表，在中新世後期進入歐亞大陸和非洲，在上新世非常繁盛，成為了歐亞大陸和非洲動物群的主要組成。
一趾馬
北美的上新馬Pliohippus和恐馬Dinohippus是早期的一趾馬，恐馬演化成了真馬（馬屬）Equus，真馬是現存唯一的馬，在出現後不久就從北美洲進入歐亞大陸、非洲和南美洲，是更新世各地的主要馬類，但是更新世結束時，美洲的所有馬類均告滅絕，北美洲這個馬的演化中心不再有馬類，直到歐洲人將馬再次帶到美洲。
奇蹄目動物分類
| 界： 動物界（Animalia） | 門： 脊索動物門 （Chordata） | 綱： 哺乳綱 （Mammalia） | 亞綱： 獸亞綱 （Theria） | 下綱： 真獸下綱 （Eutheria） | 目：奇蹄目（Perissodactyla） | ||
| 目 | 亞目 | 科 |
| 奇蹄目（Perissodactyla）因趾數多為單數，第三趾最發達而得名。奇蹄目是處於衰退狀態的有蹄類，現存種類不多，且多數種類數量稀少，但是在史前時期曾經是最繁盛的有蹄類。現存的奇蹄目只有馬、貘和犀三類，可歸入馬型亞目和角型亞目（貘型亞目、犀型亞目），在史前時期每個亞目都有較多成員，其外還有已經滅絕的爪獸亞目。 | 馬型亞目（Hippomorpha ） | 馬科（Equidae） |
| 爪獸亞目（Ancylopoda） | ||
| 角型亞目（Ceratomorpha） | 貘科（Tapiridae） | 犀科（Rhinocerotidae） | |
