但是由於這裡是騰格里沙漠的南緣,風沙大,加上在晚清時期社會動亂,寺院荒廢,石窟逐漸被流沙埋沒。到了20世紀40年代末,僅存一個俗稱“九間無梁洞”的石窟和洞前的寺院了。九間無梁洞窟室寬敞宏大,進深7.3米,寬12.5,高20多米。里壁並列著三個佛像,東西兩邊各置佛壇。雖然造像已殘損,但這些明代的彩塑仍然顯得非常精緻;壁面有彩繪的佛教故事,窟頂有彩繪圖案,描繪細膩。
石窟始建於何時,有待考察。而明代有“元故寺”的稱謂,說明石空寺起碼在元代就有了。現在,經過十多年的挖掘,清除淤沙,大部分的石窟和寺院遺址已重見天日。