歷史
黃龍山在慧南影響下，其後高僧輩出，慧南得法弟子83人，皆為名山大寺的住持，其中黃龍祖心、寶峰克文、東林常總三禪師門葉繁茂，時稱黃龍三系，有“鹿野狐園，眾千二百神僧”之說，其影響傳遍海內外，而且這些高僧與朝庭權貴如宰相王安石、張商英和權臣徐俯、韓駒及名儒三蘇父子，黃庭堅、楊時等相交甚厚，其中黃庭堅、蘇軾、張商英更是黃龍寺的大居士、方外大弟子，黃龍宗也正是在他們的扶持與倡導下風行全國。
在黃龍宗風的巨大影響下，高麗國師坦然欣然奉佛，皈依在黃龍五世育王介諶門下，坦然嗣王位後黃龍宗在朝鮮傳播日廣；
宋淳熙十四年（1187年），日本僧榮西到中國天台山萬年寺從黃龍宗第八世虛庵懷敞受法，宋光宗紹熙二年學成回國，即被升為僧正，由此黃龍宗傳入日本。榮西在日本大倡黃龍學術，首創日本禪宗，使黃龍後裔遍布日本全國，至21世紀還有黃龍宗支派15個。
黃龍宗通過日、韓傳至東南亞，又從東南亞遠播歐洲、美洲等地，使黃龍宗成為信徒遍布全球、影響遍及世界的大宗派，在佛教界有著深遠而廣泛的影響，宋明理學大家周敦頤曾自道“吾此妙心實啟黃龍”之讚譽。
至明代，黃龍寺亦盛，萬曆年間第47代禪師盛庵入主黃龍寺，宗風遠振，盛奄於萬曆三十八年將殿宇寮房田產等分東、西兩序，兩相併舉，共振宗風。
清代康熙年間，冰鑒禪師入主黃龍寺後，創佛印、教誨、南禪三院，開堂說法，至門下受法者“多至五百眾”，鼎盛一時，至清末，已傳70餘代。
禪學
慧南在黃龍“傳石霜之印，行臨濟三命”，創“生緣”、“佛手”、“驢腳”三關，開看話禪之先河。“黃龍三關”的創設，從平常入手，步步為營，層層深入，環環相扣，啟發學人，跳出窠臼，掃除執解，展示了慧南禪師所開創的險絕凌厲的禪風，也體現出其提攜後學、造就僧才的婆心。
北宋詩人黃庭堅把慧南禪師的“三關”之法比作大熔爐，贊之“自為爐而熔凡聖之銅”，讚譽慧南“真叢林主也”。
祖庭
黃龍宗唐、宋曾三次（即光化二年（899）、元佑元年（904）、祥符八年（1015））旌表超慧和黃龍寺為“黃龍大德祖師”、“黃龍祖師”與“崇恩黃龍禪院”，故有“三敕崇恩禪院”之稱。
至21世紀初存有眾多歷史遺蹟，如遍布寺周的僧墳及摩崖石刻，著名的景觀“九關十三鎖”在寺正前方。
奠基1939年黃龍寺被日軍飛機投彈炸中，雄偉的大雄寶殿毀於一旦，至1968年拆毀最後一座觀音佛堂，黃龍寺建築全部毀滅。
2012年11月26日，江西省內外的高僧大德和黃龍寺新任主持心廉法師共同為黃龍寺重建重光奠基，並舉行了黃龍祖師祭拜祈福法會。該地政府以重建黃龍寺為契機，啟動黃龍寺禪文化生態園建設，計畫將其打造成朝佛、祈福、禪修、商務、休閒、度假等於一體的國際性禪文化藝術中心，以帶動地方旅遊、生態農業、文化藝術等方面的綜合發展。
創始人
慧南俗姓章，江西玉山縣人。其“童齡深沉，有大人相，不茹葷，不嬉戲。”11歲時出家，19歲時受具足戒。先拜靖安縣寶峰寺雲門宗懷澄為師，後學衡山福嚴寺臨濟宗石霜慈民，先後住持永修同安寺、廬山歸宗寺，晚年住持黃龍寺至圓寂。
慧南在黃龍創立三關，贏得“三關陷虎，坐斷十方”之美名，自成黃龍一宗，名動天下，聲振叢林，被奉為一代宗主、黃龍祖師。
影響
黃龍派高僧如慧南、祖心、死心、靈源以及居士潘興嗣、周敦頤、蘇軾、蘇轍、黃庭堅、王安石、張商英等人，都是禪宗史乃至中國文化史上舉足輕重的人物。黃龍宗又是最早傳往日本，並對日本禪宗形成巨大影響的流派，至今擁有眾多的信徒。
黃龍宗等禪宗之風在中國思想，文化史上的意義不可低估。禪宗對人們的價值觀念、人生理想、生活情趣都起到了一些微妙的變化；黃龍宗於後世不斷衍變發展，特別是明清年間把深奧的易經完全引入生活中套用，結合“觸目是道”的思想把天道自然引入禪境，其以禪為體，以道為質，以易為用的黃龍文化頗具盛名。
禪悅之風使禪家於生活日用中修行的思想，迅速擴散到各種文化領域，影響宋以後的文化精神、藝術觀念。中國文化史近千年以來，始終貫穿一條追求禪境、禪味的發展線索，即是這種影響的結果。
