雷州珍稀水生動物自然保護區是我國大陸沿海保護最完好、生態類型最為豐富的熱帶典型生態系統之一。是中國受人類活動影響較少的近岸典型,其核心區至今基本處於原始狀態。現該保護區已批准為國家級保護區。
保護區已記錄的559種大型水生動物種類中,有儒艮和中華白海豚2種國家一級保護動物,有大珠母貝、白氏文昌魚、綠海龜等9種國家二級保護動物,共有30種水生動物受到國家法律或國際公約保護,還有列入中國瀕危物種紅皮書和世界自然保護聯盟紅皮書的極危、瀕危、易危物種名錄40種,是我國最為重要的熱帶近海珍稀水生動物的避難所。
中華白海豚是目前世界範圍內最為瀕危的一類海洋生物,也是我國海洋鯨豚中唯一的國家一級保護動物,被譽為“海上國寶”。雷州灣海域水質良好,水生物豐富,成為對水質特別敏感的中華白海豚活動、棲息的場所,近年來每每出現大群中華白海豚在該海域游弋。是目前國內第五處中華白海豚最健康種群區。大珠母貝,又稱白蝶貝也是南海特有的珍珠貝種,是世界稀有的最大最優質的珍珠貝。它被列入《我國現階段不對國外交換的水產種質資源名錄》,任何單位和個人不得對外提供這類物種,包括成體、幼苗和卵等。1983年,廣東省人民政府批准在雷州市北部灣海面劃設白蝶貝自然保護區,管轄面積47333公頃,位於國家一級漁港企水港至省一級漁港烏石港之間。2000年,又經省政府批准成立雷州白蝶貝省級自然保護區管理處,主要保護對象白蝶貝亦稱大珠母貝,現為國家二級野生保護動物。此外還保護本區內的黑蝶貝、馬氏珠母貝、企鵝珍珠貝、華貴櫛
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