雲南大學現代生物學研究中心

雲南大學現代生物學研究中心是在跨世紀生命科學研究重點——人類基因組計畫(HGP)提出並付之實施的背景下,結合我國“中華民族基因組若干位點的研究”計畫的戰略選擇,經充分的學術論證,雲南大學於1993年6月正式批准成立的獨立科學研究實體。

中心簡介

雲南大學現代生物學研究中心是在跨世紀生命科學研究重點——人類基因組計畫(HGP)提出並付之實施的背景下,結合我國“中華民族基因
組若干位點的研究”計畫的戰略選擇,經充分的學術論證,由學校批准於1993年6月正式成立的獨立科學研究實體。中心成立後,即瞄準國家目標,定位於21世紀生命科學研究的重點之一“基因組信息結構及其複雜性”,以基礎研究只有第一的指導思想,在“有所為”的領域,確立了研究方向和研究目標。
現代生物學研究中心招收生物物理學博士生和生物化學與分子生物學碩士生,在結構分子生物學、理論生物學和生物信息學主要方向,開展具有學科交叉特色的基礎研究工作。至今,承擔國家自然科學基金10項,省級基金11項。發表學術論文近200篇,其中SCI刊物論文87篇。參加國際、國內學術會議18人次,其中有兩次香山科學會議。獲中國科學院自然科學獎三等獎1項,獲雲南省科學技術獎(自然科學類)一等獎1項,獲雲南省科學技術獎三等獎3項。中心教師為研究生、本科生開設有“結構分子生物學”、“生物信息學”等課程。
現代生物學研究中心,在重視和理解分子生物學“中心法則”所包含的線性遺傳信息流基礎上,更致力於探討真實的非線性的生物系統中遺傳信息流的更高級傳遞與表達方式。

期刊論文

(題錄末帶*者為SCI收錄,有51篇)
XiaoguangXie,XuemeiGao,ShixiLiu,huaiCao,ShushanDai,ThenatureofbondinginPtCandPtN,ChineseChemicalLetters,2001,12(6):541~544*
XuemeiGao,ShixiLiu,XiaoguangXie,HuaiCao,ShushanDai,ThenatureofbondinginWCandWN,ChineseChemicalLetters,2001,12(7):655~658*
張曉林,和麗忠,陳錦玉,樊永言,曹槐,劉世熙,程輝斗,溫永琴,張曉海,李金培王紹坤,土壤-烤菸礦質營養元素相互關係的主組分分析,土壤學報,2001,38(2):193~203
劉世熙,栗暘,曹槐,謝小光,劉次全,核酸四鹼基體的量子化學計算方法比較,結構化學,2001,20(4):313~318*
曹槐,張曉林,劉世熙,和麗忠,陳錦玉,樊永言,烤菸礦質營養分布的因子分析,植物營養與肥料學報,2001,7(3):318~324
XiaoguangXie,SongYe,ShixiLiu,HuaiCao,NanhuaShi,Theoreticalstudyonthereactionofthegroundstate1+ofScS+withoxygen-transferreagent:ScS++H2O→ScO++H2Sinthegasphase,J,Mol.Struct.(THEOCHEM),2002,579:85~90*
馬莎,尹家元,曹槐,余定學,周俊傑,張鄞,滇池水中鋁的形態分布初探,岩礦測試,2002,21(2):120~124
栗暘,劉世熙,曹槐,微波消解、流動注射-氫化物發生原子螢光光譜法測定三七中硒含量,光譜實驗室,2002,19(2):209-212
高旭紅,劉紅,劉世熙,曹槐,新疆野麻主產區土壤若干鹽鹼成分的化學計量學分析,雲南大學學報(自然科學版),2002,24(3):218-222
柳維波,曹槐,劉世熙,劉次全,七種不同抗冷性植物甘油-3-磷酸醯基轉移酶的mRNA二級結構研究,雲南植物研究,2002,24(4):462~469
周春,曹槐,劉世熙,劉次全,奇妙的核糖體,生命的化學,2002,22(3):275~276
劉世熙,栗暘,曹槐,劉次全,主成分分析方法在核酸鹼基量子化學計算數據處理中的套用,化學研究與套用,2002,14(3):293~295.
XiaoguangXie,ZhenWang,SongYe,YongmingZhou,HuaiCao,NanhuaShi,Theoreticalstudyonthereactionofthegroundstate1+ofLaS+withoxygen-transferreagent:LaS++H2O→LaO++H2Sinthegasphase,Chem.Phys.Letters,2002,354:134~139*
XiaoguangXie,SongYe,HuaiCao,YongmingZhou,NanhuaShi,Theoreticalstudyonthereactionofthegroundstate1+ofYS+withoxygen-transferreagent:YS++H2O→YO++H2Sinthegasphase,J.Mol.Struct.(THEOCHEM),2002,589:37~42*
栗暘,劉世熙,尹家元,對磺酸基苯基亞甲基若丹寧光度法測定環境水樣中的汞,光譜實驗室,2002,19(1):98-100
X.F.Shi,S.X.Liu,J.G.Xiangyu,Y.P.Zhang,J.F.Huang,S.Q.Liu,C.Q.Liu,StructuralanalysisofhumanCCR2bandprimateCCR2bbymolecularmodelingandmoleculardynamicssimulation,JournalofMolecularModeling,2002,8:217~222*
HaoZhang,Ci-QuanLiu,RNAStudio,afull-featuredobject-orientedprogramforvisualizingRNAsecondarystructure,J.Mol.GraphicsandModelling,2002,21:1~2*
XieJ,LiuCQetal.,RecentAdvanceintheStudyofintein,Prog.Biochem.Biophys.,2001,28:184-187*
LiuSQ,LiuCQ,TheSpacialOrientationandInteractionofmRNAandtRNABoundtoRibosome,ChineseScienceAbstracts,2001,7:368-371
LiXQ,LiuCQ,APossibleModeoftheSpecificRecognitionofNucleicAcidsbyProteins,ChineseScienceBulletin,2001,46:930-934*
ShiXF,HuangJF,LiangCR,LiuSQ,XieJ,LiuCQ,IsThereaCloseRelationshipbetweensynonymousCodonBiasandCodon-AnticodonBindingStrengthinHumanGenes?ChineseScienceBulletin,2001,46:1015-1019*
XieJ,HuangJF,ShiXF,ShaoD,LiuSQ,LiangCR,LiuCQ:AnalysisoftheIntein’sEvolution,Prog.Biochem.Biophys.,2001,28:396-399*
ZhangJ,ShiXF,LiuCQ:SecondaryStructureofYeastGenomicdownstreamRegionandPolyadenylationSignals,Prog.Biochem.Biophys.,2001,28:523-527*
HuangJF,LiuCQ:ProteinTyrosinePhosphataseFamiliesResultedfromGeneDuplication,Fusion,HorizontalTransferandCircularPermutation,Amer.J.HumanGenetics,2001,69:349*
LiuCQetal.,mRNAMayCarrySpatialGeneticInformation-ThenTopologicalConfigurationofmRNAAffecttheInitialStructureofnascentPolypeptides,Amer.J.HumanGenetics,2001,69:362*
LiuSQ,YangJ,BaiCL,LiuCQ,SystemAnalysisoftheEnergiesoftheTripleBaseTriplets,Amer.J.HumanGenetics,2001,69:681*
LiuSX,LiY,CaoH,XieXG,LiuCQ,ComparisonofQuantumChemistryCalculationMethodsofNucleicAcidBase-Quartets,2001,J.Struct.Chem.,20:313-318*
LiuSQ,YangJ,LiuCQ,AnalysisoftheEnergiesoftheTripleBaseTriplets,JournalofMolecularStructure(THEOCHEM),2002,578:199-207*
LiuSQ,YangJ,BaiCL,LiuCQ,TheComparativeAnalysisoftheEnergiesofConjugatedTripleBaseTripletsandTheirApplications,JournalofMolecularStructure(THEOCHEM),2002,578:215-219*
LiuSQ,LiuCQ,TheTopologicalConfigurationandConformationalAnalysisofmRNAinTranslation,ChineseScienceBulletin,2002,47:25-29*
LiangCR,LiuCQetal.,TheDefinitionsontheKinkingofRNAhelicesInducedbyBulgeLoops,JournalofMolecularStructure(THEOCHEM),2002,617:63-67*
HuangJF,LiuCQ,IdentificationofProteinSuperfamilyfromStructure-BasedSequenceMotif,ChineseScienceBulletin,2002,47:591-595*
ShiXF,HuangJF,LiuCQetal.,TheFeaturesofSynonymousCodonBiasandGC-ContentRelationshipinHumanGenes,Prog.Biochem.Biophys.,2002,29(3):411-414*
LiangCR,LiuCQ,DynamicsofRNAWithA6BulgeLoop,ChineseScienceBulletin,2002,47:1003-1006*
XiaoguangXie,NanhuaShi,SongYe,HuaiCao,Theoreticalstudyonthereactionofthe1+groundstateofScS+withoxygen-transferreagent:ScS++COS→ScO++CS2inthegasphase,Chem.Phys.Letters,2003,368:195~201*
HuaiCao,XulinPan,CongLi,ChunZhou,FangyiDeng,TaohongLi,Densityfunctionaltheorycalculationsforresveratrol,Bioorg.Med.Chem.Letters,2003,13:1869~1871*
XiaoguangXie,SongYe,NanhuaShi,YongmingZhou,HuaiCao,Theoreticalstudyofthereactionofthe1+groundstateofMS+(M=Sc,Y,La)withoxygen-transferreagent:MS++CO→MO++CSinthegasphase,Int.J.QuantumChem.,2003,92:478~483*
JingZhang,JunHu,XiufangShi,HuaiCao,WeiboLiu,Detectionofpotentialpositiveregulatorymotifsoftranscriptioninyeastintronsbycomparativeanalysisofoligonucleotidefrequencies,Comput.Biol.Chem.,2003,27:497-506*
栗暘,劉世熙,曹槐,萬玉萍,衛生檢驗中汞分析方法的研究進展,中國公共衛生,2003,19(11),1390~1392
馬莎,何蓉,王琳,尹家元,曹槐,雙波長分光光度法同時測定灌木飼料中的鐵和鋁,分析實驗室,2003,22(1):69-71
李曉琴,羅遼復,劉次全,同義密碼子的反常蛋白質二級結構偏好性,中國生物化學與分子生物學報,2003,19(4):441~444
潘蓄林,曹槐,李聰,周春,鄧芳軼,維生素E類化合物抗氧化活性的理論分析,化學研究與套用,2004,16(1):27~29.
宋仲容,李樹偉,曹槐,四苯駢卟啉金屬配合物軸向配位的熱力學性質研究,化學研究與套用,2004,16(2):259~260
周春,王傳銘,潘蓄林,曹槐,內含子研究與真核生物基因工程設計,自然雜誌,2004,26(1):35~39
馬莎,尹家元,曹槐,王琳,鄰苯二酚紫與鋁的雙峰雙波長光度法研究,理化檢驗-化學分冊,2004,40(2):98~99
XiaoguangXie,AbrahamF.Jalbout,HuaiCao,Theoreticalstudyonthereactionofthe1+groundstateofScS+withoxygen-transferreagent:ScS++CO2→ScO++COSinthegasphase,Chem.Phys.Letters,2004,386:111~117*
潘珉,王傳銘,劉次全,穩定的RNA髮夾結構在人類88個mRNA編碼區的分布,自然科學進展,2004,14(7):749-754*
王傳銘,王昕,曹槐,劉次全,RNA的歷史與未來,生物學雜誌,2004,21(3):1~4
潘珉,曹槐,劉次全,rRNA——行使核糖體功能的主體,生命的化學,2004,24(3):200~202
李濤洪,宋仲容,李聰,潘蓄林,槲皮素的分子結構最佳化,雲南大學學報(自然科學版),2004,26(3):245~250
李濤洪,宋仲容,潘蓄林,李聰,曹槐,槲皮素抗氧化活性構效關係的DFT研究,雲南大學學報(自然科學版),2004,26(3A):46~50
王傳銘,潘蓄林,李聰,周春,李濤洪,曹槐,木食子酸類化合物抗氧化活性的理論研究,雲南大學學報(自然科學版),2004,26(3A):51~57
王傳銘,潘蓄林,李濤洪,潘珉,周春,曹槐,新酶素B的結構特徵及其與HIV-1RRE結合能力的關係,雲南大學學報(自然科學版),2004,26(3A):100~104
周春,王昕,潘蓄林,曹槐,前體mRNA內含子5’剪接位點的二級結構與U1snRNP模型分析,雲南大學學報(自然科學版),2004,26(3A):136~142
王傳銘,潘珉,曹槐,RNA摺疊,自然雜誌,2004,26(5):249~254
劉次全,第三遺傳密碼,著作:《21世紀100個交叉科學難題》,科學出版社,2004.10,北京
劉海桑,劉次全,一種新的棕櫚科棗椰屬的種的檢索方法兼評《海棗引種栽培初探》,浙江林業科技,2004,24(6):37~40
劉海桑,嚴防椰心葉甲椰棕象蟲兩大殺手,雲南農業,2004,(12):12~13
張旭東,劉次全,蛋白質的摺疊,《科學家講科學》,北京理工大學出版社,2004.6,北京
劉世熙,岳斌譚德軍,趙棟,許靜玉,金松林,范康年,賀鶴勇,六聚同多酸陰離子M6O19n-電子結構和化學性質的密度泛函理論研究,化學學報,2004,62(17):1579~1584*
PanM,WangCM,LiuCQ,StableRNAhairpinsin88CodingRegionsofHumanmRNA,ProgressinNaturalScience,2004,14:960-965*
MengwenJia,LiaofuLuo,CiquanLiu,StatisticalCorrelationBetweenProteinSecondaryStructureandMessengerRNAStem-LoopStructure,Biopolymers,2004,73:16~26*
ShuqunLiu,XiufanShi,CiquanLiu,ZhirongSun,CharacterizedynamicsconfoamationalspaceofhumanCCR5extracellulardomainbymolecularmodelingandmoleculardynamicssimulation,J.Mol.Struct.,THEOCHEM,2004,673:133~143*
劉次全,三維遺傳信息和第三遺傳密碼,《科學文化評論》,2005,2(1):94~106
HuaiCao,Wei-XianCheng,CongLi,Xu-LinPan,Xiao-GuangXie,Tao-HongLi,DFTStudyontheAntioxidationActivityofRosmarinicAcid,J.Mol.Struct.THEOCHEM,2005,719:177~183*
Tao-HongLi,Xiao-GuangXie,Shu-LinGao,Chuan-MingWang,Wei-XianCheng,Xu-LinPan,HuaiCao,DFTstudyonthereactionofneutralTiandNiatomswithCS2,JournalofMolecularStructure:THEOCHEM,2005,724:125~133*
CAOHuai,LITao-Hong,LICong,PANXu-Lin,SONGZhong-Rong,XIEXiao-Guang,TwoPhenolicDiterpenesasAntioxidants,ChineseJ.Stru.Chem.,2005,24:219~255*
KunlinZhang,JingchuLuo,CiquanLiu,AnExploreofConsensusmRNASecondary(folding)StructureUnitsbyStochasticSamplingandFoldingSimulation,J.Mol.Struct.THEOCHEM,2005,715:15~20*
WeiZhou,Xue-FengChen,Kun-LinZhang,Ci-QuanLiu,Studiesonthecommonhairpinandtheirstabilitiesin88humanmRNAsduringthedynamicfoldingprocess,JournalofMolecularStructure:THEOCHEM,2005,722:41~50*
XudongZhang,XinWang,Ci-QuanLiu,Moleculardockingand3D-QSARstudyofpyranmycinsderivativesagainst16SrRNAA-site.JournalofMolecularStructure:THEOCHEM,2005,730:85~94*
G.A.Ayoko,A.K.Hodges,S.Ede,Y.Ni,C.Huai,andS.Kokot,“PredictingCoronaryHeartDisease:Applicationofchemometricsmethods”,Proceedings(refereed)Vol.6,132~137,9thWorldMulti-conferenceonSystemics,CyberneticsandInformatics,July10-13,Orlando,Florida(USA),2005(E1).
劉海桑,鶴望蘭的高產制種技術,種子,2005,24(3):90~91
張春娟,曹槐,C肝病毒內部核糖體進入位點IIId區域及其適配體的髮夾結構,生命的化學,2005,25(6):466~468
劉次全,理性面對基因和基因組,《科學文化評論》,2005,2(5):102~109
劉次全,mRNA解摺疊的鏈構象與新生肽鏈構象相關性的探索,自然雜誌,2006,28(1):31~36
ShixiLiu,BinYue,KunJiao,YanZhou,HeyongHe,Templatesynthesisofone-dimensionalnanostructuredspinelzincferrite,MaterialsLetters,2006,60:154~158*
HuaiCao,WeixianCheng,TaohongLi,XulinPanandCiquanLiu,StructuralCharacteristicsoftheNucleotidesPairinginRNAs:PrincipalComponentAnalysis,InternetElectronicJournalofMolecularDesign,2006,6(12):570~584,http://www.biochempress.com.*(2006.12.21線上發表)
TaohongLi,WeixianCheng,JisongLiu,XiaoguangXie,HuaiCao,Acomputationalstudyonthereactionofyttriumwithketene,J.Mol.Struct.THEOCHEM,2006,761:83~88*
高旭紅,文孟良,曹槐,李一青,李銘剛,幾種化學計量學方法在放線菌及其次生代謝產物抗腫瘤活性篩選中的套用,化學學報,2006,64(11):1163~1168.*
王侃,劉次全,曹槐,陳雪峰,大腸桿菌mRNA編碼區長度、形成二級結構傾向與密碼子偏好性的關係,微生物學報,2006,46(6):895~899.
程偉賢,陳鴻雁,張義平,馮宇,曹槐,古昆,余甘子功能食品的開發及其類SOD活力測定,食品與生物技術學報,2006,25(4):113~115.
程偉賢,李濤洪,曹槐,激發態Ti+與丙炔醇氣相反應理論研究,化學學報,2007,65(1):77~80.*
張春娟,曹槐,適配體的研究進程與思考,雲南農業大學學報,2007,22(4):582~586.
周瑋,劉齊元,陳雪峰,劉飛虎,曹槐,劉次全,與菸草細胞質雄性不育相關的線粒體基因atp9的mRNA研究,廣西植物,2007,27(1):114~120.
程偉賢,陳鴻雁,張義平,馮宇,李濤洪,曹槐,D-苯丙氨酸與Cu+氣相反應理論研究,化學學報,2007,65(18):1956~1964.*
張春娟,曹槐,HCV內部核糖體進入位點區域Ⅲd與其RNA適配體相互作用模型構建,第五屆全國化學生物學學術會議論文摘要集,p.96,2007年8月,中國,昆明.
馮宇,張旭東,程偉賢,曹槐,劉次全,Tobramycin與16SrRNAA位點複合物的分子動力學模擬,高等學校化學學報,2007,28(11):2156~2161*
周文彥,曹槐,圖論在RNA二級結構中的套用,生物信息學,2008,6(3):138~141
ZHANGSuXia,WANGXin,CHENXueFeng,CAOHuai,ZHANGWenandLIUCiQuan,SecondarystructuralanalysisofthemRNAregionsen-codingthehemagglutinincleavagesitebasicaminoacidsoftheavianinfluenzavirusH5N1subtypesam-ples.ChineseScienceBulletin2008,53(3):377~383.*
柳樹群,符雲新,劉次全,不同構象狀態HIV-1gp120分子運動特徵及構象轉換能力研究,科學通報,2007,52(21):2494~2506.*
LIUShuQun,FUYunXin,LIUCiQuan,MolecularmotionsandconformationaltransitionbetweendifferentconformationalstatesofHIV-1gp120envelopeglycoprotein.ChineseScienceBulletin,2007,52(22):3074~3088.*
Hai-SangLIU,Ci-QuanLIU,RevisionoftwospeciesofAraucaria(Araucariaceae)inChinesetaxonomicliterature.JournalofSystematicsandEvolution,2008,46(6):933~937.*
曹槐,郭晨,李虹,路帆,方平,趙文嵩,楊紅梅,蘇少明,文雲波,一種新的海洛因毒源判別方法及其軟體使用.計算機與套用化學,2008,25(11):1329~1333.
肖傳樂,曹槐,基於流行學習的基因表達譜數據可視化.生物信息學,2009,7(1):47~51.
曹槐,路帆,李虹,練榮業,趙文嵩,李麗莎,趙郁榮,楊紅梅,馮宇,不同來路海洛因近紅外光譜的支持向量機模式識別.計算機與套用化學,2009,26(3):287~291.
HuaiRenPan,HaiJunZhu,ZhongRongSong,XuDongZhang,HuaiCao,MolecularmodelingofepsilonRNAfromhepatitisBvirus.ChineseChemicalLetters,2009,20(10):1263-1266.*
HuaiCao,Hua-ZhenXie,WenZhang,KanWang,WeiLi,Ci-QuanLiu,Dynamicextendedfolding:modelingtheRNAsecondarystructuresduringco-transcriptionalfolding.J.Theor.Biol.,2009,261(1):93-99.*
Xiao-ZhouChen,HuaiCao,WenZhang,Ci-QuanLi,CardioviralRNAstructurelogoanalysis:entropy,correlations,andprediction.J.Biol.Phys.2010,36(2):145~159*

獲 獎 項 目

劉次全,“三鏈DNA結構模型和能力學的理論生物學研究”,雲南省人民政府,二○○○年度雲南省科學技術獎(自然科學類)一等獎,2001
曹槐,張曉林,楊麗霞,劉世熙,宋仲容,“微量元素與膽固醇的相互作用及與冠心病的關係”,雲南省人民政府,二○○○年度雲南省科學技術獎(自然科學類)三等獎,2001
張曉林,張曉海,和麗忠,潘艷華,楊益紅,曹槐,陳錦玉,“長期大量施用化肥對土壤微結構和烤菸品質的影響研究”,雲南省人民政府,二○○三年度雲南省科學技術獎(科技進步類)三等獎,2004
武怡,陳洪,李聰,歐靈澄,汪漢卿,古昆,曹槐,“低自由基低毒害捲菸的研究與開發”,雲南省人民政府,二○○五年度雲南省科學技術獎(科技進步類)三等獎,2006。

承 擔 課 題

曹槐,劉世熙,柳維波,周春,基因的信息結構研究,CME2002,中科院昆明動物所細胞與分子進化開放實驗室基金項目,2001年1月—2002年12月
劉次全,曹槐,劉世熙,柳維波,周春,鄧芳軼,mRNA髮夾結構及其單鏈構象的分子遺傳學的理論研究,30160036,國家自然科學基金地區項目,2002年1月-2004年12月
李聰,曹槐等,低自由基低毒害捲菸的研究與開發,2000YK-01,雲南省省院合作項目(負責理論計算),2000年10月—2004年10月
劉次全,曹槐等,真核生物mRNA與三維遺傳信息研究,90208018,國家自然科學基金重大研究計畫面上項目,2003年1月—2006年12月
劉次全,曹槐等,從mRNA到蛋白質三維遺傳信息流機理的研究,90303018,國家自然科學基金重大研究計畫面上項目,2004年1月—2006年12月
作為參與單位和成員,已完成並結題驗收一個雲南省科技廳自然科學基金重點項目,兩個重慶市科委和重慶市教委科技研究計畫項目
7.三個橫向課題“海洛因毒源鑑定技術研究及系統開發”(雲南省公安廳2007)和“10mg以下焦油量高檔烤菸型捲菸技術研究”(雲南中煙工業公司2008),和“植煙土壤環境控制綜合技術研究”(雲南省菸草公司2009)

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