優點
雙水相系統是一個十分出色的方法，用以進行從粗製細胞濃縮物或其他混合物中萃取蛋白質/酶以及其他易變性生物分子的操作。此項技術經常在酶技術領域用於工業或實驗室生產酶。
雙水相系統提供了溫和的操作條件，可以不傷害或使得不穩定/易變性生物分子變性。 較用於溶劑萃取的水-有機溶劑系統來說，雙水相系統的界面應力（在兩層界面處）遠低於前者，使得被萃取的分子受到的傷害更小。 聚合物層穩定了被萃取的蛋白質分子，有利於在兩相中的一層中增加目標蛋白質濃度，達到更有效地萃取效果。 可以研發出一些特定的系統（藉由變化因素，例如溫度、聚合度特定離子的濃度）以促進特定化合物的富集到其中兩相中之一。有時，為了達到更好的萃取效果，可以同時搭配離子交換樹脂使用。 迅速達到相分離並分離出化合物。這使得在內源蛋白酶降解目標分子之前就完成對他們的萃取。 可以很易控制地放大這些系統，從實驗室規模的裝備到可以處理工業生產要求的裝備。實現他們可能需要使用連續蛋白質-萃取過程。 通過添加與目標酶配對的配體到聚合物上，可使得選擇特異性進一步提高。這會使得酶會優先結合到聚合物上，增加了萃取的效率。
缺點
然而有一個很大的劣勢就是涉及的材料費用，即為了達到萃取目的而所用到的高純度右旋糖酐。然而，其他低價的替代品，例如精製程度不那么高的右旋糖酐、羥丙基澱粉衍生物與高鹽溶液亦可被使用。
