隨機引物PCR

隨機引物PCR（arbitrarily primed PCR，AP-PCR）是指在對模板順序一無所知的情況下，通過隨意設計或選擇一個非特異性引物，在PCR反應體系中，首先在不嚴格條件下使引物與模板DNA中許多序列通過錯配而復性。在理論上，並不一定要求整個引物都與模板復性，而只要引物的一部分特別是3’端有3-4個以上鹼基與模板互補復性，既可使引物延伸。

理論基礎

理論上，一旦在兩條單鏈上相距一定距離且有反向復性引物存在，則可在Taq DNA聚合酶的作用下進行DNA片段的擴增，經1至數輪不嚴格條件下的PCR循環後，再於嚴格條件下進行擴增。經DNA測序凝膠電泳分離後，即可得到DNA指紋圖，通過對不同來源基因指紋圖之間的比較，即可反映出待分析基因組的特徵。

實例

例如AP-PCR在mRNA差異顯示中的運用，就是根據mRNA 3’端都有poly(A), 在poly(A)5’前1個鹼基除A外有3種（5’…TAA…A 3’; 5’…GAA…A 3’; 5’…CAA…A3’）。通過選擇一個與mRNA 3’端錨定引物(5’TT…TTG 3’) 在逆轉錄酶的作用下進行cDNA第一鏈擴增（反向轉錄），隨後加入一個 cDNA 3’端的任意引物與T12M(M代表A、G或C)在低復性溫度下進行第一個循環擴增。因此低復性溫度下3’端任意引物隨機地結合在cDNA第一鏈上，從而不同mRNA將得到不同大小的擴增產物，經變性聚丙烯醯胺凝膠分離得到不同的指紋圖譜。