名詞定義
廣義概念
廣義概念下的定量PCR技術可以分為五種類型：
1. 外參法+終產物分析 所謂“外參法”是指樣本與陽性參照在兩個反應容器內反應。這種類型沒有對樣本進行質控監測，易出現假陰假陽結果，沒有監測擴增效率，定量不準。
2. 內參法+終產物分析 所謂“內參法”是指樣本與陽性參照在一個反應容器內反應。這種類型對樣本進行質控監測，排除假陰結果，但是定量不準。
3. 外標法+過程監測 這種類型監測擴增效率，陽性樣本定量準，但是無法排除假陰結果。
4. 內參法+過程監測 由於樣本與陽性參照在一個容器內反應，用同樣的Taq酶和反應參與物，存在競爭性抑制，起始模板量濃度高的反應會抑制起始模板量濃度低的反應，所以定量不準。
5. 外標法+過程監測+內對照 這種類型監測擴增效率，陽性樣本定量準，同時排除假陰結果。這種類型是應該提倡的。 PCR過程的監測有多種檢測模式。最常用的有三種檢測模式，見下面檢測模式的內容。
狹義概念
狹義概念的定量PCR技術（嚴格意義的定量PCR技術）是指用外標法（螢光雜交探針保證特異性）通過監測PCR過程（監測擴增效率）達到精確定量起始模板數的目的，同時以內對照有效排除假陰性結果(擴增效率為零)。在國家沒有出台陰陽判定標準時，所用PCR系統靈敏度最好達到一個拷貝（一個病毒）。從理論上說，只要有一個拷貝數，樣本就算陽性；一個拷貝數都沒有才算陰性。
檢測模式
PCR過程的監測有多種檢測模式。最常用的有三種檢測模式：
⑴R Green I 檢測模式。溫度循環為94—55—72°C三步法，只有引物，無探針，螢光染料鑲嵌在雙股螺鏇鏈中間。通過對特定方向的強螢光檢測獲得信號，這種試劑檢測模式易產生非特異信號，且本底光較大。
⑵解探針模式（Taqman）Hydrolysis Probe。溫度循環為94—60°C二步法，不僅有引物，還有另外一個特異針對擴增模板的探針在引物對之間。在探針相鄰兩個鹼基上分別結合兩個螢光染料，一個染料接受激發光得到的能量傳給了第二個染料，接受能量的第二個染料通過發射特徵光子回到穩定態。當Taq酶在60°C延伸擴增鏈時，遇到探針，利用Taq酶5`—3`外切酶活性將探針水解成單個鹼基，單個鹼基之間距離較遠，第一個染料的能量無法傳給第二個染料，只好通過發射特徵光子回到穩定態，通過對溶液中第一個染料的螢光檢測獲得信號。這種試劑檢測模式增加了檢測信號的特異性，但是由於利用了Taq酶5`—3`外切酶活性，一般試劑廠家只給Taq酶的聚合酶活性定標，沒有同時給Taq酶5`—3`外切酶活性定標，不同批號試劑之間會給定量帶來差異。另外對探針的熔點溫度（Tm）僅要求其高於60°C，這就使不同試劑盒之間的特異性參差不齊，而且無法做質控檢測。
⑶雜交探針（Hybridization Probes）模式。溫度循環為94—55—72°C三步法，有引物，二個特異針對擴增模板相鄰的探針在引物對之間，在一個探針3`鹼基上結合一個螢光染料，在另一個探針5`鹼基上結合第二個螢光染料。在55°C時，兩個探針都剛好接合在模板上，第一個染料接受激發光得到的能量傳給了第二個染料，接受能量的第二個染料通過發射特徵光子回到穩定態，通過對結合在擴增模板上雙探針中第二個染料的螢光檢測獲得信號。這種試劑檢測模式中螢光信號與特定雜交溫度相關，探針的濃度始終保持不變，因此可以在擴增後檢測熔解曲線作為信號的特異性質控。另外這種試劑檢測模式可以用於點突變檢測。
組成步驟
RT-qPCR是由三個步驟組成：
1.反轉錄：依賴反轉錄酶將RNA反轉錄成cDNA;
2.擴增：用PCR的方法擴增cDNA;
3.檢測：實時檢測和定量擴增的產物.
關鍵點
RT-qRCR影響分析可靠性關鍵點（Key point):
1.分析結果依賴於模板的數量、質量以及合理的檢測方法設計
2.反轉錄反應的非標準化影響試驗的穩定性
3.數據分析應該高度客觀，如果不合理的分析，從分析結果中會得到混淆的錯誤結果，因此通過對RT-qPCR的每一組分進行質量評價以達到最小化變異性，最大化可重複性，而且還需要沿用一個通用的數據分析的指南。對基因表達分析的標準化的需要是與人類臨床診斷分析相適應的。
存在的問題
由於各個學術團體和科研機構使用不同的操作流程，必然導致大家使用不同定量的來源物以及數據分析：
1.新鮮、冰凍、甲醛固定的樣品
2.整個組織樣本，顯微切割樣本，單個細胞，組培細胞
3.總RNA或者mRNA
4.RNA反轉錄成cDNA的不同的引發策略
5.不同的酶以及酶的不同組合
6.變異係數、靈敏度
7.多類型的檢測化學方法，反應的條件，熱循環儀的分析以及匯報方式。
8.每一步驟缺乏標準化分析流程造成了在樣品的處理，內參的使用，歸一化的方法，質量控制等等因素嚴重影響RT-qPCR的可信度，重複性。
質量評價
RNA 定量的程式很多， 比較用了Ribogree,Agilent BioAnalyser,spectrophotometer,Nanodrop and the BioRad Experion 來定量同樣的樣品。結果顯示沒有哪兩種方法得到同樣的分析數據。所以用不同的方法進行定量是不明智的。因此，我們需要用統一套定量分析方法來完成所有RNA樣品的評價。
RNA 質量
RNA 質量主要包括RNA的純度（沒有蛋白質和DNA的污染）以及完整性。傳統的RNA質量的評價通過分析A260/A280的比值或者對瓊脂糖凝膠電泳rRNA的條帶的分析。Agilent Bioanalyser/BioRad Experion 微流體毛細電泳系統也是一種較新的分析方法。Agilent的2100也是一種十分好的分析RNA質量的方法，它通過分析18S以及28S rRNA的分析圖譜，通過圖譜來反應RNA的量和完整性，其完整性通過完整性係數（RIN）來反應。樣品的RINs在10-4之間。10代表完整的RNA，4代表沒有完整的rRNA帶。
由於以上的方法並非100%準確定反應mRNA的完整性，因為他們只是反應rRNA的量來間接測定mRNA的完整性。這裡推薦一種方法：採用GAPDH的3’：5’分析法。
我們使用oligo dT進行逆轉錄，然後對逆轉錄的cDNA用multiplex螢光定量評價。設計三個taqman探針來定量三種相同大小的擴增產物。探針設計的位點分別位於3’；5’以及中部。擴增產物的之間的比值反應RNA的完整性。如果3’；5’的比值在1，反應較高度完整性，如果高於5說明降解。
QRT-PCR抑制物的組成
QRT-PCR抑制物嚴重減少了PCR的靈敏度以及熱動力學反應，高度的抑制還導致假陰性的結果。
抑制物的來源：生物樣品的核酸抽提以及共沉澱中的混合物，鹽離子，尿素，血紅素，heparin以及IgG.
是否有抑制物的評價體系：
1.通過對目的樣品進行梯度稀釋進行PCR擴增效率的檢測
2.通過內部擴增對照來反應樣品處理過程中樣本的情況
3.用細菌檢測臨床樣品的抑制
4.通過標準人工合成的擴增進行RT-PCR來反應目標檢測物的抑制情況
反轉錄反應系統
1.RT和PCR單一酶系統
2.RT和PCR分離的酶系統
3.RNA逆轉錄引物的選擇
引物主要有三種：
1.隨機引物：隨機引物，特別是6nt引物對所有的靶位點不產生十分穩定一致的結果，建議使用15nt的隨機引物.
2.oligo-dT：只能用於mRNA完整的樣品，特別有polyA .而且對於一些特殊的變異體以及較長的3’UTR的區域比較困難
3.特異引物：最特異最靈敏的方法。特別RNA量足夠情況下建議使用此法。
最佳化
PCR最佳化主要有：
1.引物的濃度
2.建議使用SYBR Green I和EvaGreen 進行擴增和溶解曲線的測試
Real Time PCR操作流程操作流程：
I．靶的選擇和試驗設計
1.針對目的基因序列選擇合適的擴增片斷
查看以下三個網站是否有合適的已經證實的QRT-PCR的擴增引物，探針以及反應條件.
如果沒有合適的或者已經證實的可以提供參考，以下的設計方案僅供參考：
A.最廣泛使用的商業化的軟體C.如果Beacon Designer 無法得到您說需要的結果，或者獲得到設計方案的備選數目不夠的話，可以選擇的服務方案，詳細周到
D.一個免費的基於網頁構架的引物和探針設計程式： 您可以挑選其中的4-6對引物進行試驗，選擇引物的擴增效率和靈敏度高的.這個軟體可以直接與NCBI的網站進行比對，並且用NCBI的ePCR進行虛擬的電子PCR
引物設計簡介
DNA引物長度：15-25 個鹼基
GC含量：50%左右
如果引物的與AT區域富集結合，可以考慮用LNA替換幾個鹼基，較少引物的長度以及避免引物次級結構和3’端二聚體的影響.由於引物和模板和探針與靶點之間的分之間的相互競爭，分之內雜交，倒轉重複等等會引起引物的引發探針對結合效率達降低，因此我們選擇引物二聚體的△G為負值，即：<10 kcal/mol.沒有連續的G/C.
引物探針的保存一般遵循以下原則：
正向和反向引物保存在-20度，濃度為10mM 或者10×工作濃度.探針應該避光保存，貯存在-70度，最好以凍乾粉狀態，工作濃度的液體保存一般兩周左右。
2.輸入靶序列，用進行比對
3.檢查比對序列的多態性以及可能的錯誤避免這些區域來進行引物和探針設計
4.在靶序列中避免直接待重複區，在重複區進行雜交容易使得引物非獲得產物性結合，降低DNA的擴增效率以及減少分析的靈敏度。
5.考慮到潛在的剪接變異體以及合適的所需要的獲得到靶，通過學分析內含子以及外顯子的邊界，主要通過cDNA和基因組序列比對來確定。一般都設計跨最長內含子區，這樣減少了擴增子受到基因組DNA的污染的影響。這是十分有必要的，特別當用DNA做歸一化處理以及靶向某一特異的剪接變異體。最經濟的做法是讓下游引物跨越剪接接頭，這樣允許使用一條探針檢測可能剪接變異體.然後如果在有效性和靈敏度無法保證情況下，可以使用跨越單一外顯子的設計方案。我們還是建議試驗者用DnaseI處理樣品，除去gDNA的污染。
6.在RT步驟時，用工具檢測在特定溫度下靶序列的摺疊情況，避免一些高度次級結構的區域，那些區域探針和引物結合效率較低
