正文
第一條
為了進一步加強增值稅有關運輸發票抵扣憑證的管理，堵塞稅收漏洞，特制定本辦法。
第二條
凡增值稅一般納稅人（以下簡稱“納稅人”）取得運輸發票並應計算抵扣進項稅額的，均適用本辦法。
本條所稱取得運輸發票是指：
（一）納稅人外購貨物（固定資產除外）支付運輸費用而取得的運費結算單據；
（二）納稅人銷售應稅貨物而支付運輸費用所取得的運費結算單據（《中華人民共和國增值稅暫行條例實施細則》 第十二條所規定的不併入銷售額的代墊運費除外）。
第三條
運輸單位提供運輸勞務自行開具的運輸發票，運輸單位主管地方稅務局及省級地方稅務局委託的代開發票中介機構為運輸單位和個人代開的運輸發票準予抵扣。其他單位代運輸單位和個人開具的運輸發票一律不得抵扣。
第四條
納稅人取得所有需計算抵扣增值稅進項稅額的運輸發票，應根據相關運輸發票逐票填寫《增值稅運輸發票抵扣清單》（見本辦法附屬檔案），在進行增值稅納稅申報時，除按現行規定申報報表資料外，增加報送《增值稅運輸發票抵扣清單》。納稅人除報送清單紙質資料外，還需同時報送《增值稅運輸發票抵扣清單》的電子信息。未單獨報送《增值稅運輸發票抵扣清單》紙質資料及電子信息的，其運輸發票進項稅額不得抵扣。如果納稅人未按規定要求填寫《增值稅運輸發票抵扣清單》或者填寫內容不全的，該張運輸發票不得計算抵扣進項稅額。
增值稅運輸發票抵扣清單信息採集軟體由國家稅務總局統一開發，主管國稅局免費提供給納稅人。如果納稅人無使用信息採集軟體的條件，可委託中介機構代為採集。
第五條
納稅人取得的2003年10月31日以後開具的運輸發票，應當自開票之日起90天內向主管國稅局申報抵扣，超過90天的不得予以抵扣。納稅人取得的2003年10月31日以前開具的運輸發票，必須在2004年1月31日前抵扣完畢，逾期不再準予抵扣。
第六條
主管國稅局在納稅申報期內受理申報時，應對《增值稅納稅申報表附列資料（表二）》中第8欄“7%扣除率”的“金額、稅額”項數據與《增值稅運輸發票抵扣清單》中“合計”欄“允許計算抵扣的運費金額、計算抵扣的進項稅額”項數據進行核對，如不一致，退納稅人重新申報。
第七條
納稅申報期結束後，各地縣（市）級國稅局應將當期《增值稅運輸發票抵扣清單》匯總電子信息通過網路傳遞給上級稅務機關。
運輸發票信息的採集、傳遞、清分與比對等具體要求詳見《貨物運輸發票管理流程實施方案》。
第八條 對比對不符的先由稽查部門進行稽查，經查實後確有問題的按有關規定進行處理。稽查部門應將稽查、處理結果及時反饋管理部門。
第九條 本辦法自2003年11月1日起執行。
實施原因
2003年10月22日國家稅務總局制定和下發了旨在加強貨物運輸業稅收徵收管理的一系列規定，即《貨物運輸業營業稅徵收管理試行辦法》 、《運輸發票增值稅抵扣管理試行辦法》 、《貨物運輸業營業稅納稅人認定和年審試行辦法》和《貨物運輸業發票管理流程實施方案》，其中:國稅部門主要負責《運輸發票增值稅抵扣管理試行辦法》的貫徹和落實。這一系列政策規定的出台，主要目的是為了統一運輸企業的營業稅徵收管理，規範運輸發票的增值稅抵扣。根據增值稅政策規定，一般納稅人因購進貨物（固定資產除外）或銷售應稅貨物支付的運輸費用準予按7扣除率計算進項稅額扣除，這是國家為減輕一般納稅人的稅收負擔實施的一項稅收政策。但是在這一抵扣政策具體實施的過程中，一些不法分子利用國、地稅之間未及時互通運輸發票的開具和抵扣信息這一漏洞，虛開運費發票，騙抵增值稅稅款，造成國家稅款的流失。為遏制這一現象，打擊偷逃國家稅收的違法犯罪活動，防止稅款流失，國家稅務總局出台的上述“三個辦法和一個方案”，將通過國、地稅之間運費發票信息的互通，加強對運費發票開具和增值稅抵扣的有效管理，進一步規範稅收秩序，為守法經營、依法納稅的單位和個人創造一個公平競爭的市場環境。
主要內容
運輸發票增值稅抵扣管理試行辦法主要在以下幾個方面作了規定： 一是增加了增值稅納稅申報的附列資料。辦法規定增值稅一般納稅人取得用於進項抵扣的運輸發票時，應當填寫《增值稅運輸發票抵扣清單》，並在進行增值稅納稅申報時，一併報送該表（包括紙質報表和電子數據）。未報送該表的，納稅人的運費支出將不得用於進項抵扣。此外，稅務機關將對納稅人上報的《增值稅運輸發票抵扣清單》“合計欄”中填列的“允許計算抵扣的運費金額”和“計算抵扣的進項稅額”與《增值稅納稅申報表附列資料（表二）》中第8欄“7扣除率”的“金額、稅額”項數據進行核對，如不一致，將退回納稅人重新申報。 二是明確了運輸發票的抵扣時限。納稅人取得的2003年10月31日以前開具的運輸發票必須在2004年1月31日前抵扣完畢，逾期不再準予抵扣。
