貨物運輸發票的使用範圍
(1)自開票納稅人認定①從事貨物運輸的承包人、承租人、掛靠人和個體運輸戶不得認定為自開票納稅人；
②鐵路運輸、管道運輸、國家海洋運輸業務，裝卸搬運以及公路、內河客運業務的納稅義務人，不需要進行自開票納稅人資格認定。
(2)代開票情形
代開發票歸納：
①不符合自開票規定的納稅人(承包、承租、掛靠、個體運輸戶)；
②不需要辦理工商登記和稅務登記的單位和個人；
③取照後，辦理稅務登記前發生的運輸業務；
④未辦而補辦稅務登記之間發生的運輸業務。
(3)代開票的開具要求
代開票時需要徵收的稅種：營業稅、城建稅、教育費附加、企業所得稅。
(4)核定徵收中的代開票問題
①按照《試行辦法》的規定，對代開票納稅人實行定期定額徵收方法。凡核定的營業額低於當地確定的營業稅起征點的，不徵收營業稅；凡核定的營業額高於當地確定的營業稅起征點的，代開發票時按規定徵收稅款。
②單位和個人利用自備車輛偶爾對外提供貨物運輸勞務的，可不進行定期定額管理，代開票時對其按次徵稅。
③代開票納稅人實行定期定額徵收方法時，為避免在代開票時按票徵收發生重複徵稅，對代開票納稅人可採取以下徵收方法：
a.在代開票時按開具的貨物運輸業發票上註明的營業稅應稅收入按規定徵收(代征)營業稅、所得稅及附加。
b.代開票納稅人採取按月還是按季結算，由省級地方稅務局確定。
c.代開票納稅人在繳納定額稅款時，其在代開票時取得的稅收完稅憑證上註明的稅款大於定額稅款的，不再繳納定額稅款；完稅憑證上註明的稅款小於定額的，則補繳完稅憑證上註明的稅款與定額稅款差額部分。
(5)貨運發票的抵扣問題
①準予抵扣的貨物運費金額是指自開票納稅人和代開票單位為代開票納稅人開具的貨運發票上註明的運費、建設基金和現行規定允許抵扣的其他貨物運輸費用；裝卸費、保險費和其他雜費不予抵扣。貨運發票應當分別註明運費和雜費，對未分別註明，而合併註明為運雜費的不予抵扣。
②增值稅一般納稅人取得的貨物運輸業發票，可以在自發票開具日90天后的第一個納稅申報期結束以前申報抵扣。
貨運發票的作廢
對貨運發票的作廢的操作，《國家稅務總局關於使用新版公路、內河貨物運輸業統一發票有關問題的通知》(國稅發[2006]67號)規定為“在填開和列印時發現有誤的，可即時作廢，並在廢票全部聯次監製章部位作剪口處理，在領購新票時交主管稅務機關查驗”。納稅人需要注意的是，此項條款已經作廢，在以後進行貨運發票作廢操作時要遵照新規定。本次《通知》規定，在開具貨運發票的當月，發生取消運輸契約、退回運費、開票有誤等情形，開票方收到退回的發票聯、抵扣聯符合作廢條件的，按作廢處理；開具時發現有誤的，可即時作廢。
《通知》規定了作廢發票必須數據處理和紙質處理同步，作廢貨運發票必須在公路、內河貨物運輸業發票稅控系統(以下簡稱貨運發票稅控系統)開票軟體(包括自開票軟體和代開票軟體)中將相應的數據電文按“作廢”處理，在紙質貨運發票(含未列印貨運發票)各聯次上註明“作廢”字樣，全部聯次監製章部位作剪口處理，在領購新票時交主管稅務機關查驗。
作廢發票必須同時具有以下情形：
(1)收到退回發票聯、抵扣聯的時間未超過開票方開票的當月；
(2)開票方未進行稅控盤(或傳輸盤)抄稅且未記賬；
(3)受票方為增值稅一般納稅人的，該納稅人未將抵扣聯認證或認證結果為“納稅人識別號認證不符”(指發票所列受票方納稅人識別號與申報認證企業的納稅人識別號不符)、“發票代碼、號碼認證不符”(指機打代碼或號碼與發票代碼或號碼不符)。不符合條件的，不得進行作廢操作。
貨物運輸發票管理存在的問題及對策
近年來，利用虛假貨物運輸發票偷稅的犯罪行為越來越多。貨物運輸發票涉及國民經濟的各個角落，虛假貨物運輸發票大量泛濫，對國家稅收和法制，市場經濟的正常秩序，都會造成不可低估的危害和影響。一、利用虛假貨物運輸發票偷稅犯罪的主要特點
1.犯罪手段以製造和銷售虛假貨物運輸發票為主。形式多為假票假開(無任何業務)、假票代開(將貨款開為運費)、假票真開(有真實的貨運業務)。以真實的貨物運輸發票進行虛開的相對較少。
2.涉及面廣，受票企業集中。虛假貨物運輸發票涉及大多數縣市區，接受虛假髮票企業主要集中在用煤大戶(如發電廠、鋼鐵廠、造紙廠、熱電廠等)、經營煤炭的商貿企業，以及鋼材、水泥等建材行業。
3.虛假髮票註明的開票方式主要以稅務機關代開為主。由於地稅機關對自開票企業要求標準很高，1個縣市區一般只有1戶～2戶企業自開貨物運輸發票，其他企業大都由地稅機關代開貨物運輸發票。因此，不法分子多以編造地稅機關代開形式開具虛假髮票，非常具有隱蔽性和迷惑性。
4.對虛假貨物運輸發票源頭的追查以及對不法分子的查處難度很大。不法分子往往利用電話、傳真、簡訊、特快專遞等形式進行聯繫和傳遞虛假髮票，互相之間不見面，且發票提供者往往利用虛假身份進行作案。因此，查找虛假貨物運輸發票的開具者和提供者十分困難。
5.虛假貨物運輸發票的傳遞渠道多種多樣。一是供貨單位和個人提供，並負責運輸。二是配貨站提供。受票單位銷售貨物需要配貨站聯繫車輛，配貨站同時提供發票。三是承運車輛司機提供。司機在支取運輸費用時，直接向雇用他的受票單位提供發票。四是貨運代理公司提供。一些受票單位的運輸業務找貨運代理公司負責辦理，貨運代理公司為受票單位運輸貨物，並同時提供發票。五是通過郵件直接提供。不法分子與配貨站、運輸公司或受票企業通過電話聯繫，商定好發票開具內容，將開具的發票通過特快專遞投寄，然後收取一定比例的代開手續費。
二、虛假貨物運輸發票泛濫的原因
虛假貨物運輸發票大量存在，除不法分子受利益驅動的主觀原因外，還存在以下幾個方面的原因。
從政策角度看，貨物運輸發票的管理體制具有一定的複雜性，導致稅務機關在管理和檢查中存在困難。貨物運輸業沒有納入增值稅管理範圍，導致貨物運輸發票一票多能。它既是營業稅徵收的主要依據，又是增值稅抵扣的憑據，而稅率各不相同，計算方法迥異。貨物運輸發票由國稅、地稅兩個部門管理，造成管理上的脫節。地稅部門負責貨物運輸發票的印製、發售、使用，但並不負責運費抵扣事項的審核；國稅部門對貨物運輸發票的版面設計、代碼編制、防偽標識等不了解，在對貨物運輸發票進行審核抵扣時，很難辨別發票的真假。貨物運輸發票種類多，規格不一，更增加了對貨物運輸發票的審核難度。同時，由於國稅部門不對貨物運輸發票實施日常管理，也難以及時發現貨物運輸發票開具使用中的問題，無法從源頭上加強監控管理。
從稅收征管方面看，貨物運輸發票信息比對系統存在一定的問題。如最近某地查處的虛假貨物運輸發票開具企業中，有5個經證實是虛假企業，經協查他們沒有在當地地稅部門辦理稅務登記。所開具的發票，從理論上分析，由於只有國稅局採集的抵扣聯信息，沒有地稅局採集的申報信息，比對結果應為“缺聯票” (缺地稅局信息)，但從比對結果信息看，“缺聯票”信息中並無上述5個單位，證明比對信息存在不完整等問題。另外，貨物運輸發票協查取證難。在日常管理過程中，國稅部門對存在疑點的貨物運輸發票需要向地稅部門發出協查請求，並得到地稅部門的協查證明。由於這一問題涉及兩個部門，協查的時效性很難保證。
三、完善貨物運輸發票管理的對策
對利用虛假貨物運輸發票偷稅犯罪的行為，在進行查處和打擊的同時，更重要的是完善稅收政策和加強稅收征管。
1.將貨物運輸業納入增值稅應稅項目。無論是從增值稅的原理上看，還是從國外的實踐經驗上看，貨物運輸都應該作為增值稅的應稅勞務。將貨物運輸業納入增值稅應稅項目後，發票的開具、抵扣都可以統一由國稅機關管理，這樣既保證增值稅鏈條的完整，避免重複徵稅，又有利於貨物運輸發票的統一有效管理。
2.完善貨物運輸發票信息比對系統。地稅部門應確保貨物運輸發票存根聯信息採集的完整和及時，並按規定及時上傳。國家稅務總局對國稅、地稅部門採集上傳的信息應及時進行比對，並全面反饋比對結果。基層國稅部門接到比對結果後，及時按規定進行處理。建立一種能夠有效發現虛假貨物運輸發票的長效機制，將貨物運輸發票納入與增值稅專用發票類似的交叉稽核系統。
3.加強對貨物運輸發票抵扣的審核管理。在納稅人進行申報抵扣稅款時，基層管理人員要加強對貨物運輸發票的審核分析，從中發現問題。對一些票面存在問題的發票和數額較大的發票要嚴格審核，並及時進行協查。對運輸費用與經營規模明顯不符的企業，要深入實地核查。對運輸費用占當期銷售收入、外購貨物價值比重較大的特定行業、特定納稅人取得的貨物運輸發票，必須進行實事求是的分析測算，確定所列運輸費用是否合理，凡運費明顯偏高又無正當理由的，或者取得的貨物運輸發票不符合現行規定的，要從嚴執行稅法規定，不得抵扣進項稅額。
4.加強對配貨站的營運業務管理和稅收管理。現在大量虛假髮票是通過配貨站提供的，建議相關職能部門(特別是地稅、公安、交通等部門)儘快規範配貨行業，建立嚴格的業務登記檔案和聯網司機車輛檔案，堵塞虛假貨物運輸發票的流通渠道。
