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1858年出任代總統,並於1861年正式當選。他在1859年頒布《改革法》,任內沒收教會財產,實行政教分離,驅逐教皇使節和違抗命令的教士,擊退英、法、西三國聯軍的武裝干涉,並粉碎法國在墨西哥建立的傀儡帝國,大地產勢力和改善印第安人生活條件的措施,促進民族意識的高漲。還進行了一些社會改革,在墨西哥歷史上起了進步作用。1864年至1867年,領導了墨西哥反抗法國皇帝拿破崙三世的侵略並取得成功,並於1867年5月處死了拿破崙三世扶植的傀儡皇帝馬克西米連大公。曾興辦印第安人教育,鎮壓退伍軍人暴動和波菲里奧·迪亞斯的叛亂。