主要職責
肥東縣衛生局，為肥東縣人民政府組成部分，主要職責是：一、貫徹執行國家有關衛生工作的方針、政策和法律、法規，擬訂全縣衛生管理辦法，並組織實施。
二、編制全縣衛生事業發展規劃，負責全縣各級各類衛生機構的巨觀管理和業務指導。
三、依據衛生法規、標準，對社會公共衛生、職業衛生、食品、醫療器材等行使監督管理。
四、制定醫學科研發展規劃，組織科研攻關、技術開發及成果推廣；發展醫學教學，培養衛生技術人才。
五、貫徹中西醫結合的方針、政策，制定全縣中醫發展規劃。會同有關部門推進中醫藥的繼承和創新，發展中醫事業。
六、貫徹預防為主的方針，組織開展全民健康教育。制定嚴重危害人群健康疾病的防治規劃並檢查、監督實施。加強對重大疾病包括傳染病、地方病、職業病的防治，努力降低發病率；負責全縣愛國衛生運動工作的檢查、監督和指導。
七、研究擬定農村衛生、社區衛生服務、婦女兒童保健工作規劃和政策措施。指導基層衛生組織建設及初級衛生保健規劃的實施。
八、會同有關部門制定全縣衛生技術人員管理規定，開展職業道德教育，加強行業精神文明建設。
九、遇有重大突發事件和自然災害，在縣政府統一領導下，組織調度全縣的衛生技術力量，搶救傷病員，防止和控制疾病的發生、蔓延。
十、承辦縣政府交辦的其他事項。
內設機構
辦公室
協助局領導組織管理機關工作，協調機關各科室工作關係；制訂機關各項工作制度；負責起草檔案、報告，負責會議會務、車輛管理、公務接待，協助督查相關工作。牽頭負責衛生宣傳工作，負責政務信息處理平台的管理，協調機關衛生政務公開和信息公開具體工作；負責衛生信息公開內容的審核、局網站維護、信息發布、更新；協調信訪、12345市長熱線、政民直通車、人大、政協提案、議案的分辦、整理與答覆。
人事科
根據人事工作方面的有關方針政策和法規，制定符合衛生系統實際的，具體的組織、人事研究制定衛生人才發展規劃和衛生技術人員崗位設定方案、任職資格標準；組織指導全市衛生專業技術職務評聘工作；負責局機關及直屬單位的機構編制、勞動工資、幹部考核任用、人員調配、錄用等人事工作。
醫政科
認真貫徹實施《執業醫師法》、《醫療機構管理條例》等法律法規，負責全縣各級各類醫療機構的規劃設定和業務指導，以及全縣醫院分級管理的指導、評審、申報工作；承辦全縣醫、護人員執業資格考試、登記註冊和執業許可證的審核、發放工作；完善農村三級網路建設和農村衛生保健、保償制度；協助有關部門組織實施醫務勞動、醫療事故和醫療糾紛的鑑定和處理工作；組織防病救災以及重大事故的緊急救護工作。
財務審計科
負責編制全縣衛生年度財務預算，合理安排經費使用；管理局機關和下屬單位的經費、專項資金及固定資產、基建投資工作；指導、監督下屬單位的統計、財務內審工作。
防保科
貫徹實施《中華人民共和國傳染病防治法》、《中華人民共和國食品衛生法》、《中華人民共和國母嬰保健法》等法律法規，依法對職業、食品、學校、環境、放射衛生等實施監督；擬訂傳染病和其它嚴重危害人體健康疾病的防治規劃、措施，並組織實施；遇有自然災害和重大疫情，協助政府和有關部門採取措施，控制疾病的發生和流行。
愛衛辦
制定並組織實施全縣愛國衛生工作規劃、計畫和評估標準，協調、督促有關部門共同開展愛國衛生運動；組織動員民眾參與開展城鄉社會性公共衛生管理和民眾性社會衛生監督活動；組織實施農村改水改廁，開展“除四害”活動，改善環境衛生條件；開展衛生鎮、村和創建市衛生先進單位評選申報;開展全民健康教育，普及衛生科學知識；負責公共場所禁止吸菸監督檢查和執法工作；承辦縣愛國衛生運動委員會的日常工作；承辦縣衛生局領導交辦的其它工作。
