歷史沿革
福建高等法院金門分院前身為福建高等法院廈門分院，原設於福建省廈門市。國民黨政府遷台灣後為受理金門縣的司法業務，於1951年11月6日在台北恢復辦公。而當時馬祖地區的司法事務仍由軍法機關審理。
1956年及1969年，福建金門地方法院及其“連江民事庭”分別於金門及馬祖地區成立；由於當時該院人員仍在台北辦公，金門地院本院，除重大案件隨時前往外，只有每年2次前往金門開庭；而馬祖地區則視案件多寡為機動性前往開庭。
1990年7月1日，福建高等法院廈門分院更名為今名福建高等法院金門分院，並自1993年2月15日起遷回金門辦公至今。
管轄範圍
管轄區域
福建高等法院金門分院管轄金門縣及連江縣（限於馬祖地區）等2縣，總面積約182平方公里，總人口約8萬5千人。
轄區法院：
福建金門地方法院
福建連江地方法院
管轄事務
1、不服地方法院第一審判決之民、刑事訴訟抗訴案件；
2、不服地方法院第一審裁定之抗告案件；
3、內亂、外患及妨害國交之第一審案件（以本院為第一審）；
4、其他法律規定之訴。
特色
該院是台灣地區管轄面積最小、人口最少的二級普通法院。因沒有福建高等法院的設定，故該院系直接受“司法院”行政監督。該院現與金門地方法院及金門地方法院檢察署同址辦公。並於連江縣（馬祖）南竿鄉復興村209號設有巡迴法庭，每隔2個月，即前往開庭審案，遇有重大案件，則隨時前往開庭。
