歷史沿革
馬祖列島在台灣地區的行政區劃中屬福建省連江縣，在國民黨統治大陸時期，此間司法事務原系由該縣之司法處掌理。迨至1949年，中國共產黨於國共內戰中一連串的勝利後解放福建，各縣司法處未能撤出，司法業務遂行停頓。
依“中華民國”之戒嚴法第9條規定：“戒嚴時期，接戰地域內無法院或與其管轄之法院交通斷絕時，其刑事及民事案件均得由該地軍事機關審判之。”因此當時馬祖地區之民刑事訴訟案件皆由軍法機關審理。
其後，因考量民事案件若亦需由軍法機關審理，而受前開戒嚴法第10條“解嚴後，始得抗訴”之限制，實不盡合理，因此有關單位乃於1969年1月籌設“福建金門地方法院連江民事庭”，同年6月開始辦理民事及非訟事件。
連江庭原系租用民居辦公，1971年始興建院舍，同年落成進駐使用。
1987年，解除戒嚴，同年10月10日始籌設福建金門地方法院連江刑事庭，辦理刑事審判及少年事件。
1991年，新司法大樓由兵工建設完工，連江庭進駐使用，即現址所在地。
連江庭原系由福建金門地方法院輪派一位法官常駐馬祖地區辦理業務。由後於“立法委員”爭取設立地方法院，故“司法院”於2003年12月31日以連江庭成立福建連江地方法院。
管轄區域
福建連江地方法院管轄連江縣馬祖鄉（台灣地區行政區劃為連江縣南竿鄉、北竿鄉、莒光鄉及東引鄉等4個鄉）。
特色
該院轄區面積僅28.8平方公里為台灣地區各級法院最小者，不足萬人之人口亦居末位，而民風淳樸，案件既少且微，在台灣地區法院中業務量最輕；而編制、預算亦是最簡單者。該院也是目前台灣地區各級法院中最晚成立的一座。該院也是台灣地區緯度最高的地方法院，在這之前為台灣基隆地方法院；管轄範圍亦為台灣地區緯度最高的地方法院。
