他興利除弊,合理制定和修改規章制度,以雇募代替僉反,以官輸代替吏解。將墩夫改為健丁,將坐鋪改為巡路。他把百姓爭運糧餉之舉上報朝廷,建造“尚義坊”,以表彰民眾。他奉公守法,有“慈心”之稱譽,當地人民在城東為他建生祠。後相繼任主客郎兼提督會同館寧前道參議、憲副等職。
1627年(明熹宗丁 卯年),因寧錦之戰有功加封太僕寺少卿。
1628年(明崇禎元年),又升任都察院右僉都御史,負責巡撫關寧。畢性情剛烈,見兵亂憤激,喝斥製造混亂的軍卒,眾軍卒不聽勸告,搜查畢的臥室,見口袋空空,開始悔悟,
4天后,都返回隊伍。畢憤恨不已不吃東西,軍士們將他轉移到城鎮之中,13天后去世。因兵變被革職,後其兄畢少保3次上書為申訴,陳述這次兵變是由於缺乏糧餉所致,請求保留原來的官職待遇,未準。於是又請將功績記於史冊,得允。畢少保又蒐集畢自肅巡撫遼東的文章奏疏,編成一集《撫遼榮語》。