安全性
有關基因工程改造的生物產品的生物安全性問題的爭論由來已久，就像核技術開始發展時一樣，有人堅決反對，也有人認為只要使用得當就能為人類造福。
到目前為止，基因工程改造過的生物及產品基本都是安全的，這當然與各國政府制定相關法規以及各國科學家的共同努力分不開。以農業上套用的基因工程為例，迄今為止，只發現一例有明顯的副作用，即巴西堅果中有一種基因，它製造一種稱為清蛋白的蛋白質，科學家們把這種基因轉到農作物中以期提高農產品中的蛋白質含量從而提高品質。結果發現，蛋白質含量提高了，但有些人對這種新加入的蛋白質過敏，因此，這種基因後來不再用於基因工程。
有的人還擔心有些基因工程改造過的生物其危害恐怕不是短時間可看到的，例如在農業上人們已經通過基因工程獲得了抗各種除草劑的農作物，這種基因工程農作物種到地里，灑上除草劑，雜草全被殺死，農作物照樣茁壯成長，但是有人擔心，隨著這種基因工程農作物的花粉四散飄飛，與其他的雜草進行授粉，幾代以後雜草就有可能抗除草劑，如果這樣，雜草就更加難以殺死了。還有在“基因工程”中提到的棉鈐蟲的毒素蛋白基因，它對人及其他哺乳動物的毒害作用目前沒有看到，又有誰肯定沒有長期效用呢？用含有這種毒素蛋白的棉花織成布，穿在人身上整天在身上蹭來蹭去，是否有害？歷史上很多事例說明，有些副作用是人們難以及時發覺的，如DDT農藥、使用四環素造成的四環素牙等。
還有一些反對基因工程的人士主要是由於宗教信仰等其他原因。例如有人信教，認為物種都是上帝創造的，改造物種和DNA，就是要改變上帝創造的物種，因而堅決反對；有的人是素食主義者，不食葷是他們的一種生活原則，而把動物某種基因轉入植物，使它們在食素時“無意”中吃到了“動物蛋白”，這顯然違背了他們的原則；還有的人是動物保護主義者，它們認為任意對動物進行基因改造，侵害了動物的“人權”等。
基因工程發展
雖然有眾多爭議，基因工程的發展仍然日新月異。在有些國家，基因工程農產品已經上市，我國也很快會有基因工程農產品上市。應該說，只要完善基因工程研究和開發的管理，嚴格遵守有關基因工程操作和適當的法律法規，就能把基因工程和危險降至最小（如果有的話），更好地為人類造福。
