假說
17～18世紀，這類假說與理論採取了更為明確的形式，有過機械論與、先成論與後成論的對立觀點。在19世紀，進化論與神創論的鬥爭震撼了整個學術界。20世紀初期，又有新活力論和機械論、和反還原論的爭論，這些爭論有的二十一世紀仍在繼續。20世紀40年代以來，隨著生物學的發展，人們對生物學哲學問題的興趣有了明顯的增強。
生命起源
在生命起源問題上，有三種，即：。神創論認為生命是神、上帝創造的；生源論主張生命只能來自生命；自然發生論認為生命隨時都能突然從腐敗物質中發生。17世紀F.雷迪(1626～1697)第一次試圖用實驗檢驗自然發生。後來L.巴斯德(1822～1895)完成了一系列實驗，使傳統的自然發生論受到了致命的打擊。神創論也在自然科學的進攻下處於日暮途窮的境地。於是，19世紀下半期生源論一度流行；與此同時，一些學者提出輸入說，認為地球上的生命起源於隕石從地外帶來的生命胚種。20世紀以來，經過..奧帕林、J.B.S.霍爾丹、J.D.貝爾納、H.C.尤里、H.J.馬勒、S.W.福克斯、M.卡爾文等人的開創性工作，積累了大量的資料，產生了現代生物學對生命起源問題的看法，認為生命是在地球形成早期化學物質長期進化的結果，從非生命到生命的轉化大約完成於38～40億年前，大體經歷了四個階段，即由無機小分子形成有機小分子，由有機小分子形成生物大分子，由生物大分子形成多分子系統，由多分子系統發展為原始生命。
有些現代自然科學家在承認生命起源於化學進化的前提下，又提出了不同的觀點。偶因論認為，生命在地球上只出現過一次，原始核酸與原始蛋白質形成特定的關係完全是意外的。這種看法有的根源，因為遺傳密碼與光活性的起源尚未被揭示出來，但也與漠視偶然性與必然性的有關。有人恢復了19世紀的輸入說，認為原始大氣是否有還原性還成問題，因為原始海洋中有機大分子的縮合機制並不清楚，而且新近又從隕石與星際發現不少有機分子，所以地球上的生命可能起源於地球以外。又有人認為，地球以外可能存在生命與地球上的化學過程必然出現生命是兩個彼此無關的獨立事件。儘管地球上生命起源的若干具體機制尚未在實驗中得到證實，但問題的最終解決不會有利於輸入說。
生命的本質與定義
在生命的本質問題上歷來存在著4種基本觀點：
①機械論
它盛於17～18世紀,力圖用力學規律解釋生命的本質。後來的許多學者繼承了這一思想，他們有時把生命歸結為物理-化學的規律,有時把生命等同於自控機；
②活力論
它與機械論相反，論為一切有機體都有一種難以捉摸的、無法測量的激活生命的因素，這種因素被稱為活力、生命力或隱得來希，它是生命之所以為生命的本質。活力論不僅在理論上遭到了批判，而且已經被生物學實驗所否定；
③整體論
它強調生命不同於非生命的本質在於生命的整體性。整體論內部分為三派：突現論、階序結構論與有機論。它們的共同點是反對還原論，捍衛生物學的自主性。在生物學史上，整體論與活力論有時難以區分，20世紀的整體論者力圖擺脫用活力論解釋生命本質的影響；
④還原論
它主張生命系統在本質上都可以還原為物理 -化學的規律，重視對整體的較低層次的分析，否認生命運動形式有自己的本質特點。它反對活力論，而傾向於機械論。
對生命本質的揭示，必然要回答生命是什麼的問題。早在19世紀70年代恩格斯就說過,“生命是蛋白體的存在方式，這種存在方式本質上就在於這些蛋白體的化學組成部分的不斷的自我更新”（《馬克思恩格斯全集》第20卷，第88頁）。這個定義無疑反映了當時自然科學的狀況。百餘年來自然科學，特別是的發展，大大加深了人們對生命的理解，許多學者力圖概括出一個反映當代科學成就的生命定義，但分歧很大。另一方面，有些自然科學家認為找不出非生命與生命之間的絕對分明的界限，因而反對給生命下定義。根據現代科學的發展,給生命下定義是可能的和必要的。所謂生命,就是具有不斷自我更新能力的、主要由核酸與蛋白質組成的多分子系統，它具有自我調節、自我複製和對體內外環境的選擇性反應的屬性。
生物進化
生物進化論在 19世紀後半期已經取得決定性勝利。20世紀以來圍繞進化的爭論主要有下列3個方面：
①關於進化的規律性
某些哲學家認為進化論不是一種，而是一個研究綱領。一些生物學家也附和這種說法。他們的理由有二：一是進化不可檢驗，二是進化不能預言。第一條理由已被科學發展的成果所駁倒，第二條理由仍在爭論中。相反的意見認為進化有客觀規律可循，它是可以預言的，不過進化論所預言的不是個別物種的未來進化，也不是某一個體的某種物征將在何時出現，而是進化的方式與格局，如雜合子的優勢、未被占領的小生境將由未特化的物種占領，等等。
② 關於進化中的規律性
一部分現代生物學家認為,進化的根基是絕對自由的純粹偶然性,因而在進化中只有偶然性起作用。反之，許多生物學家則認為，如果進化只是混亂和無序，它就不可能是科學研究的對象。他們強調,不能對進化作機械必然性的理解,進化的必然性具有多種多樣的表現形式。也有些生物學家認為偶然性與必然性在進化中是分別起作用的。如偶然性在變異中起作用，必然性在選擇中起作用；又如在巨觀進化上必然性起作用，在分子水平的進化上必然性與偶然性都起作用。在這裡對必然性與偶然性的辯證關係尚有待於作進一步的深入探討。
③ 關於進化與進步
法國生物學家拉馬克提出,動物界的進化是從簡單到複雜的進步過程,並相信一切生物都有一種日趨完善的內在力量。認為生物在總體上是進步的，不過在少數情況下有退化。他不同意拉馬克所說的內在力量，認為自然選擇才造成生物機制的進步。與這種理論相反，20世紀有些生物學家宣稱，進化伴隨進步的論點已經陳舊。美國生物學家G.辛普森不同意這種說法，他於1950年提出，進化中確實出現過進步，但進步在進化中並不是貫徹始終的。艾拉於1974年進而引入“一致進化”和“淨進步”概念，認為在進化系列中每個較後的成員按照某一標準都比每個較早的成員完善，而系列中較後的成員按平均數計算都比較早的成員完善，這種計算允許暫時波動。他提出“淨進步”是生物進化的一個特徵。事實上，按照達爾文的進化論，生物的進化與任何事物的發展一樣，都不是直線上升的，總體的進步並不排除局部的退步、停滯與消失。當然，進步的標準應當是綜合的，而不是單一的。
生物過程與倫理行為
1893年，英國生物學家發表《進化論與倫理學》一書，側重探討生物過程與倫理行為(見)。該書在當時曾引起巨大反響。最近幾十年這一主題又重新得到廣泛討論。爭論的實質是生物學能否為倫理準則提供基礎的問題。20世紀40年代J.赫胥黎提出，無私、堅定等倫理美德具有生物學基礎。60年代R.阿爾德雷和K.洛倫茨宣稱，訛詐、侵略和謀殺等都是人從動物祖先繼承下來的先天特性。但F.A.孟塔格則認為，這種觀點不符合人類學研究的成果，而且會為侵略者開脫罪責。不少學者還強調生物進化與善惡問題無關。
倫理遺傳決定論與赫胥黎父子等所倡導的相呼應，它用遺傳的差別解釋人類倫理行為的差別，試圖從遺傳學上尋找或利已主義的基礎。例如，它認為攻擊性行為是由於多一條性染色體引起的。不少生物學家和哲學家指出，這種理論在上是不可靠的，在上是有害的。馬克思主義認為，將複雜的人類行為歸因於“一個基因、一種行為”的遺傳模式是錯誤的。因為，人是社會的產物,除某些遺傳性疾病外,對人的行為起決定作用的規律是社會規律。那種試圖從進化或遺傳因子中尋找人類道德規範的做法，是對生物學知識的濫用。
