合作協定
簽署
清華大學醫學部2002年9月教育部、衛生部兩部領導簽署了清華大學與中國協和醫科大學緊密合作，共建“清華大學北京協和醫學院”的協定，中國協和醫科大學進入“211”和“985”工程建設項目。此協定在2007年5月的新協定誕生後終止。“清華大學北京協和醫學院”的名字為協定檔案中的歷史產物，從未正式註冊和使用過。
協定履行
2006年9月，根據清華大學和中國協和醫科大學簽署的《清華大學和中國協和醫科大學關於落實兩部協定的實施意見》，中國協和醫科大學更名為北京協和醫學院（清華大學醫學部），英文名稱為Peking Union Medical College，Tsinghua Uninversity。此協定在2007年5月的新協定誕生後終止。“北京協和醫學院（清華大學醫學部）”這個名字為協定檔案中的歷史產物，從未有正式註冊和使用過。
按照教育部衛生部2007年協定，中國協和醫科大學正式更名為“北京協和醫學院”；鑒於與清華大學緊密合作辦學的需要，同時使用“北京協和醫學院-清華大學醫學部”的名稱。 中國協和醫科大學與清華大學合作辦學，但兩校並未合併。“北京協和醫學院—清華大學醫學部”中的“北京協和醫學院”部分來自原中國協和醫科大學，“北京協和醫學院—清華大學醫學部”中的“清華大學醫學部”部分來自清華大學醫學院。
北京協和醫學院不是清華大學醫學部，清華大學醫學院最終將成為清華大學醫學部，屆時北京協和醫學院與清華大學醫學部作為兩個實體進行合作，共同建設“北京協和醫學院—清華大學醫學部”。
北京協和醫學院不屬於清華大學，北京協和醫學院只有臨床專業與清華大學合作，護理專業、附屬醫院、臨床教學基地和其它均屬於北京協和醫學院。清華大學醫學院的藥學專業、附屬醫院、臨床教學基地和其它均屬於清華大學。
北京協和醫學院臨床醫學專業的學生和研究生畢業證書和學位證書蓋“清華大學”和“北京協和醫學院—清華大學醫學部”兩個公章。北京協和醫學院非臨床醫學的學生和研究生畢業證書和學位證書蓋“北京協和醫學院”的公章。清華大學醫學院非臨床醫學的學生和研究生畢業證書和學位證書蓋“清華大學”的公章。
協醫更名
更名公告
根據教育部、衛生部共建協定《中國協和醫科大學和清華大學關於落實兩部協定的實施意見》、教育部《關於中國協和醫科大學更名的通知》以及《國家事業單位登記管理局事業單位登記管理暫行條例實施細則》，中國協和醫科大學正式更名為“北京協和醫學院”；鑒於我校與清華大學緊密合作辦學的需要，同時使用“北京協和醫學院—清華大學醫學部”的名稱。更名後，我校仍為獨立法人單位，原隸屬關係、人員編制、資產關係和經費管理體制保持不變。
更名後的名稱及相應印章自2007年5月18日正式啟用 。
實施意見
《清華大學和中國協和醫科大學關於落實兩部協定的實施意見》
（1）中國協和醫科大學更名為“北京協和醫學院—清華大學醫學部”，英文名稱為“Peking Union Medical College, Tsinghua University”，接受教育部、衛生部雙重領導，其原有的隸屬領導關係、資產關係和經費管理體制保持不變。“北京協和醫學院—清華大學醫學部”仍為獨立法人，對人事、財務和資產行使獨立法人權利及承擔獨立法人責任。
（2）在衛生部、教育部的共同支持下，發揮清華大學多學科綜合優勢，最佳化整合醫學教育資源，根據充分醞釀、積極準備、穩健推進的原則，將原中國協和醫科大學和原清華大學醫學院逐步整合成為一個一流的醫學院，清華大學不再另辦醫學院。
（3）北京協和醫學院—清華大學醫學部的學科建設由清華大學納入“211工程”和“985工程”等國家重點建設工程的整體規劃及其他相關計畫之中，在政策和投入等方面給予重點支持。
（4）北京協和醫學院—清華大學醫學部和清華大學共同制訂臨床醫學專業的學生和研究生招生培養計畫，臨床醫學專業的學生和研究生具有“北京協和醫學院—清華大學醫學部”和“清華大學”兩校學籍 。學籍管理和日常管理根據教學需要分階段在不同校區執行，將責任落實到校區。臨床醫學專業的學生和研究生畢業證書和學位證書蓋“清華大學”和“北京協和醫學院—清華大學醫學部”兩個公章 。
（5）清華大學和北京協和醫學院—清華大學醫學部成立專門工作班子，共同負責《實施意見》的具體操作，分步加以實施。北京協和醫學院—清華大學醫學部將有關醫學院統計數據報衛生部，各項辦學指標由清華大學統計匯總報教育部。
清大醫學
概況
清華大學醫學院成立於2001年10月25日，首任院長由我國著名醫學科學家、兩院院士吳階平教授擔任。
生命科學和醫學被認為是當今世界科學技術領域最活躍、最有希望取得關鍵性突破的學科之一，為此，清華大學決定創建醫學院，這是清華為順應國家發展需要及世界高等教育和科學技術發展的趨勢，為向世界一流大學的目標奮進邁出的極為重要的一步。
依託清華大學作為綜合性大學的整體優勢，醫學院致力於培養具備人文社會科學、自然科學、基礎醫學及臨床醫學等相關基礎理論知識，既掌握臨床技能又具備科學研究能力，能在醫學領域從事研究、醫療服務、教學及管理的醫學科學家、高級臨床醫生、醫學教育工作者和醫學高級管理人才。學制8年，學生完成學業，成績優良者將獲得醫學博士學位（M.D.）。
醫學院將充分利用清華的師資和實驗室條件，完成相關理工學科基礎教學任務，抓緊建立起一套比較完整、先進的基礎及臨床醫學的教學體系，吸取國內外先進的教學體系及教學方法的成功經驗，逐步做到用英語授課。為此，醫學院除了將在國內招聘著名的醫學教授和著名醫生外，將努力從國內外招聘優秀的中青年醫學人才。此外，我院已經聘請並將繼續聘請海內外一批著名的教授和醫生擔任我院的客座教授和顧問。
清華大學醫學院已於2006年與中國人民解放軍總醫院（301醫院）簽訂了合作協定，301醫院成為清華大學醫學院的教學醫院，第一批已聘請了22位知名專家作為清華大學的兼職教授，並在科學研究領域開展廣泛合作。
為使該校在2011年前能躋身於國際一流大學之林，該校領導已明確提出 “ 要爭取在信息、納米及生命科學上有所突破 ” 這一戰略目標。在當今的新的發展形勢下，為加強和促進該校生命科學與醫學的發展及其與其它工程學科間的交叉合作，清華大學於2004年1月9日 成立“清華大學生命科學與醫學研究院”。其主要職能是將分散於全校各院系的有關生命科學、醫學及相關的工程學科統一組織和協調起來，建立若干研究所（或研究平台），以利於大跨度的學科交叉和取得重大科技成果。
院系設定
醫學系
藥學系
生物醫學工程系
第一附屬醫院（華信醫院）
第二附屬醫院（玉泉醫院）
生命科學與醫學研究院
課程項目
本科生課程
生物信息學、生物醫學檢測技術及產業化套用、醫用電子儀器、生理學、生物無機化學、基因分子生物學、信號與系統、生物藥學工程前沿、細胞凋亡的分子機制、醫學圖像處理、計算機圖形學、蛋白質科學導引（新生研討課）、醫學模式識別、生物醫學電子學、醫學儀器設計、生物醫學測量、生物醫學信號處理
研究生課程
基因組學和生物信息學、蛋白質科學導引、數位訊號處理
組織機構
行政機構
院長：吳階平
常務副院長：趙南明
副院長：左煥琮、吳清玉
黨委機構
書記：王志華
副書記：王廣志（負責教工）、李偉（負責學生）
