名稱
2007年5月18日，中國協和醫科大學正式更名為“北京協和醫學院”；鑒於與清華大學緊密合作辦學的需要，同時使用“北京協和醫學院—清華大學醫學部”的名稱，接受教育部、衛生部雙重領導，其原有的隸屬領導關係、資產關係和經費管理體制保持不變。
"北京協和醫學院"仍為獨立法人，對人事、財務和資產行使獨立法人權利及承擔獨立法人責任。
中國協和醫科大學與清華大學合作辦學，兩所大學並未合併，北京協和醫學院和清華大學是兩所大學。
協和與清華的合作和界線
2007年5月18日，根據教育部、衛生部共建協定《中國協和醫科大學和清華大學關於落實兩部協定的實施意見》，教育部《關於中國協和醫科大學更名的通知》以及《國家事業單位登記管理局事業單位登記管理暫行條例實施細則》，中國協和醫科大學正式更名為“北京協和醫學院”，英文名稱為Peking Union Medical College；鑒於與清華大學緊密合作辦學的需要，同時使用“北京協和醫學院—清華大學醫學部”的名稱。更名後，北京協和醫學院仍為獨立法人單位，原隸屬關係、人員編制、資產關係和經費管理體制保持不變。更名後的名稱及相應印章自2007年5月18日正式啟用。“清華大學北京協和醫學院”和“北京協和醫學院（清華大學醫學部）以及英文名稱為Peking Union Medical College, Tsinghua Uninversity”的名字為協定檔案中的歷史產物，從未有正式註冊和使用過。
中國協和醫科大學與清華大學合作辦學，但兩校並未合併。“北京協和醫學院-清華大學醫學部”中的“北京協和醫學院”部分來自中國協和醫科大學，“北京協和醫學院-清華大學醫學部”中的“清華大學醫學部”部分來自清華大學醫學院。
北京協和醫學院不是清華大學醫學部，清華大學醫學院最終將成為清華大學醫學部，屆時北京協和醫學院與清華大學醫學部作為兩個實體進行合作，共同建設“北京協和醫學院-清華大學醫學部”。
北京協和醫學院不屬於清華大學，北京協和醫學院只有臨床專業與清華大學合作，護理專業、附屬醫院、臨床教學基地和其它均屬於北京協和醫學院。清華大學醫學院的藥學專業、附屬醫院、臨床教學基地和其它均屬於清華大學。
北京協和醫學院臨床醫學專業的學生和研究生畢業證書和學位證書蓋“清華大學”和“北京協和醫學院-清華大學醫學部”兩個公章。北京協和醫學院非臨床醫學的學生和研究生畢業證書和學位證書蓋“北京協和醫學院”的公章。清華大學醫學院非臨床醫學的學生和研究生畢業證書和學位證書蓋“清華大學”的公章。
"北京協和醫學院-清華大學醫學部" 的英文名稱為"Peking Union Medical College, Tsinghua University”，不是"Peking Union Medical College of Tsinghua University", 也不是"Tsinghua University Health Science Center"，體現了北京協和醫學院與清華大學醫學部作為兩個實體的合作關係。
中國協和醫科大學更名的公告
根據教育部、衛生部共建協定《中國協和醫科大學和清華大學關於落實兩部協定的實施意見》，教育部《關於中國協和醫科大學更名的通知》以及《國家事業單位登記管理局事業單位登記管理暫行條例實施細則》，中國協和醫科大學正式更名為“北京協和醫學院”；鑒於我校與清華大學緊密合作辦學的需要，同時使用“北京協和醫學院—清華大學醫學部”的名稱。更名後，我校仍為獨立法人單位，原隸屬關係、人員編制、資產關係和經費管理體制保持不變。
更名後的名稱及相應印章自2007年5月18日正式啟用。
根據《清華大學和中國協和醫科大學關於落實兩部協定的實施意見》：
（1）中國協和醫科大學更名為“北京協和醫學院-清華大學醫學部”，英文名稱為“Peking Union Medical College, Tsinghua University”，接受教育部、衛生部雙重領導，其原有的隸屬領導關係、資產關係和經費管理體制保持不變。“北京協和醫學院-清華大學醫學部”仍為獨立法人，對人事、財務和資產行使獨立法人權利及承擔獨立法人責任。
（2）在衛生部、教育部的共同支持下，發揮清華大學多學科綜合優勢，最佳化整合醫學教育資源，根據充分醞釀、積極準備、穩健推進的原則，將原中國協和醫科大學和原清華大學醫學院逐步整合成為一個一流的醫學院，清華大學不再另辦醫學院。
（3）北京協和醫學院-清華大學醫學部的學科建設由清華大學納入“211工程”和“985工程”等國家重點建設工程的整體規劃及其他相關計畫之中，在政策和投入等方面給予重點支持。
（4）北京協和醫學院-清華大學醫學部和清華大學共同制訂臨床醫學專業的學生和研究生招生培養計畫，臨床醫學專業的學生和研究生具有“北京協和醫學院-清華大學醫學部”和“清華大學”兩校學籍。學籍管理和日常管理根據教學需要分階段在不同校區執行，將責任落實到校區。臨床醫學專業的學生和研究生畢業證書和學位證書蓋“清華大學”和“北京協和醫學院-清華大學醫學部”兩個公章。
（5）清華大學和北京協和醫學院-清華大學醫學部成立專門工作班子，共同負責《實施意見》的具體操作，分步加以實施。北京協和醫學院-清華大學醫學部將有關醫學院統計數據報衛生部，各項辦學指標由清華大學統計匯總報教育部。
創辦史
原中國協和醫科大學（簡稱協和醫大）是我國唯一的一所歷史悠久設有八年制醫學教育和高等護理教育的重點醫科大學，其前身是“北京協和醫學院”，由美國洛克菲勒基金會於1917年創辦。中國醫學科學院（簡稱醫科院）成立於1956年，是我國唯一的國家級醫學科學學術中心和綜合性科學研究機構。協和醫大作為衛生部唯一直屬高校，與醫科院實行院校合一的管理體制，醫科院為協和醫大提供雄厚的師資和技術力量，協和醫大為國家培養高層次的醫學科學人才，相互依託，優勢互補，教研相長，共同發展。
協和醫大是以小規模、高層次、高質量為宗旨，以培養八年制醫學博士為重點。自建校以來，八年制臨床醫學專業堅持實行小規模、嚴要求，預科、本科分段教學，導師制等獨特的培養模式，在我國醫學教育體系中獨樹一幟。
協和醫大的高等護理教育創辦於1920年，培養了一大批高級護理人才，她們已先後成為我國護理界的領導和中堅力量，我國第一個南丁格爾獎章獲得者就出自協和醫大。1995年經國家衛生部批准，學校建立了全國首家護理學院，使護理教育有了新的發展。當前，護理教育已形成研究生、本科生、專科生和成人教育等多層次的教育體系。
學校具有雄厚而系統的科研實力及診治疑難重症的臨床醫療能力，學科領域廣泛，覆蓋基礎醫學、臨床醫學、預防醫學、藥學以及與醫藥學科相關的生物、物理、化學等基礎學科。設有17個研究所（以及2個分所）、５所分院、6所臨床醫院、４所教育學院；並設有研究生院及成人教育學院。目前已有18個國家重點學科點，3個國家級重點實驗室，9個世界衛生組織合作中心，6個部委級重點實驗室，17個國家級研究基地和中心，4個一級學科的博士後科研流動站， 30個博士學科專業點，39個碩士學科專業點。建校以來科研成果顯著，已取得1,666項科技成果，獲國家級科技成果獎191項,省部級科技成果獎759項。1992－2000年發表由SCI收錄的論文計1,114篇，位於全國醫學院校之首。
學校師資力量雄厚，擁有一大批在醫學衛生領域內經驗豐富、學術水平突出並做出傑出貢獻的著名專家、教授，計有中國科學院院士10人，中國工程院院士15人（其中1人為兩院院士），國家級、部委級有突出貢獻的中青年專家70人，教育部“長江學者獎勵計畫”特聘教授6人，博士生導師355人，碩士生導師382人。
學校圖書館是我國歷史悠久，藏書最為豐富的醫學專業圖書館，2000年被指定為國家科技圖書文獻中心醫學分中心，目前藏書量超過86萬冊，為教學、科研和醫療工作提供了寶貴的信息資源。
學校的基礎醫學院學科門類齊全，主要承擔國家醫學基礎理論研究和基礎醫學的教學。現有基礎醫學各學科教研室和研究室15個，開展高水平、多學科的學術研究，並與教學密切結合，每年承擔科研項目逾百項。
學校的臨床醫學院——北京協和醫院，是聞名國內外的集醫療、教學和科研為一體的綜合性醫院，是國家衛生部指定的“全國疑難重症技術指導中心”之一，並承擔著大量的外賓和高幹醫療保健任務。作為協和醫大臨床教學和實習的基地，醫療、教學、科研的力量雄厚，設有31個臨床和醫技科室，70多個研究實驗室，11箇中外合作研究中心，每年承擔國家級和部委級科研項目百餘項。此外，醫院還保存有數百萬份病案，是總結臨床經驗和從事科學研究的無價之寶。
學校所屬的腫瘤、心血管、血液病、皮膚病和整形外科醫院是全國最大、技術最先進的專科醫院，它們和協和醫院一起是培養碩士生、博士生的臨床訓練和科學研究的重要基地。
學校的研究生教育始於1954年，文革期間中斷，1978年重新恢復。自1981年國家實行學位制度以來，學校研究生教育有了較快的發展，是全國首批具有博士學位和碩士學位授予權的單位，研究生教育實行以培養博士生為主的方針，目前在校的博士、碩士比例為1：1.04。
1984年學校成立了夜大學，1998年更名為成人教育學院，現有本科、專科兩個層次的多種學歷教育體系，旨在為在職人員提供繼續教育的多種途徑。
學校十分重視國際學術交流和科技合作，與數十個國家（或地區）的醫學院校和科研機構建立了科技、教育、醫療合作關係，已有200餘名國外專家、學者被授予協和醫大名譽教授或客座教授稱號。自1985年以來，學校相繼與美國哈佛大學醫學院、澳大利亞西澳大學醫學院和美國加州大學舊金山分校醫學院、香港中文大學醫學院、香港大學醫學院、澳門鏡湖護理學院簽訂了校際交流的協定，互相交換高年級學生到對方學校進行短期臨床學習。為加強國際間的交流，擴大我校在國際上的聲譽，自1993年起學校獲準招收外國自費留學生，1997年起又獲準招收我國台灣、香港、澳門地區學生，先後有美國、加拿大、紐西蘭、馬來西亞、印度尼西亞、英國和台灣、澳門地區的學生來校學習。
協和醫大在我國醫學教育領域具有獨特的地位和重要的社會影響力，學校鮮明的辦學特色，優良的辦學傳統和豐富的辦學經驗，使其在教學上以高標準、嚴要求而著稱，以培養具有真才實學、學風嚴謹、醫德高尚、醫術精湛的醫教研複合型人才而聞名。幾十年來，學校培養和吸納優秀人才，創造和凝聚現代科學思想，造就了象張孝騫、林巧稚、吳憲、湯非凡、諸福棠、黃家駟、鍾惠瀾、胡傳揆、陳敏章、聶毓嬋、王琇瑛、吳階平、鄧家棟、吳英愷、方圻等一批中國醫學界巨匠，為我國醫學事業培養了一大批享譽國內外的著名臨床醫學家、醫學科學家、醫學教育家、護理學家和醫政管理家，可謂人才濟濟，碩果纍纍，對我國醫學教育和醫學科學事業的進步和發展發揮了積極的推動作用。
根據教育部、衛生部兩部的協定，中國協和醫科大學（清華大學北京協和醫學院）自2003年起“臨床醫學”專業的本科招生計畫納入清華大學總招生計畫，由兩校共同完成招生錄取工作。凡志願報考協和“臨床醫學”專業的考生，在填報志願時應報清華大學臨床醫學專業，並可同時報清華大學其他理工類專業。通過強強合作，清華大學雄厚的基礎學科綜合優勢和優良的學術氛圍，與中國協和醫科大學在醫學領域中強大的科學研究和臨床醫學實力，將得到充分的發揮。今後兩校將攜手共進，為創造我國高等學校之間緊密合作辦學的新模式而共同努力。
【臨床醫學專業】
實行八年一貫制，本碩博融通，加強基礎，注重技能，強調素質，整體最佳化，面向臨床、科研的培養方式。培養具有較廣泛的人文、社會科學知識，寬厚的自然科學基礎知識和堅實的基礎醫學理論，一定的預防醫學知識和能力，系統的臨床醫學理論知識，較強的自學能力和臨床分析和思維能力，熟練掌握一門外語，富有開拓精神，具有滿足21世紀醫學科技競爭和社會需要的基本素質和較大的發展潛力，足以參與國際競爭的高層次醫學人才。
八年學制中前兩年半為醫學預科階段，在清華大學學習普通自然科學、社會科學和人文科學課程；後五年半為醫學本科階段，在協和本部學習基礎醫學和臨床醫學課程，完成臨床實習、科研訓練和畢業論文。學生按規定修完全部課程，成績優秀者可獲得醫學博士學位。
經國家衛生部和教育部批准，協和在美國中華醫學基金會（紐約）的資助下，自1995年起又設立了醫學博士和理學博士（M.D. & Ph.D.）雙學位教育項目，選拔少數經過八年學習、取得醫學博士（Ph.D.）學位的優秀畢業生，繼續學習3年時間，進一步加強其科學研究能力的訓練。學生在完成規定學業，成績合格，並通過論文答辯後，再授予理學博士（Ph.D.）學位。培養學生成為既具有較強的醫療實踐能力，又具有獨立進行醫學科學研究能力的複合型人才。
課程設定
第一階段：醫學預科階段，五個學期，在清華大學生物系進行
第二階段：基礎醫學階段，三個學期，在校本部基礎醫學院進行
第三階段：臨床醫學階段（含見習），四個學期，在校本部臨床醫學院進行
第四階段：臨床實習及科研訓練，四個學期，其中畢業前8個月時間為科研訓練課時間，必須在博士生導師的指導下，獨立完成一項科研題目並通過答辯。
主幹學科 生物學、基礎醫學、臨床醫學等
主要課程 高等數學、物理學、化學、生物學、英語、人體解剖學、組織胚胎學、生理學、生物化學、微生物學、免疫學、病理解剖學、藥理學、診斷學、內科學、外科學、婦產科學、兒科學、神經病學精神病學、科研訓練課等
臨床教學基地
學校原有六所附屬醫院：北京協和醫院、北京阜外心血管病醫院、北京腫瘤醫院、北京整形外科醫院、天津血液病醫院、南京皮膚病醫院。
此外學校還擁有北京天壇醫院、航天科技集團公司總醫院、煤炭工業部總醫院等教學醫院。
【護理學院概況】
學校的高等護理教育始於1920年，是我國最早實施護理本科教育的學校，目前已經建成博士、碩士、本、專科教育體系。
護理學院院址在北京西山八大處。護理本科部分課程在校本部東單地區授課，部分課程在護理學院授課；護理專科只對北京地區招生，全部為走讀，在校本部東單地區上課。
護理本、專科實習基地
臨床護理實習基地：北京協和醫院、北京阜外醫院、北京安定醫院、北京婦產醫院、北京同仁醫院等。
社區護理實習基地：方莊醫院社區護理實習基地、和平里醫院社區護理實習基地。
〖本科教育〗
經衛生部和教育部批准，在國外資金的資助下，學校按21世紀教育目標，對護理專業課程體系和教學內容進行了全面改革，實行了新的教育模式，實現與世界護理教育接軌。學制為四年，招收理科高中畢業生（男、女兼收）。學生在校學習醫學基礎和護理專業課程，完成臨床實習和科研訓練。學生按規定完成畢業論文，修完全部課程，成績合格者授予理學學士學位。
培養目標 培養系統掌握現代護理學以及相關學科理論和技能，熱愛社會主義祖國，擁護中國共產黨，願意為社會主義現代化建設和人民健康服務的富有獨立思考和創新意識，基礎紮實，實踐能力強的德、智、體、美全面發展，品學兼優的高層次護理人才。培養熱愛護理事業，具有較強自學能力、獨立分析和解決問題能力、與人合作能力、並在學術方面進行國際交流，成為適應21世紀社會發展和人民健康需要的臨床護理、護理教育、護理管理、護理科研等方面的骨幹人才。
課主幹學科 護理學、心理學、生物醫學等
主要課程 人體生物學Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ，藥物治療學，護理學基礎，健康評估，護理學Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ、Ⅴ、Ⅵ，生長發育，溝通交流，心理學，人類發展與哲學，社區護理，護理教育，護理管理，護理科研等。
學生就業情況 畢業生適宜從事臨床護理、護理教學及研究、護理管理。其就業方向為各大醫院、各大醫學院校的護理教學單位、醫療保健機構等。
〖專科教育〗
學校的護理專科為三年制。 因考慮到護理學是提供衛生保健服務，促進身心健康的專業學科，隨著醫學模式轉變為環境－心理－生物－社會醫學模式後，護理學的學科體系和內容得到了進一步拓展，大力提高護理專業學生的人文素養對護理學發展具有重要的現實意義。為此我校自2004年起試行文理兼招。
培養目標培養系統掌握現代護理學以及相關學科理論和技能，熱愛社會主義祖國，擁護中國共產黨，願意為社會主義現代化建設和人民健康服務的富有獨立思考和創新意識，基礎紮實，實踐能力強的德、智、體、美全面發展，品學兼優的高層次護理人才。培養熱愛護理事業，具有較強實踐工作能力、自學能力、獨立分析和解決問題能力、與人合作能力的臨床護理骨幹人才。
主要課程 人體生物學Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ，藥物治療學，健康評估，生長發育，護理學基礎，護理學Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ、Ⅴ、Ⅵ，心理學，溝通交流等。
學生繼續深造和就業情況：專科學生在校期間學習成績優秀，符合轉入本科學習條件者，經學校考核，北京市教育委員會批准可直接轉入本科繼續學習，學習期滿按本科生畢業，獲得理學學士學位。專科升本科的名額為同屆專科生的15%。其他專科生畢業後，可通過成人聯考再進入“專科升本科”的學習，學習期滿成績合格者，可獲得成人教育畢業證書。
歷任校長
麥克林 FRANKLIN C. MCLEAN 1918──1919 內科教授
胡恆得 HENRY S. HOUGHTON 1920──1928 1938──1942
顧 臨 ROGER S. GREENE 1928──1935 中華醫學基金會駐華代表（代理校長）
劉瑞恆 1929──1938 外科教授，我國第一位畢業於美國哈佛大學的醫學博士，協和醫學院第一位中國人院長
李宗恩 1947──1957 內科教授
黃家駟 1959──1983 著名胸外科專家，中國科學院學部委員，一級教授
吳階平 1983──1984 著名泌尿外科專家，中國科學院學部委員，一級教授
顧方舟 1985──1992 病毒學家，六十年代初成功研製脊髓灰質炎口服活疫苗
巴德年 1992──2001 免疫學家，中國工程院院士，現任浙江大學醫學院院長
劉德培 2001── 醫藥分子生物學專家，中國工程院副院長
