清初期
，承襲未入關前的舊規，以滿洲特有的旗制為其本部骨幹，基本上按明代制度統治漢人。直到雍正、乾隆兩朝，才逐步調整，得以比較穩定下來。中央機構設定如下：
一、內閣順治十五年（公元1658年）七月，清王朝參照明制，改內三院為內閣。大學士改加殿、閣頭銜，稱“中和殿大學士”、“保和殿大學士”、“文華殿大學士”、“武英殿大學士”、“文淵閣大學士”、“東閣大學士”（乾隆十三年去掉中和殿，增入體仁閣，成為三殿三閣）。大學士的品級改為正五品，這也是參照明制，怕大學士權力過重，而特降低其品秩，藉以抑制。這時的內閣，雖具有掌握最高政權的中樞機關的雛形，但因大學士降低了品秩，又減少了辦事人員，所以其權任反較順治初年之內三院為輕了。
內閣大學士的品級，到雍正八年（公元1730年），滿、漢俱定為正一品。至此，大學士成為清王朝最高的官員，猶如歷朝的丞相。《清史稿•大學士年表序》說：
清大學士滿、漢兩途，勛高位極，乃以相授……其品列皆首文班。任軍機者，自親王外，其領袖者必大學士，唐、元三公尚不及也。
這說明清代大學士的地位是極為尊崇的。
協辦大學士，猶如宋之參知政事，為大學士之副職。初期未有定額設定，遇有大學士在內廷行走或奉差在外，才另選人員協辦閣務。早在雍正元年至五年間（公元1723—1727）有署大學士，六年（公元1728年）又有額外大學士。十年至十三年（公元1732—1735年）再設協理大學士。到乾隆四年（公元1739年）才有協辦大學士，以後並改為常設。其品級比大學士稍低，從一品。
內閣學士的品級為從二品，均兼侍郎銜（乾隆五十八年以後去兼銜）。其職掌是：滿學士掌奏本章，漢學士掌批“題本”（內外官員匯報皇帝之文書）。若依其應有權任，並不僅於此。如康熙二十一年（公元1682年）諭：“學士乃參贊政事之官，如有所見，應行啟奏。近來並無與議者，若惟送本接本，用一筆帖式足矣，何必設立學士？此後各有所見，俱令敷陳。”①雖有此諭，可是一般學士仍按部就班，作一些例行之事而已，遠不如軍機章京職責之重。
內閣人員的額數，據《大清會典》、《清史稿》等書的記載，規定為：大學士滿、漢各2人，協辦大學士滿、漢各一人，學士滿6人、漢4人，典籍滿、漢、漢軍（編入八旗之漢人）各2人，侍讀學士滿4人，蒙、漢各2人，侍講滿10人，蒙、漢、漢軍各2人，委署侍讀無定員，中書滿70人，蒙16人，漢30人，漢軍8人，帖寫中書滿40人，蒙古6人（以上各員額時有增減），撰文中書無定員，供事62人，總人數為288人（委署侍讀是由典籍內派委、撰文中書是由中書內派委，都不占額數）。
內閣乃諸曹總匯之區。其職掌據《光緒會典》卷2載：“掌議天下之政，宣布絲綸、厘治憲典，總鈞衡之任，以贊上理庶務。凡大典禮，則率百寮以將事”。其具體的職務有：
第一，掌議政事，宣布綸音（皇帝的詔令）。
內閣為正一品衙門，位在六部之上。大學士“位尊望重”，其職務首先是議政事，宣布綸音。閣臣常在皇帝的左右，充當顧問。他們不但對答政事中的疑難問題，而且為皇帝辦理公文，草擬諭旨。內閣所承辦的公文有制、詔、誥、敕、題、奏、表、箋。據《光緒會典》卷2載：
凡綸音之下達者，曰制、曰詔、曰誥、曰敕，皆擬其式而進焉。凡大典宣示百寮，則有制辭。大政事、布告臣民，垂示彝憲，則有詔，有誥。覃恩封贈五品以上官，及世爵承襲罔替者，曰誥命。敕封外藩、覃恩封贈六品以下官，及世爵有襲次者，曰敕命。諭告外藩及外任官坐名敕、傳敕，曰敕諭。
內閣為絲綸重地，每日欽奉上諭，由軍機處承旨，凡應發鈔者，皆下於內閣。此外，內閣還負責記載綸音，所載事項分為三冊：凡每日發科本章，滿漢票簽處當直中書摘記事由、詳錄聖旨者分為一冊，稱為“絲綸簿”；特降諭旨者分為一冊，稱為“上諭簿”；中外臣工奏摺，奉旨允行，及交部議覆者，分為一冊，稱為“外記簿”。三冊存放內閣，以備參考。
第二，辦理本章。
內閣的日常事務，是為皇帝辦理本章。《內閣志》中說：“大學士于軍國，事無不統，其實每日所治事，則閱本也。”《皇朝文獻通考》卷80載，大學士的職務主要也是辦理本章。清代內外官的本章可分為通本和部本兩類。凡各省將軍、督撫、提鎮、學政、鹽政、順天府尹、盛京（今遼寧省）五部本章，俱通過通政司再送內閣，稱為“通本”；在京六部及各院、府、寺、監衙門本章，稱為“部本”。通本到閣後因無滿文部分，先由漢本房將其貼黃翻譯為滿文，轉滿本房校閱，繕寫清楚貼上於後。部本原系滿、漢文合璧，與譯好的通本一併交漢票簽處。由中書草擬票簽，經侍讀學士校閱，由大學士審閱後，交滿、漢票簽處繕寫滿、漢文正簽。經內奏事處進呈御覽；皇帝批閱後，交批本處，漢學士批漢字於正面，翰林滿人中書批滿字於反面，至此成為“紅本”。接著是下達執行：由滿本房領出交紅本處，每日六科給事中來處承領，到科後抄發各衙門執行；每年終，由六科給事中回繳紅本處，轉交典籍北廳，再入紅本庫保存。此外，內閣還處理部分奏摺。
第三，辦理典禮祭祀的有關事宜。
凡是比較隆重的典禮和祭祀，如皇帝登極、立後、祭天地、祖宗等，都由內閣辦理。《光緒會典》卷2載：
凡大祀、中祀，前期書祝版。奉神位於壇廟，則視鐫與其飾青。制冊寶亦如之。皇帝登極則奉詔，授受大典，奉寶亦如之。冊立冊封則授節。命將出師，授敕印亦如之。文武傳臚則奉榜。凡大朝會、進表，則展表所宣焉。
第四，組織修書，存貯檔籍。
纂修史籍，本是翰林院職掌。順治初，以翰林院分隸內三院，修書各館，也附設於內三院。康熙以後，雖分設翰林院，但各書修纂，仍以內閣大學士任監修總裁官，學士則分兼副總裁、總纂、纂修等職。此外，內閣還負責檔案典籍保藏。在東華門內置紅本、實錄庫，這是清政府重要的檔案庫。另外還收存揭帖。《光緒會典事例》卷14載，“雍正七年（公元1729年）議準，各省題奏本章，俱增寫揭帖一通，送起居注館，俟記注後，將揭帖轉送內閣收存。”內閣收存最大量的檔案是紅本，其他還保存實錄、聖訓。
內閣的內部設有典籍廳、滿本房、漢本房、蒙古房、滿票簽處、漢票簽處、誥敕房、稽察房、收發紅本處、飯銀處、副本庫、批本處等機構，分掌各項事務，其設官員額及具體職掌分別如下：
典籍廳：是內閣的秘書部門，有學士10人（滿6人，漢4人）、典籍6人（滿、漢、漢軍各2人），供事22人。此外侍讀學士、侍讀、中書等兼在典籍廳辦事者，由大學士派委，無定員。其辦事之所，分南、北兩廳。南廳職掌有四：
（一）掌關防。內閣無印，對外行文，用典籍廳關防。
（二）收發及辦理文稿。各衙門來文，直送兩廳，再按事務性質分送各房。
（三）官員考績事務。負責對侍讀、典籍、中書等官的考績。
（四）管理“吏役”事務。考取助理事務的“供事”及管轄皂役等事。
北廳職掌也有四項：
（一）掌奏章。擬辦陳事請旨之奏本及進賀表等。
（二）辦理大典事務。即關於大典禮的籌備應辦事項。
（三）用寶洗寶。請用國家寶璽及歲終封寶日洗寶事務。
（四）收藏紅本圖籍，並收貯表章等。
滿本房，或稱滿本堂或滿洲堂。有侍讀學士2人，侍讀4人，中書39人，貼寫中書24人，供事3人，共72人（均為滿員）。掌校閱題本的滿文部分，管理內閣大庫及皇史宬的收藏事務。如收貯實錄、聖訓、起居注、史書、方略及經略將軍的印信等物。收發和每日向皇帝進呈實錄，增修王公世爵譜冊以及繕寫各項滿洲文字。
漢本房，又名漢本堂，有侍讀學士4人（滿、漢各2人），侍讀5人（滿3人，漢2人）、中書42人（滿31人，漢軍8人，漢3人），貼寫中書16人（都是滿員），供事3人。其職掌為收發通本，翻寫貼黃及各項應翻為滿文之文書，如上諭、碑文、冊寶、祝版應譯為滿文者均屬之。故又有翻譯房之稱。
蒙古房，又稱蒙古堂，有侍讀學士2人，侍讀2人，中書16人，貼寫中書16人（以上均蒙員）。掌翻譯蒙、回、藏等各種文字以及外國來文。凡遇有各藩部陳奏事件及表文，皆譯出具奏。凡頌揚各藩部誥敕、碑文、匾額以及奉旨特交事件，俱由蒙古房譯出繕寫。並管理蒙古實錄，聖訓。凡外國文字，如俄國照會，即召翰林院俄羅斯館官員至房翻譯。西方各國來照，即召西洋館官員翻譯。
滿票簽處，有侍讀3人（滿員），中書22人（滿20人，蒙古2人），貼寫中書8人（滿員）、供事4人，此外尚有委署侍讀（滿員）若干人。滿票簽處掌校閱滿文本章並撰繕滿文票簽，皇帝出巡時，發遞本報。京內外官員的奏摺，經皇帝批閱，應交在京各衙門知道或辦理的，由軍機處交滿票簽處，傳知各衙門鈔回辦理。
漢票簽處，有侍讀2人，中書27人（以上均漢員），供事4人。此外有委署侍讀若干人。掌校閱漢文本章，撰繕漢文票簽；撰擬御製文字，如制、詔、誥、敕、冊文、祝文、封號等。
誥敕房，康熙十年（公元1671年）始設誥敕房，隸漢本房兼管。專司校勘和收發誥敕。凡漢票簽處撰擬誥敕，由誥敕房審核，繕定正本，用寶頒發。封贈誥敕，按定式刊刻存儲，凡用時交中書科填寫，經誥敕房校閱頒發。
稽察房，雍正五年（公元1727年），令各部院衙門將每日事件已結、未結情由聲明送內閣，於月底匯齊奏報，這時始設稽察房①。其職官由大學士於滿、漢侍讀、中書內派委，無定員。額設供事4人，凡交部議復事件，按日記檔，俟各部院移會到時，逐一核對，分別已結、未結，每月匯奏一次，叫“月折”。每日軍機處發出滿、漢文諭旨，由滿票簽處移至稽察房存儲，至月底，繕寫滿漢文合璧奏摺匯奏，稱為“匯奏諭旨”。
收發紅本處，又稱紅本處、收本房。康熙、雍正、乾隆三朝《會典》均未見記載。《嘉慶會典》始有此名稱。約成立於乾嘉年間。司員由大學士於滿、漢中書內派委，無定員。凡批過的題本，交由紅本處每日發給六科傳鈔，年終繳回匯集，貯入紅本庫。
飯銀庫，又稱飯銀處，其司員由大學士於滿洲侍讀、典籍、中書內派委，無定員。專掌收支內閣司員飯銀。這種飯銀由各省總督、巡撫及布政使咨送。分配辦法是：大學士每日銀三錢，以下官員遞減，至中書每日銀六分，以充飧食費用②。
副本庫，約成立於乾嘉年間，《嘉慶會典》始有此名。其司員由大學士於滿、漢中書內派委，無定員，掌收題本之副本。乾隆以前，每到年終收藏副本，都派漢票簽處的中書送存皇史宬廂房，年久貯滿，無地存收，才另設副本庫。
批本處，乾隆以前稱“紅本房”，設於宮廷之內。其司員有滿洲翰林院官1人（於翰林各職事內選用），中書7人，掌進本之收發與批本事務。每日進本，由滿票簽處中書送交批本處，由批本處送內奏事處進呈，待發下以後，批本處照皇帝閱定滿文簽，用紅筆批於本面，再交滿票簽處中書帶回內閣，遇有改簽及“折本”，皆存記檔案，按日交發辦理。
清內閣自天聰十年（公元1636年）設內三院起，至宣統三年（公元1911年）止，掌握國政有270多年之久，但其勢力不是始終如一的，是屢有演變的。初設內三院時，尚在關外，並有議政處分其權。那時只是初具規模。入關後，為加重內三院之職權，明命條陳政事或外國（對外）機密或奇特謀略，都由內三院轉奏。並定內三院品級與六部同（先是低六部一級）。順治十五年（公元1658年），正式改為內閣，只是沿襲明代官制，並不是加強內閣職權，相反卻降低大學士的品級（正五品），減少了它的職官人數，其權勢反而低於內三院。順治十八年（公元1661年）再改回內三院，大學士品級又同於六部。康熙九年（公元1670年）恢復內閣，大學士兼尚書。康熙親政後，軍國機要，始終歸內閣。至雍正八年（公元1730年），大學士升為正一品，在各部尚書之上（尚書為從一品），當時雖已設軍機處，但任軍機大臣者，除親王外，其首領必是大學士，所以當時的大學士是勛高位極，因稱內閣為“宰輔”。至乾隆二年（公元1737年），再設軍機處後（軍機處停設了二年），機要章奏都下到軍機處。凡軍國要務，都要由軍機大臣承旨出政，內閣之權便輕，只是辦理一些例行事務。趙翼在《檐曝雜記》中說：“軍機處，地近宮廷，便於宣召。為軍機大臣者，皆親臣重臣，於是承旨出政，皆在於此矣。”《清史稿•大學士年表序》說：“雍正以後，承旨寄信有軍機處。內閣宰輔，名存而已。”原來具有宰相身分的內閣大學士，成為進爵的虛銜，內閣便淪為辦理例行政務、頒發文告的機關。光緒二十七年（公元1901年）八月改題為奏，內外臣工的奏章，一般都採用奏摺。改題為奏後，各省督撫就不須把題奏事件的副本交通政司轉送內閣了，內閣便成了“閒曹”。這時的內閣公署，僅成了儲存檔案之所。宣統三年（公元1911年）四月，另組西歐式的責任內閣，舊內閣廢。
二、軍機處
清初沿明舊制，“章疏票擬，主之內閣。軍國機要，主之議政處”①。到雍正七年（公元1729年）因西北用兵，往返軍報頻繁，內閣距內廷太遠，皇帝不便親授機宜，故在這年元月，在內廷設立軍機處，其全稱為“辦理軍機事務處”。初設時名為“軍機房”，雍正十年（公元1732年）改名辦理軍機處。軍機處是分割內閣之權，所以說它是“內閣之分局”。軍機處在清代統治了180餘年，成為大政所出的宰輔之區。它的體制特殊，職官簡煉，有官而無吏。它的全部工作，由軍機大臣主持，軍機章京辦理。
軍機大臣俗稱“大軍機”，分設滿、漢員，由滿、漢大學士、各部尚書、侍郎、總督等奉特旨應召入值，為兼差，人員無定額；由親王或大學士滿、漢各一員為首領，當時稱為“揆首”、“領袖”。依清制，親王不能入軍機。嘉慶四年一月，曾以軍機處事繁，命成親王永瑆在軍機處行走。同年十月，又以“非祖制”罷值。至鹹豐三年（公元1853年）以後，始有親王任軍機大臣。初期，凡應皇帝召見商議政務，或依皇帝旨意起草詔諭等，均為領班軍機大臣之責。凡經皇帝選調到軍機處工作的軍機大臣，則稱為“軍機處行走”或“軍機大臣上行走”。初入值軍機處者，若因其資歷或能力尚淺，則命在“軍機大臣上學習行走”，即是見習之意，其地位稍低，排班時列於後。一、二年後，再由領班軍機大臣專摺奏請皇帝，除去“學習”二字。各軍機大臣之間，也有資格、品位高低之分，權力各不相同。例如有的滿洲大臣只準閱看滿文奏摺，或新任大臣不準閱看皇帝朱批的奏摺。這些不同待遇都是由皇帝親定。
據《光緒會典》卷1017記載，嘉慶五年（公元1800年）規定：軍機大臣只準在軍機處承寫當日所奉上諭，部院稿案不準在軍機處辦理（因軍機大臣為兼職，仍保留部院原職實缺）。各部司員不準至軍機處“回事”（找他們本衙門堂官請示事務）。軍機章京辦事之處，不準閒人窺視。自王以下滿、漢文武大臣，都不準到軍機處找軍機大臣談話，“違者重處不赦”。為了嚴格執行這些規定，每天派都察院御史一人到軍機處旁邊的內務府值房監視，軍機大臣散值後，才準他們退值。
軍機處初設時，所掌僅限軍務。《清史稿•軍機大臣年表序》說：“初只承廟謨商戎略而已。”但以後事權逐漸擴大，以至軍國大計莫不總攬。其具體職掌有如下幾方面：
一、負責皇帝下達諭旨的撰擬和參與官員上報之奏摺文書的處理。官員上報的文書，凡摺奏“請旨”者歸軍機處，照例的題本歸內閣，直到清末未變。
二、辦理皇帝交議的大政，凡遇重要政事，皇帝不能裁決的，或交軍機處議奏，或密議，或交軍機處會同關係衙門議奏。特交的，由軍機處查議其可否，密擬辦法上奏；會同議奏的，或由軍機處主稿，或由所會衙門主稿，臨時酌定。
三、某些重大案件，皇帝特交軍機大臣審理擬定，或由軍機大臣會同三法司審擬。軍機大臣可在軍機處提訊，也可使用刑訊。應刑訊時，選用內務府公所或於步軍統領衙門進行。凡秋審案件，軍機大臣也參與。
四、重要文武官員之任免及各部尚書、侍郎、各省總督、巡撫、以至道、府、學政、關差、鹽政以及駐防將軍、都統、駐各邊疆地區之領隊大臣、辦事大臣等官員的補放，均由軍機大臣負責開列應補人員名單，交皇帝選擇任用。遇科考，也由軍機大臣開列主考、總裁名單，奏請皇帝選用。複試或殿試，軍機大臣負責核對試卷、檢查筆跡或任命閱卷官。
五、考查行軍之山川、道里與兵馬錢糧：凡有行軍，軍機處根據有關圖書，考查山川險要，道里遠近，如系邊遠地區，圖書中沒有記載的，要考查新舊檔案並加諮訪。套用的兵馬、錢糧，則由戶部、兵部、理藩院等衙門取簡明確數備查。遇有皇帝查訊的問題，即時呈遞。
六、軍機大臣可奉皇帝旨意，以“欽差”身分，往各地檢查或處理一些政事。
軍機章京，俗稱“小軍機”，早期也稱為“司員”。最初，章京無一定額數，在內閣中書等官員中選調。乾隆初，改由內閣、各部、理藩院等衙門調派。自嘉慶四年（公元1799年）始，定軍機章京分滿、漢各兩班，每班8人，共32人。各班設領班、幫領班章京各1員，由軍機大臣於章京中選資深望重者任之。軍機章京的選任，據《樞恆紀略》卷7載：“漢軍機章京由內閣中書、六部郎中、員外郎、主事、七品小京官由進士、舉人出身者兼充；滿軍機章京以內閣中書、六部、理藩院郎中、員外郎、主事、筆帖式兼充”。光緒三十二年（公元1906年）確定漢章京額缺為20人。
軍機章京也是兼差，凡承旨入值軍機處的官員，仍為原衙門的實缺並照例升轉。軍機章京一般為五、六品，領班章京為從三品或正四品。軍機章京按例不參加京察，其獎敘升轉由軍機大臣酌情保奏，平時每屆三年奏保，凡遇修補檔案，編修方略等事結束時，均照例特保，故章京的提升較快，當時人視之為升官的捷徑。光緒三十二年（公元1906年）十二月初十日奏定變通軍機章京升補章程，定軍機章京為實缺，其領班章京秩視三品，幫領班章京秩視四品，以下各章京俱按原品實授。並規定了三年遞升一級的升補辦法①。軍機章京辦理軍機處的日常工作，處理文書，記注檔冊，撰擬文稿等。自乾隆時傅恆任領班軍機大臣始，軍機章京亦同時負撰擬諭旨之責；還參與軍機處新承辦案件之審理；跟隨軍機大臣或單獨奉派往各省查辦和處理政務。
軍機處設於禁廷隆宗門內靠北、乾清門外西側，軍機大臣辦公處名為軍機堂。軍機處內部組織，不見記載。從軍機處檔案的《交片檔》看，有滿、漢軍機處之分，或簡稱“滿屋”、“漢屋”，由滿、漢章京分別任事。又《行文檔》中有“清檔案處”、“漢檔案處”之設，或稱“清檔房”、“漢檔房”，這是管理滿、漢檔案的分工。在宮廷之內，滿屋的辦公處設在隆宗門內之南，在軍機堂對面之左，右為漢屋。其職掌據《光緒會典》卷3所載，滿屋分管在京旗營及各省駐防和西北兩路軍營官員的補放事務，負責內、外蒙古、藩部及喇嘛等朝貢時擬賞單，並掌管軍機處本身的一切事務性工作；漢屋辦理在京部院及各省文職官員、綠營武職官員的補放進單，王公內外大臣賞單及擬給外國朝貢使臣賞單，辦理皇帝交下的應當查考和應當辦理的一切事情，以及負責軍機處的對外聯繫，管理軍機處的檔案等工作。
軍機處的設立，是清王朝對中央行政機構的一次重大變革，表現出清代前期政治制度高度集權的趨向。軍機處成立以後，逐漸代替了清建國以來所依靠的滿洲親王，貝勒參與議政的制度，廢除了議政處；同時也削弱了內閣參與國政的權力。軍機處以“君權附庸”的地位，成為凌駕於內閣及各部、院之上的全國政務的總匯機關，軍國大計，無不總攬。
三、通政使司
通政使司是沿襲明制。清入關後，於順治元年（公元1644年）設立的。名為“通政”，是以政務比水，欲其上下常通之意。據《清朝文獻通考》卷82載，通政司“掌受內外章疏，臣民密封申訴之事，凡在外之題本、奏本，在京之奏本，並受而進之於朝，核其不如式及程途稽限者。凡大政大獄，鹹得偕部院予議焉。”其具體任務是，收各省題本，校閱後送內閣；查有題本不合規制的，送內閣參處；有逾限期的，移交關係衙門議辦。各省將軍、副都統與總督、巡撫、提督、總兵等官，按季將奏過本章造具印冊，咨送內閣查核。
光緒二十四年（公元1898年）七月，通政使因“事務甚簡，半屬有名無實”，而被併入內閣。不久，鏇於八月十一日又下諭恢復。至光緒二十八年（公元1902年），因改題為奏，職無專司，才被正式裁撤。
通政使司設通政使2人（滿、漢各1人，正三品），副使2人（滿、漢各1人，正四品），參議2人（滿、漢各1人，正五品），經歷2人（滿、漢各1人，正七品），知事2人（滿、漢各1人，正七品），筆帖式8人（滿6人，漢2人），經承15人。分設啟奏科、稿房、吏房、禮房、上房、火房等單位。
通政司所屬機構有“登聞鼓廳”，管軍民擊鼓伸冤之事，由參議1人兼管，由知事率役巡查，並有筆帖式滿洲1人，漢軍1人，經承6人，分設吏、戶、禮、兵、刑、工六房，分別辦理所屬事務。如有擊鼓之人，由通政使訊供，確有冤枉，奏報皇帝交刑部審辦。如系誣告，即送刑部按律加一等治罪①。“登聞鼓”，順治元年（公元1644年）設於都察院，由御史一人監管。順治十三年（公元1656年）移置長安右門外，以給事中或御史1人更替管理。到康熙六十一年（公元1722年）才併入通政使司。這是統治者表示為人民“雪冤”的設施。
