中樞部
中樞部由內閣，軍機處和六部組成。
內閣
於明憲宗成化（1465年—1487年）首輔制臻至成熟；歷代著名的大學士包括張居正等。至清代其權力始消減，部份首輔權力轉移至總督均分，而自雍正時期後，軍機處取代了內閣在政治決策上的地位。
軍機處
軍機處主要成員為軍機大臣及軍機章京。軍機大臣員額無定，最少時以三員為度，最多不超過十員，通常為四至七員，尤以五至六員為最常，由親王 、大學士、尚書、侍郎或京堂充任軍機大臣，通稱大軍機。設首席軍機大臣，或稱領班軍機大臣，一般由滿族親王或大學士擔任。
其他任職者，按各人資歷分別被任命為軍機處行走、大臣上行走、大臣上學習行走等。軍機大臣須每天值班，等候皇帝隨時召見。另選內閣中書等官充軍機章京，通稱小軍機，滿漢各半，掌繕寫諭旨、記載檔案、查核奏議。軍機處具體職掌為：撰擬諭旨和處理奏摺；議大政，議後提出處理意見，奏報皇帝裁奪；讞大獄，參與重大案件審擬；參與對重要官員的任免和考核；隨侍皇帝出巡，奉旨出京查辦事件等，用字寄 上諭的名義對各地各部官員發布指令，凡特旨簡放大員，如大學士、六部、九卿、督撫、將軍、提督、學差、主考及駐外使臣，皆由軍機處開單請旨。
六部
六部，中國古代數個官署的統稱。從隋唐開始，對中央行政機構中的吏部、戶部、禮部、兵部、刑部、工部各部的總稱。又稱 六曹。發端於秦少府尚書，經東漢尚書台諸曹演化而成。
六部的職務在秦漢時為九卿所分掌，魏晉以後，尚書分曹治事，由曹漸變為部，至隋唐始確定以六部為尚書省的組成部分。以吏、戶（隋稱民部）、禮、兵、刑、工六部比附《周禮》中的六官，秦漢九卿的職務大部併入。元代六部改屬中書省。明太祖廢宰相不置，以尚書任天下事，六部直接對皇帝負責，地位更加提高。清末，新設外務等各部，六部之名遂廢。
佐理部
佐理部由都察院、大理寺、理藩院、翰林院、通政司、國子監、欽天監組成。
都察院
1636年，清朝皇太極即位後，清政府將監察文武百官的職責歸於都察院。長官為左右都御史，下設副都御史、僉都御史。爾後雖有改名，但是該機關糾察中國十五道、在京百官的職責沒有改變。
都察院舊址在北京西城舊刑部街，東西走向，東起西單北，西至鬧市口，在西長安街北側，與之並行。50年代擴寬西長安街時，舊刑部街被拆除。在都察院舊址上，興建了民族文化宮等現代建築
大理寺
大理寺是中國古代掌管刑獄的中央審理機關，「理」為中國古代對法官的稱呼。秦漢為廷尉，北齊改為大理寺，歷代因之，清更為大理院。大理寺所斷之案，須報刑部審批。凡遇重大案件，唐制由大理寺卿與刑部尚書、侍郎會同御史中丞會審，稱三司使。明、清由大理寺、刑部、都察院會審，稱三法司。決獄之權三在刑部，但大理寺不同意時，可上奏聖裁。大理寺卿官秩，隋初為正三品，煬帝改從三品，唐同。明、清均正三品。可參與朝廷大政會議。清光緒二十四年（1898），一度併入刑部，旋復舊。清光緒三十二年（1906），改為大理院。明清時期各中央司法機構的職能與隋唐時期相反，刑部負責審判，大理寺負責覆核。
理藩院
理藩院的首長為尚書，名額一人，由滿人出任，官階從一品，統理院內一切事務；副首長是侍郎三人，其中左右侍郎二人由滿人出任，蒙古侍郎一人由蒙古貝勒之中選賢出任，官階從二品；郎中十二人，由宗室一人、滿族三人、蒙古八人所組成，官階正五品，分掌院內各司事務，是處理各項庶務的中級官員；員外郎三十六人，由宗室一人，滿族十人、蒙古族廿五人組成，官階從五品，一般為閒職；堂主事六人，由滿族二人、蒙古三人，漢族一人；校正漢文官二人，皆由漢人出任，作翻譯工作；司務兩人，滿族蒙古族各一人；各司主事十人，分別由兩個滿族官及八個蒙古族官組成；銀庫司官、司庫、司使合共五人，全由滿員出任；筆帖式九十五人，分別為滿族官三十四個、蒙古官五十五人、漢族官六人，負責翻譯奏章、文書抄寫、檢查奏章滿漢蒙三文之間的校注。全院共設官一百七十二人，另有吏一百四十七人協助院務。
理藩院分司六個，分掌不同事項，四個司分掌外蒙古、新疆蒙古族、青海暨西藏（即所謂『外扎薩克』）及內蒙古（即所謂『內扎薩克』）的內部行政及對朝廷關係事務、一個掌管新疆回部及西南土司各部、最後一個司主理各外藩司法事宜。
翰林院
清初翰林之職最初屬於內三院，順治之後沿襲明制，設翰林院。但由於清朝統治者為滿人，在官制上採取了均衡滿漢的方略。設 掌院學士二人，滿、漢各一人；其下有 侍讀學士、 侍講學士、 侍讀、 修撰、 檢討、編修、 典簿、 待詔、庶吉士等，都是滿漢平均分配。侍讀學士以下逢四至五年需大考，不過者要被除名翰林，因此有“翰林怕大考”之說。這時的翰林院與明時一樣，地位清顯，但並不參與機密大事，主要職務是修史編書、掌文詞翰墨、充當皇子師傅、科舉考官等等。同樣承襲了明代的是，雖然翰林院無實際權力，由於被視為儲才之所，重臣宰輔大都從翰林院出身，以至於道光鹹豐年間，點翰林成為了仕途捷徑。從編修、檢討做起，十年可做到侍郎。
光緒三十一年（1905年），朝廷正式廢除科舉制度，翰林制度也隨之消失。
通政使司
通政使司，簡稱通政司，始設於明代，為各皇帝與各部門之間的收發出納機關，處理內外章疏敷奏封駁之事，清朝沿置，屬於輔助部門。該機構控管各行省題本，除了負責校閱外，也在未呈送前，先送內閣。通政使司設左右通政、通政使、通政使司副使、通政參議等官職。
國子監
國子監是中國隋代以後的中央官學，為中國古代教育體系之最高學府；同時作為當時國家教育的主管機構，隸屬禮部。國子監具有一定程度的監國功能，可以彈劾官員和國政，儘管這功能自宋朝以後已不甚明顯，而國子監自創建以來最明顯的三個功能則是：一協助國家舉行科舉考核；二負責對國家最優秀學子的教育工作；三規管士子的德行、操守。
作為古代中國的最高學府，在先秦以前，周代稱辟雍，虞舜時稱上庠，五帝時稱成均，漢以後稱太學。隋朝初期，設立國子寺，不久改稱國子監，並同時賦予主管全國教育行政職能。而在以前，太常兼有管理全國教育事務職能。隋、唐等朝國子監內往往又設太學、國子學等。宋時，只招收七品以上的官員子弟為學生，在建太學前為國家最高學府。明初先設國子學，不久改設國子監。清末設立學部（民國以後改為教育部），廢除科舉制度，國子監撤銷。國子監雖撤銷，但有觀點認為清末建立的京師大學堂（中華民國初年改名北京大學）繼承了國子監學統 。民國成立的國立中央大學（中華人民共和國成立前夕改名南京大學）則以南京國子監為前身 ，南京國子監舊址即為國立中央大學（南京大學）四牌樓舊址（院系調整後成為南京工學院即今東南大學校址）。
欽天監
欽天監，中國古代官名。掌管觀察天文，並推算曆法。
中國歷代多設定司天監，但名稱不同。周朝有太史，秦漢以後有太史令。隋代設太史監，唐代設太史局，後又改司天台，隸屬秘書省。宋、元兩朝有司天監；宋太祖建隆二年（961年）西域魯穆國馬依澤應詔入華在962年至963年間編制“應天曆”。元代又設太史院，下設三個局：推算局、測驗局、漏刻局。元代至元十七年（1280年）又設有回回司天監，任務“觀象衍歷”。明初有司天監和回回司天監，有天文、漏刻、大統歷、回回曆四科；洪武二年（1369年）阿拉伯魯密國的黑的兒、馬德魯丁、馬哈麻父子先後出任監正。洪武三年（1370年）改稱 欽天監。明朝以後即有歐洲傳教士加入。
帝室部
帝室部主要有宗人府、內務府、詹事府、太常寺、光祿寺、太僕寺、鴻臚寺、太醫院。
宗人府
宗人府是中國歷史古代管理皇家宗室事務的機構。掌管皇帝九族的宗族名冊，按時撰寫帝王族譜，記錄宗室子女嫡庶、名字、封號、世襲爵位、生死時間、婚嫁、諡號安葬的事。凡是宗室陳述請求，替他們向皇帝報告，引進賢才能人，記錄罪責過失之機構。
官吏及其執掌
①堂官
宗令，一人，宗室王公擔任，掌皇族屬籍，修輯玉牒，奠昭穆，序爵祿，麗派別，申教誡，議賞罰，承陵廟祀事。左右宗正，各一人，宗室王公擔任，輔佐宗令。左右宗人，各一人，宗室王公擔任，輔佐宗令。府丞，漢一人，正三品，掌校漢文冊籍。
②屬官
滿堂主事，二名，正六品，掌清文奏稿漢堂主事，二名，正六品，掌漢文典籍經歷司經歷，正六品，掌出納文移，宗室擔任左右二司理事官，正五品，左右二司分掌左、右翼宗室、覺羅譜牒，序錄子女嫡庶、生卒、婚嫁，官爵、名謚；並核承襲次序，秩俸等差，及養給優恤諸事，宗室為之左右二司副理事官，從五品，輔佐理事官，宗室為之左右二司主事，俱各二人，宗室為之左右二司委署主事，俱各二人，宗室為之左右二司筆帖式，各二十四人，宗室為之，掌繙譯文書左右二司效力筆帖式，各二十四人，宗室為之
內務府
內務府根源於滿族早期社會的包衣組織。包衣是“家僕”的滿語音譯，八旗制度產生時，包衣作為八旗成員的一部分而被編入包衣牛錄。隨著滿族社會的發展和清王朝封建君主制的確立，皇屬包衣牛錄的職責和地位也發生了變化，向具有宮廷服務性質的機構——內府轉化，這就是內務府的雛形。
清入關後，由於清宮服務範圍的擴大和歷代封建王朝宦官制度的影響，內務府一度被宦官機構——十三衙門取代。但是十三衙門這一機構不能適應滿族統治集團的政治需要，隨著清王朝在全國統治的鞏固，十三衙門也就必然重新被內務府所取代。
清代內務府的職責是“奉天子之家事”，管理宮禁事務。其成員由內務府三旗（鑲黃旗、正黃旗、正白旗）的15個包衣佐領、18個旗鼓佐領、兩個朝鮮佐領、一個回子佐領和30個內管領的包衣人及太監組成，其機構組織兼容了清初內務府和十三衙門兩種制度的內容和特點，並最終形成了以七司三院為主幹兼轄其他40餘衙門的龐大的宮廷服務機構。清代內務府是清代國家機構中職官人數最多、機構組織最為龐大的衙門，在維護清朝統治和專制皇權方面起到了十分重要的作用。
詹事府
詹事府，是唐代到清代的官署之一，主要負責東宮事務。
詹事府作為東宮僚屬之職能消失後，仍與翰林院一起行使某些其他職能。具體職掌如下。詹事、少詹事可參加朝會侍班，“恭遇升殿，滿漢詹事、少詹事，皆在殿上，序於翰林院掌院學士之次”。九卿、翰詹科道集議，詹事、少詹事均可參加。詹事坐於大理寺卿之次，少詹事坐於左右通政、大理寺少卿之次。凡纂修《實錄》、《聖訓》，詹事、少詹事等官例得派充副總裁官；纂修其他書史，少詹事及坊、局官皆得選充纂修官。此外，尚有某些職掌可與翰林院互兼，如經筵講官、日講官，尚書房侍直、殿試充讀卷官等
春坊官掌記注、纂修之事。其漢員，分別兼翰林院侍讀、侍講、編修、檢討等職。司經局洗馬，掌經籍、典制、圖書刊刻收藏之事。其漢員例兼翰林院修撰銜，皆沿明制。
至乾隆五十四年(1789年)清高宗諭：“本日閱洗馬周瓊呈請代奏謝恩折內，有‘補授司經局洗馬兼翰林院修撰’字樣。修撰系一甲一名進士專銜，何用假借、兼攝?朕思詹事府衙門自詹事、中允、贊善等官，亦俱兼翰林院侍讀學士、侍講學士、侍讀、侍講、編修、檢討等銜，此系相沿前明舊例。詹事等官既各有專銜，嗣後毋庸再兼翰林院虛銜，以昭核實。” ，自此修撰方成一甲一名進士之專銜，編、檢亦成一甲二、三名進士及留館庶吉士之專銜。
因翰林院侍讀、侍講與修撰、編修、檢討隔品，除特擢外，論俸升轉必經詹事府之坊、局官。即修撰升洗馬，編修升中允，檢討升贊善，稱為“開坊”。開坊之制是翰詹一體之具體體現。
清詹事府署乃因前明之舊，坐落於玉河東岸，門西向。康熙間曾重新修葺。清聖祖賜御書匾額日“ 德業仁義”。署內有先師祠。前有老松二株，甚是奇古。京城水多苦澀，而詹事府內井水最佳，汲者甚眾，蓋可稱之為當時最為知名之一絕。
太常寺
太常寺是中國古代掌管宗廟祭祀的機構。
光祿寺
光祿寺是中國古代掌理膳食的官署。 光祿寺原稱為光祿勛，由漢朝郎中令演變而來，統屬宮廷宿衛及侍從等。至魏、晉僅存其名，北齊則易名為光祿寺，職責亦變為掌理皇室膳食。自此各代均保留此制，僅遼時曾易名為崇祿寺，金則職屬宣徽院。
清朝另有內務府掌責，光祿寺成為外廷職司，為管理祭祀食品的官署。
太僕寺
太僕寺，中國古代朝廷的中央機構之一，在清朝，主要從事牧馬政令，皇帝出巡，扈從車馬雜物皆為總管。其中，置卿、少卿、員外郎等官職。1910年代，清朝滅亡後，該機構廢除。
鴻臚寺
鴻臚寺，中國古代官署名。漢改秦代典客為大行令，漢武帝時又改名大鴻臚。鴻臚，本為大聲傳贊，引導儀節之意。大鴻臚主外賓之事。至北齊，置 鴻臚寺，後代沿置。南宋、金、元不設，明清復置，主官為鴻臚寺卿。主要掌朝會儀節等 。
鴻臚寺舊置判寺事一人，以朝官以上充。元豐官制行，置卿一人，少卿一人，丞、主簿各一人。卿掌四夷朝貢、宴勞、給賜、送迎之事，及國之凶儀、中都祠廟、道釋籍帳除附之禁令，少卿為之貳，丞參領之。凡四夷君長、使價朝見，辨其等位，以賓禮待之，授以館舍而頒其見辭、賜予、宴設之式，戒有司先期辦具；有貢物，則具其數報四方館，引見以進。諸蕃封冊，即行其禮命。若崇義公承襲，則辨其嫡庶，具名上尚書省。其周嵩、慶、懿陵廟，命官以時致享，若凶儀之節，宗室以服，臣僚以品，辨其喪紀而詔奠臨賻贈之制。禮儀成服，則卿掌贊導之儀，葬則預戒有司具鹵簿儀物。分案四，置吏九。其官屬十有二：往來國信所，掌大遼使介交聘之事。都亭西驛及管幹所，掌河西蕃部貢奉之事。禮賓院，掌回鶻、吐蕃、党項、女真等國朝貢館設，及互市譯語之事。懷遠驛，掌南蕃交州，西蕃龜茲、大食、于闐、甘、沙、宗哥等國貢奉之事。中太一宮、建隆觀等各置提點所，掌殿宇齋宮、器用儀物、陳設錢幣之事。在京寺務司及提點所，掌諸寺葺治之事。傳法院，掌譯經潤文。左、右街僧錄司，掌寺院僧尼帳籍及僧官補授之事。同文館及管勾所，掌高麗使命。已上並屬鴻臚寺。中興後，廢鴻臚不置，併入禮部。
太醫院
太醫院，中國古代官署名。
秦漢以後設太醫令，為掌管醫療；隋唐設太醫署；宋設醫官院；金代改稱太醫院，長官為提點；明清相沿，長官稱為院使，其下轄御醫、吏目、醫士等數十人，分為大方脈、小方脈、傷寒、婦人、針灸、口齒等科，主要為宮廷服務，並需分班處理緊急醫痛，是為宮直，清代又於其中設教習廳，以培養宮廷醫務人員；1910年代，清朝滅亡後，該機構廢除。
