相傳，古時鯨山村坐落於囊山余脈的新坡與嶺兜之間的山地中，經歷宋明時地震及避倭寇之難，人們相中那海邊的石頭山是“八卦寶地”，便逐漸徙居其山上。村中古民居依山勢而建，多座東朝西。村民多以灘涂種植和捕魚為業。故在石山上很早就有一座祀東海龍王的小廟。以後徙居的村民逐漸增多，廟宇隨之擴建為宮。人們又請“太上老君”入宮為主神，便將宮改稱為混元殿。
據清鹹豐年間一塊石碑記載：“我鯨山之香火萬年也，上祀道德聖君因襲唐之徽號匾其殿曰混元，風流帝子石胎真人實左右焉”。宮自明代創建之後，至清代康熙、鹹豐年間兩次重修，一直保持明代的建築風格，改革開放後曾略作修葺，由於這宮中的一木一石都有其悠久歷史，故被涵江區列為第一批文物保護單位。
鯨山村自明主廟聚居以來，風風雨雨，曾遭受多少次海嘯侵襲。該宮即位於海灘邊，潮汛首當其衝，宮前有上下埕，當海水浸到下埕時，就不再入侵了。因而人們認為宮地屬“鴨母穴”聖地。每遇海水淹時，民眾都到宮中避難。
“海外蜃樓獻瑞；門前雁塔題名”。這是題於殿大門的一幅聯語，它形象地刻畫了殿宇周圍的旖旎風光。殿宇座西朝東，面對雁陣山上的雁塔，其南側天然花崗岩高低錯落。古時，每當風平浪靜之際，那海面上常有海市蜃樓呈現，人們紛紛來到這山岩上遙望勝景祈求豐年。殿宇面寬五間，殿前置三門，門前走廊兩側置護衛大將，怒目威儀。殿內分上下廳，下廳以中廊與後殿相連，旁置兩小天井。後殿之前檐下設太上老君寶帳，後殿三開間寬，兩側設道士生活用房。後殿之廳中設齊天大聖神像，其兩側以鍾爺、毛將軍相隨。再其後設三帳，中帳祀昊天帝子、東海龍王、普濟聖侯。左帳祀靈石聖王，右帳祀甌氏夫子。殿前為磚砌埕地，邊圍照牆作屏，埕之東南角為感應廟中軍府，祀靈牙中軍。殿中聯語均為古人所撰，如：“福海拖藍凝紫氣；壽山擁翠煥人文”、民康山比壽；物阜海為田”等。殿中文物頗多。據傳，主殿後帳東海龍王、昊天帝子等五尊軟身木構像，系明代始建時之原物。還有清鹹豐年間石碑，明代圍筵、護欄等。宮中還珍藏不少道家經籍，以及古楹聯、古十音書稿等。這些都是研究道家文化和習俗的難得資料。
混元殿的住家道士每隔二十年左右便舉行一次選“童身”及履行入道儀程等活動。他們將新選的人員集中於宮中，焚香念咒，傳授秘語，教授道規道範，俗名“關印”，這樣代代相承。每逢農曆正月十二至十六日，為這個村鬧元宵之日。這裡的鬧元宵儀式也別具一格。自十二日夜遊燈起，即各家各戶舉燈籠沿著村道田野巡遊一圈，而後請神至各祖居主廳堂念經消災去邪，還定點舉行道士“穿欄”活動。
這種活動有別於其他地方“跳粽轎”或“摔鐵球”。開始，“童身”經念咒焚符起神，而後身穿神袍，頭戴神帽，手持刀、戟、棒或劍，其他道士手拿綠色三角旗，或拿圓鈴，或御鼓，或驅邪麻繩，由道長領頭，在埕中巡行起舞，觀眾圍成一圈，四周鑼鼓助威，時而緊跑猛摔棒叉，時而緩行，變化著各種隊形。如蜈蚣蠕動一線排開，如“十”字交叉群芳吐艷，如八卦圖陣，如游龍探海，如圓月凌空。每舞一場就有十八種變法，是一場十分精彩的民間舞蹈表演。
