沿革
1872年（明治5年）2月，海軍省根據太政官（だいじょうかん）第62號公告從兵部省（ひょうぶしょう）獨立出來。當時軍政與軍令並未明確分開。大日本帝國憲法（だいにっぽんていこくけんぽう）實行後，軍令由作為大日本帝國陸海軍大元帥的天皇通過直屬機構主管，海軍省內主管軍令的部分被參謀本部（さんぼうほんぶ）吸收，1893年（明治26年），設定了海軍軍令部（ぐんれいぶ）作為海軍的最高軍令機關。海軍省成為主管海軍政策、軍備、人事、教育等事務的機關，以軍務局為中心。
海軍省是內閣中的一個省，首長為由天皇任命的海軍大臣。海軍大臣的職責是海軍的軍政管理，不具有軍令權，由現役的海軍大將或中將擔任。當逢海軍裁軍會議等重要事務，海軍大臣需要長期離開國內時，由內閣總理大臣（ないかくそうりだいじん）兼任的臨時海軍大臣。
1945年（昭和20年）11月30日，海軍省根據第680號敕令而廢除，改為第二復員省（だいにふくいんしょう）。第二復員省於1946年（昭和21年）6月被廢除，原海軍省的財產全部被大藏省（現在的財務省）處理。海軍省資料的一部分被防衛省和厚生勞動省繼承。
海軍省的建築物在東京都千代田區霞關。由約西亞·康德爾設計，於1894年完成。在二戰中受到損壞。戰後，至1985年完全被拆除。原址上現在為農林水產省（のうりんすいさんしょう）本部辦公樓（中央聯合辦公樓第1號館）。
組織機構
內設機構軍務局，管理軍備、服務、條約、禮儀等所有海軍相關制度。
兵備局，1940年（昭和15年）11月15日設立。管理動員、戰備、生產等戰爭執行計畫。
軍需局，1920年（大正9年）10月1日設立。管理裝備研製、燃料、軍需等。
人事局，1900年（明治33年）5月20日由海軍大臣官房人事課擴張而來。管理軍人和文職人員的人事和保障。
教育局，1923年（大正12年）4月1日由外設機構海軍教育本部縮編而來。管理海軍軍人的教育和對國民的宣傳活動。
調度局（經理局），負責預算、決算的計畫和執行，物資籌措，管理資金和貴重物品。
醫務局，負責醫療研究和衛生管理。
法務局，負責維持海軍軍人的軍紀，管理軍法會議。
（直接隸屬於海軍大臣的機構）
海軍將官會議
海軍技術會議
海軍艦政本部，1900年5月20日設立。管理艦船、兵器的開發、生產計畫。
海軍航空本部，1927年4月5日設立。管理航空器、航空技術的開發、生產、教育計畫。
水路部，負責海圖製作、海洋測量和海象氣象天體的觀測。
海軍高等軍法會議
海軍東京軍法會議
海軍大學校
海軍兵學校
海軍機關學校，1944年廢止。
海軍経理學校
海軍軍醫學校
潛水艇部
特攻部
電波本部，1944年4月20日由技術研究所擴張而來。負責雷達和無線電事務。
施設本部，1941年8月1日由內設機構建築部擴張而來。負責海軍設施的設計和工事事務。
化兵戰部，即防化部。
運輸本部，1943年6月25日由運輸部擴張而來。
緊急戰備促進部
船舶救難本部，1944年12月30日設立。負責沉沒、損傷船隻的補充、修理計畫以及船員救難。
練習聯合航空總隊
歷任長官
太政官時期海軍卿| 代 | 姓名 | 內閣 | 就任時間 | 卸任時間 | 兼任 |
|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 西鄉從道 | 第一次伊藤內閣 | 1885.12.22 | 1888.4.30 | ​ |
| 2 | 黑田內閣 | 1888.4.30 | 1889.12.24 | ​ | |
| 3 | 第一次山縣內閣 | 1889.12.24 | 1890.5.17 | ​ | |
| 4 | 樺山資紀 | 1890.5.17 | 1891.5.6 | ​ | |
| 5 | 第一次松方內閣 | 1891.5.6 | 1892.8.8 | ​ | |
| 6 | 仁禮景范 | 第二次伊藤內閣 | 1892.8.8 | 1893.3.11 | ​ |
| 7 | 西鄉從道 | 1893.3.11 | 1896.9.18 | ​ | |
| 8 | 第二次松方內閣 | 1896.9.18 | 1898.1.12 | ​ | |
| 9 | 第三次伊藤內閣 | 1898.1.12 | 1898.6.30 | ​ | |
| 10 | 第一次大隈內閣 | 1898.6.30 | 1898.11.8 | ​ | |
| 11 | 山本權兵衛 | 第二次山縣內閣 | 1898.11.8 | 1900.10.19 | ​ |
| 12 | 第四次伊藤內閣 | 1900.10.19 | 1901.6.2 | ​ | |
| 13 | 第一次桂內閣 | 1901.6.2 | 1906.1.7 | ​ | |
| 14 | 齋藤實 | 第一次西園寺內閣 | 1906.1.7 | 1908.7.14 | ​ |
| 15 | 第二次桂內閣 | 1908.7.14 | 1911.8.30 | ​ | |
| 16 | 第二次西園寺內閣 | 1911.8.30 | 1912.12.21 | ​ | |
| 17 | 第三次桂內閣 | 1912.12.21 | 1913.2.20 | ​ | |
| 18 | 第一次山本內閣 | 1913.2.20 | 1914.4.16 | ​ | |
| 19 | 八代六郎 | 第二次大隈內閣 | 1914.4.16 | 1915.8.10 | ​ |
| 20 | 加藤友三郎 | 1915.8.10 | 1916.10.9 | ​ | |
| 21 | 寺內內閣 | 1916.10.9 | 1918.9.29 | ​ | |
| 22 | 原內閣 | 1918.9.29 | 1921.11.13 | ​ | |
| 23 | 高橋內閣 | 1921.11.13 | 1922.6.12 | ​ | |
| 24 | 加藤友三郎內閣 | 1922.6.12 | 1923.5.15 | 內閣總理大臣 | |
| 25 | 財部彪 | 1823.5.15 | 1923.9.2 | ​ | |
| 26 | 第二次山本內閣 | 1923.9.2 | 1924.1.7 | ​ | |
| 27 | 村上格一 | 清浦內閣 | 1924.1.7 | 1924.6.11 | ​ |
| 28 | 財部彪 | 加藤高明內閣 | 1924.6.11 | 1926.1.30 | ​ |
| 29 | 第一次若槻內閣 | 1926.1.30 | 1927.4.20 | ​ | |
| 30 | 岡田啟介 | 田中義一內閣 | 1927.4.20 | 1929.7.2 | ​ |
| 31 | 財部彪 | 濱口內閣 | 1929.7.2 | 1930.10.3 | ​ |
| 32 | 安保清種 | 1930.10.3 | 1931.4.14 | ​ | |
| 33 | 第二次若槻內閣 | 1931.4.14 | 1931.12.13 | ​ | |
| 34 | 大角岑生 | 犬養內閣 | 1931.12.13 | 1932.5.26 | ​ |
| 35 | 岡田啟介 | 齋藤內閣 | 1932.5.26 | 1933.1.9 | ​ |
| 36 | 大角岑生 | 1933.1.9 | 1934.7.8 | ​ | |
| 37 | 岡田內閣 | 1934.7.8 | 1936.3.9 | ​ | |
| 38 | 永野修身 | 廣田內閣 | 1936.3.9 | 1937.2.2 | ​ |
| 39 | 米內光政 | 林內閣 | 1937.2.2 | 1937.6.4 | ​ |
| 40 | 第一次近衛內閣 | 1937.6.4 | 1939.1.5 | ​ | |
| 41 | 平沼內閣 | 1937.1.5 | 1939.8.30 | ​ | |
| 42 | 吉田善吾 | 阿部內閣 | 1939.8.30 | 1940.1.16 | ​ |
| 43 | 米內內閣 | 1940.1.16 | 1940.7.22 | ​ | |
| 44 | 第二次近衛內閣 | 1940.7.22 | 1940.9.5 | ​ | |
| 45 | 及川古志郎 | 1940.9.5 | 1941.7.18 | ​ | |
| 46 | 第三次近衛內閣 | 1941.7.18 | 1941.10.18 | ​ | |
| 47 | 嶋田繁太郎 | 東條內閣 | 1941.10.18 | 1944.7.17 | ​ |
| 48 | 野村直邦 | 1944.7.17 | 1944.7.22 | ​ | |
| 49 | 米內光政 | 小磯內閣 | 1944.7.22 | 1945.4.7 | ​ |
| 50 | 鈴木貫太郎內閣 | 1945.4.7 | 1945.8.17 | ​ | |
| 51 | 東久邇宮內閣 | 1945.8.17 | 1945.10.9 | ​ | |
| 52 | 幣原內閣 | 1945.10.9 | 1945.12.1 | ​ |
