人物生平
1893年時作為吉野號防護巡洋艦的返航委員英國出差，作為該軍艦水雷長參加中日甲午戰爭。1895年3月，為西鄉從道海軍大臣的秘書兼副官，1897年法國留學三年，致力於信鴿方面的研究。1900年回國，歷任常備艦隊參謀，橫須賀鎮守府副官、參謀，「鎮遠」號副艦長。
1903年成為巡洋艦「千代田」號艦長，日俄戰爭開戰前開進仁川港，偵察俄羅斯瓦良格號防護巡洋艦的動向，並開始撤僑工作。據說由於他鎮定自若，解除了僑民們開戰前的緊張感，仁川海戰前夜，瞞過了俄羅斯軍艦偷偷溜出港外，加入瓜生外吉司令官帶領的攻擊部隊。 對馬海戰時是上村彥之丞所屬第二艦隊法國造的鐵甲巡洋艦「吾妻」號的艦長，遵從同乘的參謀長藤井較一的建議獨斷攔截敵艦。
明治41年(1908年)晉升少將，兼任海軍教育本部的第2部部長，翌、年成為兵器開發的推進機關的艦政本部第1部長，在向英國訂購戰列巡洋艦「金剛」號的時候，村上強硬地要求採用14英寸口徑的主炮。當時英國最好的戰列艦主炮的口徑只有12英寸，英國工程師為他的大膽建議所說服，就在金剛號上試驗14英寸的主炮，結果1910年代的列國的戰列艦主炮，全都都採用著14英寸。大正元年(1912年）晉升為中將，吳港兵工廠廠長。
在海軍西門子事件被揭發後，作為艦政本部長訂購金剛號戰列艦的村上也被懷疑吃了回扣。秋山真之被派來調查他。他把存摺丟給秋山，「我的全財產就這么多」。秋山沒有打開存摺，抱著他的頭就哭。就這樣證明了他的清白，從那年的5月開始練續1年半擔任艦政本部長。應對主力戰列艦的開發計畫，偵察巡洋艦的流行，飛機的採用等、成為第1次世界大戰期間的兵器的改革，執行了技術開發方面的總指揮。
大正4年(1915年)12月，新編第3艦隊，村上就任第一代司令長官。對作為技術官員·軍政官活躍的村上來說，這是唯一的一次作為主將指揮作戰。在攻占青島和南洋群島占領等事件上活躍。
大正6年(1917年)4月調任教育本部長，再次回到軍政機關。他當時想把教育本部變得和陸軍教育總監部一樣，全部掌握海軍教育。在他任期間中沒能立即實現，他調職半年後才達成了海軍會計學校和軍醫學校的直轄化。
大正7年(1918年7月2日，和皇族的東伏見皇宮依仁親王，先輩八代六郎、加藤定吉、名和又八郎、山下源太郎一起晉升為大將。作為新政府海軍內最大勢力的舊佐賀藩學校的畢業生，他是第一個晉升為大將的，其他的人都在登上這個職位前就離開了海軍，在他之後，佐賀縣成為海軍大將的還有百武三郎、安保清種、百武源吾、吉田善吾和古賀峰一。
此後成為吳鎮守府長官，加藤友三郎元帥病逝後，成為軍事參議官，一般認為他也馬上就退休了。不過，大正13年(1924年)，第2次山本權兵衛內閣因為虎門事件總辭職，作為山本女婿的海軍大臣財部彪沒有理由留任，所以村上被提名為繼任人，擔任的清浦內閣的海軍大臣。貴族出身的清浦奎吾本來就是一個過渡內閣，不到5個月就被第2次護憲運動打倒，村上作為海軍大臣也無所發揮，再次把海軍省還給了財部彪。
以後擔任了半年的軍事參議官，因為健康狀態不佳退為預備役。昭和2年(1927年)11月15日以65歲死去。追贈從二位。
家庭成員
養子村上暢之助海軍少將。女婿橫井忠雄海軍少將。
