定義
水平基因轉移（horizontalgenetransfer,HGT），又稱側向基因轉移（lateralgenetransfer,LGT），是指在差異生物個體之間，或單個細胞內部細胞器之間所進行的遺傳物質的交流。差異生物個體可以是同種但含有不同的遺傳信息的生物個體，也可以是遠緣的，甚至沒有親緣關係的生物個體。單個細胞內部細胞器主要指的是葉綠體、線粒體及細胞核。水平基因轉移是相對於垂直基因轉移（親代傳遞給子代）而提出的，它打破了親緣關係的界限，使基因流動的可能變得更為複雜。
分類
根據基因或遺傳物質的起源及其在細胞間的轉移方向，可將遺傳物質的橫向傳遞分為3類（遺傳物質的橫向傳遞與轉基因食物的安全性）：①從細菌細胞到細菌細胞；②從細菌細胞到真核細胞；③從真核細胞到真核細胞。
已發現細菌細胞之間遺傳物質的橫向傳遞有轉化(transfer)、細菌接合(bacterialconjunction)、轉導(transduction)等方式，細菌之間的這種橫向遺傳物質轉移在細菌進化過程中起到重要的作用。
長久以來遺傳學家都在討論細菌基因傳遞到真核生物的傳遞範疇，研究人員發現細菌實際上比以往所認為的更頻繁將基因傳遞進宿主，而且這一發現也將影響真核生物測序。奎格文特研究所的JulieDunningHotopp表示，“細菌序列也許並不是污染，而是基因傳遞的結果。”
