理論基礎
《中國刑事訴訟法》從淵源上考察，檢察監督原則的法理依據直接來源於列寧有關社會主義國家中檢察權作用的理論以及前蘇聯刑事訴訟體制中關於檢察機關的地位和職能的設定。列寧認為，社會主義國家的法制應當是統一的，“法制不應該卡盧加省是一套，喀山省又是一套，而應該全俄羅斯統一，甚至應該全蘇維埃共和國聯邦統一”，為了維護法制統一，就必須加強法律監督，“一般是用什麼來保證法律的實行呢？第一，對法律的實行加以監督。第二，對不執行法律的加以懲辦”，顯然，在公、檢、法三機關中，適宜承擔這一任務的只能是檢察院，列寧指出，“檢察長的唯一職權和必須作的事情只有一件：監視全共和國內對法制有絕對一致的了解，既不顧任何地方上的差別，也不受任何地方上的影響”，“檢察長的責任是要使任何地方當局的任何決定都不與法律相牴觸。”檢察機關對法律執行的監督，是全方位的監督，不僅涵括公法領域，而且覆蓋司法領域，“我們不承認任何‘私法’，在經濟領域中一切都屬於公法範圍，而不屬於私法範圍。
在列寧的這一思想的影響下，中國在構建司法體制之初就將檢察機關定位為國家的法律監督機關。在1978年中國起草檢察院組織法時，就趨向於將檢察機關定位為“國家的法律監督機關”，時任彭真在向第五屆全國人大二次會議作起草檢察院組織法的說明時指出：確定檢察院的性質使國家的法律監督機關，是運用列寧堅持的檢察機關的職權是維護國家法制統一的指導思想。
質疑
檢察監督原則（一）質疑之一：監督權是檢察權的本質嗎
檢察監督原則得以確立的理論依據之一，就是認為檢察權本質上應當是一種監督權。既然檢察權是一種監督權，那么行使這一權力的國家機關當然就是法律監督機關，這在邏輯上是能夠自圓其說的。但問題是，檢察權真的是一種監督權嗎？
從歷史起源上考察，檢察權並非與刑事訴訟相伴而生，檢察權的產生是近代刑事訴訟控審職能分離的結果。在奴隸制社會的彈劾是訴訟模式下，由於將犯罪等同於私人糾紛，因而實行私人告訴制度，控訴由私人（被害人及其近親屬）提起，沒有設立控訴犯罪的國家專機關，因此，這一時期並沒有檢察權存在的空間。由於私人追訴的不力，因此，產生了要求國家追訴的呼聲，“大量刑事行為不受懲罰這一事實，促使國家權力恍然省悟到追究犯罪不應僅要受害人參與，國家本身也有責任參與”。基於此，在封建糾問式訴訟模式下，開始採行國家追訴主義，由國家承擔起追訴犯罪的責任。但在糾問式訴訟下，國家雖然承擔起追訴犯罪的責任，但卻將追訴犯罪的任務交給法官，實行控審職能的合一，結果導致法官集控訴權與審判權於一身，控審不分、自訴自審。
考察檢察權的發展史，可以發現，檢察權的產生是基於兩方面的要求：一是克服私人追訴的不力，實行國家追訴主義；二是克服控審不分侵犯人權的弊端，實現控訴權與審判權的分離。這兩項要求都是圍繞追訴權或控訴權的有效行使而產生的，因此，檢察權的生成史本質上就是控訴權的演變史，最終獨立了的檢察權也就是發展了的控訴權。因此，檢察權的本質應當是一種控訴權，它與自訴人的自訴權沒有本質的區別，只不過一個姓“公”，一個姓“私”。正基於此，在實行三權分立政體的現代西方國家，檢察權與公訴權幾乎是同義語。控訴權被視為是檢察權的本質和和核心，檢察院享有的其他權力都被視為是控訴權的派生，如檢察院享有偵查權、偵查指揮權其目的是為了更好地服務於公訴的需要，而指揮、監督執行的權力也是為了最終解決案件，至於抗訴權、抗訴權、非常抗訴權、再審申請權等則更是控訴權的直接延伸。對此，台灣學者黃東熊先生指出：“檢察官為偵查之情形，其目的當然在於準備訴訟。其他，為抗訴、指揮刑之執行，亦在於處理刑事案件。”
由此可見，雖然檢察院的許可權中，有一部分涉及監督權，如檢察院對警察機關的偵查活動進行指揮、監督，檢察院對刑罰（包括保全處分）的執行進行指揮、監督，但正如前面已經指出的，這些監督權是基於控訴權而派生的，它們不能說明檢察權的本質，檢察權的本質上應當是一種控訴權，而非監督權，因此，檢察院不應定位為專門法律監督機關。
（二）質疑之二：檢察監督是全程監督嗎
檢察監督原則從檢察官的上述許可權來分析，檢察權具有一定的監督功能，這主要表現在：檢察官對偵查和執行階段可以實施監督。這兩項監督權的產生是基於檢察官本身享有偵查權和執行權。根據西方的訴訟理論，檢察院才是偵查權的主體，警察機關被視為檢察機關的“輔助機關”，檢察院可以指揮、命令警察機關進行犯罪偵查，由於兩者是一種主從關係，因此，檢察院出於上位，當然就可以對警察機關的偵查行為進行監督。同樣，在執行階段，由於檢察院被視為執行權的主體，監獄等機關是輔助檢察院履行執行權，因此，檢察院出於上位關係，當然就可以對執行能夠進行監督。
但是從檢、法在審判中的關係來看，檢察院對法院卻不具有這種上位與下位的關係，因此，是不允許檢察院監督法院的。從檢、法關係來看，檢察院擁有控訴權，而法院擁有審判權，兩者分庭抗禮，從檢察院不訴、法院不能審理的角度說，檢察院的控訴權對法院是一種制約，但是制約不等於監督，制約的雙方可以是一種平等、平行關係；而監督的雙方則只能是上下位關係，監督只能由上位主體針對下位主體而進行，如檢察院對警察機關。因此，檢察權雖可制約審判權，卻無從監督審判權，檢察院對法院的判決認為有錯誤的，也只能通過行使抗訴權向法院表示不服，並提請糾正，檢察院本身並不能直接對判決作出改正，或者指令法院作出改正。
同時，監督關係只能是一種監督者對被監督者單向關係，而在審判中，法院的審判權本身也對檢察院的檢察權形成反向制約。檢察院的起訴指控，如果法院認為不成立的，可以作出否定性評價予以否決，即作出無罪判決，這種判決具有終局性，是一種實體性決定權，與檢察院的控訴權完全不同，控訴權（包括起訴權和作為起訴權延伸的抗訴權、非常抗訴權、再審申請權）本質上是一種程式性權力，它只具有請求性，並不能做出實體性決定，因此，檢察院只能請求法院就起訴、抗訴、抗訴作出裁判，本身卻不能進行判決的原因。從檢察院對法院的制約是一種程式性制約，而法院對檢察是一種實體性制約的角度，檢、法之間的互動制約關係，並不完全是一種等位制約關係，在這一互動制約關係中，法院處於上位，檢察院出於下位，因此，檢察院不可能監督法院。檢察院作為控訴機關，其在刑事訴訟結構中的法律地位就是提起訴訟、啟動訴訟程式的公訴人，它在訴訟中的功能就是發動訴訟，並提供證據證明其起訴的正當性，以此請求作為審判者的法院支持其主張，作出有罪判決。相對於法院，檢察院始終處於“請求者”、“求刑者”的下位位置，一個處於下位的請求者怎么可能去監督處於上位的決策者。
其次，檢察院監督法院違背審判中心主義，將破壞審判中立、控辯平等的訴訟結構，帶來訴訟機制的整體失效或失靈。
基本思路
檢察監督原則從理論上說，雖然能檢察院不應監督法院，但是卻有權監督偵查機關和執行機關，這是履行職能所必需的。當前，中國檢察監督權的配置呈現出一種悖論，一方面檢察院明明不能監督法院，卻硬性給檢察院鉚上對法院的監督權；而另一方面，檢察院本應理所當然地對偵查機關和執行機關實施監督權，卻又弱化甚至虛化檢察院對偵查和執行的監督，這突出表現在：檢察院在偵查階段對公安機關的監督乏力，偵查程式的法治化程度較低。根據刑事訴訟法的規定，公安機關與人民檢察院是互相配合、互相制約，兩者在地位上是平等的，雖然人民檢察院可以在立案、批捕等環節制約公安機關，但是公安機關同樣可以動用提請複議權、覆核權進行反向制約；對於公安機關在偵查中違法行為，檢察院也缺乏相關措施予以處罰；公安機關沒有義務配合檢察院的工作，在司法實踐中，對於檢察院指令公安機關立案、要求公安機關在補偵中予以配合等，公安機關常常不配合，而檢察院對此也沒有特別有效的辦法。這些充分說明了中國的偵查機關以及偵查體制是一種脫離了檢察監督，也就是法律監督的作偵查體制。對此，必須強化檢察院對公安機關的監督權，這主要是要求確立檢察院對公安機關的指揮、命令權，使檢察院可以指揮、調動公安機關。
另一方面，檢察院在審判階段監督法院的許可權必須逐漸弱化直至完全取消，回復檢察官在訴訟中的當事人地位。但這樣一來，就涉及到如何認識檢察監督原則在刑事訴訟法中的地位問題。因為根據前面的闡述，作為一項刑事訴訟法的原則，應當具有效力貫穿上的始終性，它必須是貫穿於刑事訴訟的全過程，適用於控訴（包括偵查）和審判兩大階段。而如果取消檢察院在審判階段對法院的法律監督權，那么檢察監督作為一項原則就只能適用於控訴階段，這就與其刑事訴訟法的原則地位不相稱了。在此意義上，檢察監督原則不應再被視為刑事訴訟法的一項原則。
