一，定義
柱層析操作時，先在圓柱管中先填充不溶性基質，形成一個固定相。將樣品加到柱子上，用特殊溶劑洗脫，溶劑組成流動相。在樣品從柱子上洗脫下來的過程中，根據樣品混合物中各組分在固定相和流動相中分配係數不同，經多次反覆分配將組分分離。
柱層析二，裝柱方法
裝柱子（添矽膠）時，有兩種方法：即濕法裝柱和乾法裝柱，二者各有優劣。不論乾法還是濕法，矽膠（固定相）的上表面一定要平整，並且矽膠（固定相）的高度一般為15cm左右，太短了可能分離效果不好，太長了也會由於擴散或拖尾導致分離效果不好。
濕法裝柱是先把矽膠用適當的溶劑拌勻後，再填入柱子中，然後再加壓用淋洗劑 “走柱子”，本法最大的優點是一般柱子裝的比較結實，沒有氣泡。
乾法裝柱則是直接往柱子裡填入矽膠，然後再輕輕敲打柱子兩側，至矽膠界面不再下降為止，然後再填入矽膠至合適高度，最後再用油泵直接抽，這樣就會使得柱子裝的很結實。接著是用淋洗劑“走柱子”，一般淋洗劑是採用TLC分析得到的展開劑的比例再稀釋一倍後的溶劑。通常上面加壓，下面再用油泵抽，這樣可以加快速度。乾法裝柱較方便，但最大的缺陷在於“走柱子”時，由於溶劑和矽膠之間的吸附放熱（可以用手摸柱子明顯感覺到），容易產生氣泡，這一點在使用低沸點的淋洗劑時如乙醚，二氯甲烷更為明顯。雖然產生的氣泡在加壓的情況下不易察覺，但是，一旦撤去壓力，如在上樣、加溶劑等操作的時候，氣泡就會釋放出來，嚴重時，整個柱子變花，樣品不可能平整地通過，當然也就談不上分離了。解決的辦法是：第一、矽膠一定要填結實；第二、一定要用較多的溶劑“走柱子”，一定要到柱子的下端不再發燙，恢復到室溫後再撤去壓力。
也有介紹在矽膠的最上層填上一小層石英砂，防止添加溶劑的時候，使得樣品層不再整齊。但是如果小心上樣，添加溶劑，則沒有這個必要。
三，上樣方法
上樣也有乾法和濕法之分：乾法就是把待分離的樣品用少量溶劑溶解後，在加入少量矽膠，拌勻後再鏇去溶劑。如此得到的粉末再小心加到柱子的頂層。乾法上樣較麻煩，但可以保證樣品層很平整。濕法上樣就是用少量溶劑（最好就是展開劑，如果展開劑的溶解度不好，則可以用一極性較大的溶劑，但必須少量）將樣品溶解後，再用膠頭滴管轉移得到的溶液，沿著層析柱內壁均勻加入。然後用少量溶劑洗滌後，再加入。濕法較方便，熟手一般採用此法。 上樣完畢後，接著即用淋洗劑淋洗。淋洗劑一般採用TLC分析得到的展開劑的比例再稀釋一倍後的溶劑。由於層析柱和薄板的不同，即使兩者使用的矽膠都相同，但是在把TLC分析得到的展開劑用在柱層析時，也顯得極性偏大，所以要稀釋一倍，但又不能稀釋太多，否則成了靠擴散作用來分離，效果也不會好。
