矽膠柱層析流動相
極性小的用乙酸乙酯：石油醚洗脫；極性較大的用甲醇：氯仿洗脫；極性大的用甲醇：水：正丁醇：醋酸洗脫；拖尾可以加入少量氨水或冰醋酸
矽膠柱層析慣用方法
1.稱量。200-300目矽膠，稱30-70倍於上樣量；如果極難分，也可以用100倍量的矽膠H。乾矽膠的視密度在0.4左右，所以要稱40g矽膠，用燒杯量100ml也可以。
2.攪成勻漿。加入乾矽膠體積一倍的溶劑用玻璃棒充分攪拌。如果洗脫劑是石油醚/乙酸乙酯/丙酮體系，就用石油醚拌；如果洗脫劑是氯仿/醇體系，就用氯仿拌。
如果不能攪成勻漿，說明溶劑中含水量太大，尤其是乙酸乙酯/丙酮，如果不與水配伍走分配色譜的話，必須預先用無水硫酸鈉久置乾燥。氯仿用無水氯化鈣乾燥，以除去1%的醇。如果樣品對酸敏感，不能用氯仿體系過柱。
3.裝柱。將柱底用棉花塞緊，不必用海沙，加入約1/3體積石油醚（氯仿），裝上蓄液球，打開柱下活塞，將勻漿一次傾入蓄液球內。隨著沉降，會有一些矽膠沾在蓄液球內，用石油醚（氯仿）將其沖入柱中。
4.壓實。沉降完成後，加入更多的石油醚，用雙聯球或氣泵加壓，直至流速恆定。柱床約被壓縮至9/10體積。無論走常壓柱或加壓柱，都應進行這一步，可使分離度提高很多，且可以避免過柱時由於柱床萎縮產生開裂。
5.上樣。乾法濕法都可以。海沙是沒必要的。上樣後，加入一些洗脫劑，再將一團脫脂棉塞至接近矽膠表面。然後就可以放心地加入大量洗脫劑，而不會沖壞矽膠表面。
6.過柱和收集。柱層析實際上是在擴散和分離之間的權衡。太低的洗脫強度並不好，推薦用梯度洗脫。收集的例子：10mg上樣量，1g矽膠H，0.5ml收一餾分；1-2g上樣量，50g矽膠（200-300目），20-50ml收一餾分。
7.檢測。要更多地使用專用噴顯劑，如果僅用紫外燈，會損失較多產品，紫外的靈敏度一般比噴顯劑低1-2個數量級。
8.送譜。收集的產品旋乾，在送譜前通常需要重結晶。如果樣品太少或為液體，可過一小凝膠柱，作為送譜前的最後純化手段。可除去氫譜1.5ppm左右所謂的“矽膠”峰。
注意事項
1.先根據TLC方法篩選好洗脫劑，使兩相鄰物質Rf值之差最大化
2.將柱子必須裝平整、均勻
3.考慮有限柱填料的吸附量
4.可考慮用梯度法分開並洗脫
