原理
疏水作用層析（HydrophobicInteractionChromatography，HIC）是根據分子表面疏水性差別來分離蛋白質和多肽等生物大分子的一種較為常用的方法。蛋白質和多肽等生物大分子的表面常常暴露著一些疏水性基團，我們把這些疏水性基團稱為疏水補丁，疏水補丁可以與疏水性層析介質發生疏水性相互作用而結合。不同的分子由於疏水性不同，它們與疏水性層析介質之間的疏水性作用力強弱不同，疏水作用層析就是依據這一原理分離純化蛋白質和多肽等生物大分子的。
操作特點
疏水層析的基本操作與其他層析大致相同。所要注意的事項有以下方面：
1、層析柱的製備
進行疏水層析時，所使用層析柱之規格包括柱體積大小、直徑粗細、柱高度（h）與其直徑（d）的比值等，均與普通層析的相似。在分離樣品量較大時，宜選用體積較大的層析柱，h:d的比值應≤3。
2、平衡
疏水層析柱裝柱完畢後，通常要用含有高鹽濃度（如1mol/L （NH4）2SO4或2mol/L NaCl）的緩衝液進行平衡。
3、加樣與洗脫
加樣前，在樣品溶液中要補加適量的鹽類。通常加1mol/L （NH4）2SO4或2mol/LNaCl，以使樣品中的生物大分子局部變性，並能與固定相很好地相互吸附。加鹽的樣品溶液要混勻，放置片刻後即可上柱，當把此樣品溶液徐徐加入固定相（使生物大分子與固定相之間作用0.5~1h）後，先用平衡緩衝液洗滌，再用降低鹽濃度的平衡緩衝液洗脫。
4、再生
洗脫後的層析柱欲重複使用時，需對其固定相進行再生處理，即用8mol/L尿素溶液或含8mol/L尿素的緩衝溶液洗滌層析柱（以除去固定相吸附的雜質），接著用平衡緩衝液平衡。採用此程式處理過的疏水層析柱，可重複使用。
特點與套用
1、疏水柱層析特點：（1）疏水柱層析可直接分離鹽析後或高鹽洗脫下來的蛋白質、酶等生物大分子溶液；（2）解析度很高、流速快、加樣量大；（3）疏水性吸附劑種類多，選擇餘地大，價格與離子交換劑相當。
2、疏水柱層析套用：疏水柱層析適用於分離的任何階段，尤其是樣品離子強度高時，即在鹽析、離子交換或親和層析之後用。疏水柱層析主要用於蛋白質類生物大分子分離純化。
