簡介
反向PCR的另一個套用是Silver和Keerikatte進行的。他們將其套用於擴增拉於整合在小鼠細胞中的外生原病毒DNA邊側的細胞DNA。除強調反向PCR在染色體“步查”(Walking)或“跳查”中的用途,他們還指出,該技術用於擴增特徵性弱的序列,這些序列在E.Coli或其他宿主載體系統中很騅或不能克隆。
目前反向PCR的局限之一是由未知邊側序列性質引起的,需用幾種酶試驗以選擇產生大小合適的片段的內切酶。另一局限是許多常用內切酶也在不適當位點裂解載體序列。但一旦確定合適的內切酶,反向PCR方法是直接了當和可靠的。
大多數真核基因組含大量中度或高度重複序列,YAC或科斯粒中未知接點序列有時也包括這些序列。通過反向PCR擴增得到的探針可與許多基因組序列雜交,但它們在用於染色體的步查或跳查方面會受到限制,在這種情況下,需要進行亞克隆。