野生的普氏野馬生活在開闊的戈壁荒漠或沙漠地帶，三五隻或十餘只成群遊蕩，群體之間在進食之後常互相清理皮膚，一般呈相反方向站立，然後將頭伸到同伴的側身，輕輕地啃拭對方的耆甲、肩部、背側、臀部等。有趣的是，雙方啃拭的都是同一個部位，當一方改變部位時，另一方立即相應地改變，配合十分默契而完善。有時也進行自身的護理，包括打滾、自我刷拭和驅散蚊蠅等，特別是在沙地上。休息和睡眠有站立、腹臥和側臥等3種姿勢，但警惕性很高，稍有動靜便處於應激狀態。感覺靈敏，警惕性高，奔跑能力強，晝夜活動，但以夜晚為多，以荒漠上的稜稜草、蘆葦、紅柳等為食，飲水量也很大。叫聲的種類也很多，爭鬥開始時發出聲調尖而單一的吼叫；失群時發出聲音洪亮而高亢的呼喚信號；感到某種滿足時，就發出輕微的喉音；當反感時則發出尖而細的聲音。更多的情況是打響鼻，表達的情感也十分複雜，大多為恐嚇對方，也有時是由於鼻腔內有異物、蚊蠅干擾、異味刺激或感冒患病等因素引起的。
普氏野馬一年四季均可發情，但以春夏季為主。雌獸的發情周期為28—22天，持續時間為5—7天。發情時表現為精神興奮，食慾減退，煩躁不安，起臥不定，互相嗅聞等。為了爭奪領群的地位，雄獸之間則昂首靜立，兩眼凝視，耳朵朝向前方，而後嘶叫、前蹄刨地、打響鼻、低頭小跑，鼻孔噴出粗氣，接近以後就互嗅抿耳，怒目而視，舉彈前蹄，發出尖銳而短促的吼叫，繼而豎起前身扭打在一起，其爭鬥的殘酷性和兇悍程度比家馬要強烈得多。雌獸之間也有一定的攻擊行為，主要是地位較高的經常表現出護食和阻止其他雌獸與雄獸交配。交配前雄獸和雌獸互相嗅聞會陰部和生殖器，然後雌獸將臀部朝向雄獸，雄獸則輕咬雌獸的頸部或膝部，促使雌獸前進，然後進行爬跨，經過3—7次骨盆衝動完成射精。健壯的雄獸可以在30分鐘之內與2匹雌獸連續交配8次之多。雌獸的懷孕期大約為307—348天，翌年5—6月產仔。幼仔剛出生時為淺土黃色，2小時後即可吃奶。3歲左右性成熟，壽命為30歲左右。
由於普氏野馬生活於極其艱苦的荒漠戈壁，缺乏食物，水源不足，還有低溫和暴風雪的侵襲。而人類的捕殺和對其棲息地的破壞，更加速了它消亡的進程。在近一個世紀的時間裡，野馬的分布區急劇縮小，數量銳減，在自然界瀕臨滅絕。蒙古西部在1947年曾經捕捉到過1隻，當時送到烏克蘭動物園飼養，此後就再也沒有發現過普氏野馬，而我國於1957年曾在甘肅肅北縣的野馬泉和明水之間捕到過一隻，1969年在新疆尚有人在準噶爾盆地看到過有8匹野馬組成的小群，1971年，當地的獵人看到過單匹的野馬，80年代初，還有人在東準噶爾盆地烏倫古河和克拉美山之間的地域發現了野馬的蹤跡，但沒有確鑿的證據。後來，新疆也時常傳來發現野馬的訊息，不過經證實，所看到的都是野驢。我國對野馬的存亡十分關注，1974年、1981年和1982年，由中國科學院、新疆大學等單位先後組織考察隊，深入到準噶爾荒漠、烏倫古河、克拉麥里山、北塔山等野馬產地考察，並結合航空調查，力求找到野馬，結果令人失望。現在大多數人認為，如果自然界還有殘存的野馬，其數量也少到不能形成種群，因而不足以保證一個物種的生存，所以野生的普氏野馬很可能已經在自然界消失。
