表達數量性狀基因座(expression Quantitative Trait Loci,eQTL)是對上述概念的進一步深化,它指的是染色體上一些能特定調控mRNA和蛋白質表達水平的區域,其mRNA/蛋白質的表達水平量與數量性狀成比例關係。eQTL可分為順式作用eQTL和反式作用eQTL,順式作用eQTL就是某個基因的eQTL定位到該基因所在的基因組區域,表明可能是該基因本身的差別引起的mRNA水平變化;反式作用eQTL是指某個基因的eQTL定位到其他基因組區域,表明其他基因的差別控制該基因mRNA水平的差異。
例如,水稻eQTL(表達數量性狀基因座)SKC1基因的位點變異是水稻耐鹽的主要基礎之一,而且證實了關鍵基因的位點變異可能會在鹽脅迫環境下增加產量的穩定性。