特點
早期（4世紀）壁畫，在中心柱窟主室券頂中脊處以日天、月天、風神、蛇形龍、立佛和金翅鳥組成的天相圖為主，券頂左右側壁畫本生故事或因緣故事畫。主室左右側壁畫因緣佛傳故事，前壁門上的半圓形壁面畫交腳菩薩於天宮說法。後甬道的後壁或前壁，畫涅槃像或茶毗梵棺圖。左右甬道側壁畫數列舍利塔，塔中畫舍利盒或坐佛。中期（5—6世紀）壁畫，中心柱窟券頂出現須摩提女請佛的因緣故事新題材，因緣故事畫成為券頂側壁的主要題材，並出現以塔為主要背景的構圖新形式。主室正壁龕外，出現降六師外道、菱格本生和菱格因緣等新內容。主室前壁門上的半圓形壁面上，出現降魔、鹿野苑初轉法輪等佛教題材。後室和左右甬道側壁，出現阿闇世王聞佛涅槃悶絕復甦，釋迦三道寶階降世間、八王爭分舍利等許多新題材。立佛像成為甬道壁畫的主要題材。有前室的中心柱窟，畫高大的立佛像或大幅說法圖，也是早期洞窟所未見的。晚期（7—8世紀）壁畫，中心柱窟主室券頂側壁畫坐佛、塔中坐佛，千佛成為主要壁畫題材，多數洞窟的後室已不見涅槃像。主室頂部、側壁和甬道均繪塔中坐佛或千佛，是晚期中心柱窟最突出的特點。克孜爾石窟壁畫以凹凸畫法著稱。石窟後壁有不少古代龜茲文題記，為研究壁畫內容和繪製年代提供了依據。
