家庭和出身
托勒密十二世是希臘化時代的埃及統治者，他的祖先來自馬其頓。托勒密十二世被認為是托勒密九世的私生子，因為無法證實他是克婁巴特拉四世所生。在古代史料中，托勒密十二世被描述成一個熱愛音樂、但軟弱、放縱、酗酒的人。托勒密十二世的正式全稱是托勒密·尼奧斯·戴奧尼索斯·忒奧斯·菲羅帕托·忒奧斯·費拉德爾甫斯，即托勒密·“新酒神·篤愛父親的神·與姐妹戀愛的神”之意。相對於他的全名，古代史書上多使用他的綽號，稱托勒密·奧勒忒斯（希臘語：Πτολεμαῖος Αὐλητής），即托勒密·“吹笛者”。吹笛者這個稱號是因為托勒密十二世很擅長吹笛子，而獲得這個綽號。另外他還有“怯懦者”（希臘語：Νόθος）這個綽號。現代史學家為托勒密王朝的國王編號，稱他為托勒密十二世。
托勒密的妻子被史書確認的只有一位，即克婁巴特拉五世，他們有六個子女。然而一些現代學者認為托勒密十二世有兩次婚姻，第一任妻子是克婁巴特拉五世，她生了三個兒女，分別為克婁巴特拉六世、貝勒尼基四世和鼎鼎大名的克婁巴特拉七世。第二任妻子不知其名，可能是埃及人，她也生了三個孩子，分別為阿爾西諾伊四世、托勒密十三世和托勒密十四世。
第一次在位
前80年，托勒密十一世殺了他的共治者兼繼母貝勒尼基三世之後，暴怒的人民推翻托勒密十一世，並殺了他。因為托勒密十一世逝世且身後沒有留下男性繼位者，托勒密王朝的血脈僅剩托勒密九世和一位希臘小妾所生的私生子，即後來的托勒密十二世。當時他被王國所驅逐，正居於本都王國米特拉達梯六世的宮廷內，於是他從本都的錫諾普返回國內，即位為托勒密十二世。托勒密十二世可能與他的姐妹克婁巴特拉五世結婚，並與克婁巴特拉五世共治。後來克婁巴特拉五世消失在歷史舞台後，改與女兒克婁巴特拉六世共治。過去，托勒密十一世曾經立下遺屬，要把王國贈與羅馬共和國，因此托勒密十二世並不算是合法的繼任者。然而，羅馬元老院也沒有興致去搶奪托勒密十二世的王位，因為羅馬目前對向埃及擴張毫無興致。
在托勒密十二世即位之前，因為地理上距離遙遠，羅馬人和埃及的居民彼此漠不關心，儘管有時埃及的居民會請求強大的羅馬人介入王室紛爭。在托勒密十二世統治時期，托勒密為了確保自己的王位和王朝的命運，在政策上極度親近羅馬。當前63年，羅馬將軍龐培從鬥爭中逐漸脫穎而出，托勒密十二世認為龐培會成為羅馬的領導者，於是托勒密贈送大量錢財給龐培試圖與他建立保護者和保護國關係，托勒密甚至還邀請龐培前來亞歷山大港。龐培接受這筆金錢，但他婉拒了前來亞歷山大港的邀請。儘管讓羅馬領導者成為王國的保護者，托勒密十二世的王位卻沒法保證穩固。托勒密不久後前往羅馬一趟，準備要用賄絡的方式讓羅馬人承認他是合法的王位繼承者，他付出6,000塔蘭同給龐培和凱撒，與羅馬建立了正式同盟，並使自己的名字列入“羅馬人民的盟友”行列中。
流亡羅馬
前58年，托勒密十二世對於羅馬占領賽普勒斯一事無法發出任何評論，賽普勒斯本來是由托勒密十二世的兄弟托勒密統治，這一事令國內人民大大惱怒。本來百姓就對王國的重稅滿腹牢騷，這些錢又成為給羅馬人的貢金，加上物價上揚，誘發人民反抗托勒密十二世的統治。托勒密十二世趕緊逃往羅馬尋求庇護，可能帶著女兒克婁巴特拉七世一同前往。他的另一個女兒貝勒尼基四世留在國內，被人民擁立為女王，她可能與她的姐妹克婁巴特拉六世（也可能是她母親克婁巴特拉五世）共治。在托勒密十二世流亡海外後一年，克婁巴特拉六世逝世，貝勒尼基四世便從前57年到前56年單獨統治王國。在羅馬，托勒密十二世請求羅馬元老院幫助他奪回王位，但這個提議遭到部分元老院議員反對，當時托勒密十二世的盟友龐培收留他和他女兒，並幫助他與那些議員們爭論。在那段時間，托勒密的羅馬債權人認識到，如果托勒密無法回到埃及當國王的話，那他們將再也收不回債務。因此，在前57年，元老院受到羅馬大眾的壓力下，決定幫助托勒密復位。然而，羅馬人不願意直接入侵埃及扶持托勒密復位，畢竟羅馬的西卜林神諭集預言，假如一位埃及國王要求羅馬軍事介入的話，將會有慘烈的危難發生。
埃及的居民聽到許多羅馬可能會介入的耳語，他們很不希望流亡的前國王回來，卡西烏斯·狄奧記載當時他們派遣總數達100名的代表團從埃及前往羅馬，試圖撤銷羅馬幫助托勒密復位的決議。然而托勒密十二世在代表團尚未遞出陳情之前，就先逮捕了代表團領袖亞歷山大港的狄奧，代表團的許多成員被殺。
復位
托勒密十二世最後付給羅馬將軍奧盧斯·加比尼烏斯10,000塔蘭同，讓他入侵埃及幫助自己復位。前55年，奧盧斯·加比尼烏斯的軍隊在擊敗托勒密王朝邊境守軍後，繼續往首都和王宮進軍，然而王宮的衛隊在大戰前不戰而降，托勒密十二世因此復位。關於托勒密十二世復位的準確日期不清楚，最早的可能日期是前55年1月4日，最晚的可能是前55年6月24日。在返回王宮之後，托勒密把貝勒尼基四世和她的黨羽都處死。從那之後，托勒密便一直統治埃及，直到前51年過世。跟著奧盧斯·加比尼烏斯進入埃及的2,000多名羅馬士兵和傭兵也留在亞歷山大港，來保衛托勒密十二世的政權，他們被稱為加比尼亞人，作為復位的代價，羅馬人在埃及的影響力已經是相當的大。托勒密十二世復位後，把她的女兒克婁巴特拉七世立為共治女王。
在復位後，他的羅馬債權人開始要求收回他們的先前的資金，但亞歷山大港的國庫財富實在無法還清國王的債務。也因為先前的教訓，托勒密十二世任命他的主要羅馬債權人 蓋烏斯·拉比列烏斯·波斯圖米烏斯（Gaius Rabirius Postumus）為財政大臣（Dioiketes），讓拉比列烏斯負責還清國王的債務，藉此把提高稅賦的民怨轉移到羅馬人身上。此舉也可能是加比尼烏斯施加壓力給托勒密，讓他任命拉比列烏斯為財政大臣。拉比列烏斯利用他的職權直接掌控王國經濟，但他的措施過於剝削百姓，以至於托勒密不得不假裝逮捕他，避免拉比列烏斯被暴怒的人民殺害，之後才放了拉比列烏斯。前54年底，拉比列烏斯突然從埃及返回羅馬，並以“搜刮錢財”的罪名被起訴，然而在西塞羅的辯護下他無罪開釋。托勒密十二世還大量發行錢幣來還清他的債務，這讓王國貨幣通貨膨脹，在他統治末期，貨幣與他剛即位之時相比貶值50%。
在托勒密十二世逝世之前，他已經讓女兒克婁巴特拉七世成為共治者。根據他的遺囑，讓女兒克婁巴特拉七世和兒子托勒密十三世一同繼承王國，為了確保他的遺願會執行，他請羅馬人民為執行者，但因為元老院忙與其他事務，由龐培批准這份遺屬。
雖然托勒密十二世統治的長時間內，他的首要目標是確保托勒密王朝的持續，以及埃及的安危。為了達成這個目標，他卻犧牲了更多，他喪失了王國許多富饒的土地，喪失了許多財富，甚至，就如西塞羅所說的：“國王崇高的尊貴和神秘，出現在羅馬人面前卻只不過是個卑微的乞求者”。
