花蓮機場在國際航空運輸協會所制定的IATA機場代碼為HUN；在國際民航組織所制定的ICAO機場代碼為RCYU。
花蓮航空站於1962年5月16日成立，為飛航台灣省內線的航空站。
2001年4月27日：奉行政院核定日本包機可在花蓮機場內起降，為台灣第一個開辦國際航線之乙種航空站。
2004年3月19日：新航廈正式營運。其建築融合了台灣原住民傳統住屋，與漢族合院式住宅的特色。
2004年8月8日：花蓮與韓國仁川直航包機首航
2004年10月19日：花蓮與澳門直航包機首航
2005年11月13日：中華航空重回花蓮天空執行日本包機任務
2006年1月30日：花蓮與菲律賓馬尼拉直航包機首航
2006年10月26日：花蓮與日本石垣島直航包機首航
2007年7月1日：澳門航空首航花蓮機場，創花蓮境外包機先例
2007年9月3日：鹿兒島包機首航
客運站
B1：汽車停車場、多用途展示空間
1F：離站出口、國內線到站區、國際線到站區、入境證照檢查櫃檯、到站旅客等候區、行李托盤、公共汽車站、計程車排班站、大客車等候區、機車停車場、大客車停車場
2F：搭機入口、遠東航空櫃檯、華信航空櫃檯、復興航空櫃檯、行李託運、出境聯合服務櫃檯、商店街、保險柜台、自動提款機、貴賓室、出境證照檢查櫃檯、國內線等候大廳、國際線等候大廳、1~3號空橋登機門、4號非空橋登機門
3F：行政辦公室、會議室、展覽展示區、賞機室
備有 7個停機坪 1~3號停機坪有空橋連線 4號登機門備有電扶梯連絡4~7號停機坪
※視評估擴充5~7號登機門及空橋，擴建工程第一期第一階段並無建設.
貨運站
獨立一棟貨運站場供貨運使用
島內定期航線
往返台中：華信航空 FK50/FK100
往返高雄：華信航空 FK50/FK100
往返台北：遠東航空 MD83/B757(暫停營運)、復興航空 ATR72/A320
國際包機航線
日本：宮崎、小松、仙台、福島、新潟、關西、花捲、松山、岡山、能登、石垣島、富山、函館
韓國：首爾、濟州島
港澳：澳門
東南亞：馬尼拉、吉隆坡
直航航線
花蓮機場是馬政府開放兩岸包機直航的航線，但是此航線開放直航經濟效應不足（沒有足夠的旅客）、讓中國籍航空公司飛航又會大幅增加國防成本（因為鄰近軍機場）。
