事件起因
遠因
琉球王國原本在明朝時為中國的藩屬國，中國與琉球的宗藩關係有五百多年之久。自明初以來，琉球與中國的關係就很密切，琉球不斷向中國進貢，琉球歷代國王都接受中國冊封。1372年，明朝太祖朱元璋對中山王察度發布詔諭。山北、中山、山南三王向明政府朝貢。琉球成為明王朝的藩屬。清朝建立以後，琉球使節於1646年來華，受到順治帝的接見。從此，琉球使節與清廷往來不斷。1662年，清廷派遣兵科副禮官張學禮為正使出使琉球。此後，每逢琉球新王繼位，都有清朝使節前往冊封與慶賀。1663年（清康熙二年）和1756年（清乾隆二十一年），清帝兩次賜印給琉球國王，乾隆所賜之印寫有“琉球國王之印”字樣。但是日本在江戶幕府時期武力迫使琉球王國向日本進貢，等於琉球王國同時跟中國（當時為清朝）與日本稱臣進貢，所以日本明治政府建立後一直想讓琉球王國只向日本政府進貢稱臣，進而併吞琉球，因此便等待機會下手。而在台灣方面，清朝雖然在1683年順利的將台灣納入清帝國版圖中，但是對於台灣的態度卻一直猶疑不定，所以對於台灣的治理態度僅只於已經開發的區域，而對於尚未開發區域則以劃分界線的方式限制人民越界開墾，並且不納入統治範圍內，因此成為後來日本出兵的有利條件。
近因
1871年（中國清同治十年，日本明治4年）10月一艘琉球宮古島民的進貢船在回那霸航行時遭遇颱風，漂流至台灣南端，船上69名乘客溺死3人，有66人上島蹬岸。但後來他們因闖入高士佛社台灣原住民住地，遭台灣原住民殺害54人，逃過一劫的其餘12人則在當地漢人營救下前往台南府城，然後轉往福州乘船歸國。1873年11月，日本政府派外務卿副島種臣以“中國派遣特命全權大臣”的身分出使中國，針對宮古島人遇害事件試探清廷的態度。隨員柳原前光到清政府總理衙門詢問琉球漂流民被殺事宜。柳原前光提出：“貴國台灣之地……貴國所施治者僅及該島之半，其東部土番之地，貴國全未行使政權，番人仍保持獨立狀態。前年冬我國人民漂流至該地，遭其掠殺，故我國政府將遣使問罪。”清廷總理衙門大臣吏部尚書毛昶熙及戶部尚書董恂表示：“番民之殺琉民，既聞其事，……。夫二島俱我屬土，屬土之人相殺，裁決在我。我恤琉人，自有措置，何預貴國事而煩過問？”柳原前光爭辯說，琉球為日本的國土，清政府應懲罰殺害琉球人的番民。毛昶熙說：“殺人者皆生番，故且置化外。……皆不服王化。”柳原前光說：“生番害人，貴國舍而不治，我卻將問罪島人。”
清廷官方表示遇害之宮古島人皆已接受中國之撫恤及遣返處理，此事件與日本無關。副島種臣則大爭琉球為其屬地，又陳述小田縣民遇害的詳情，並且問為何清朝不懲辦台番，毛、董則以“生番”（不順服清廷的台灣原住民）不服王化為理由推搪。又說：“生番系我化外之民，問罪與否，聽憑貴國辦理。”，這正中副島種臣之下懷，“化外之民”的說法成為日本出兵台灣的接口和依據，是次出兵是為“牡丹社事件”。
事件過程
出兵前
日本人開始向英、美等國租用輪船，雇用美國軍事顧問，準備對台灣出兵、征討台灣原住民，並派遣樺山資紀、水野遵來台調查。最初，這些國家的的駐日使節均對日本做法沒有異議。但到出發前夕，英美等國卻轉變態度表示反對，因此日本高層下令軍艦延期出發，但在港口整裝的軍方卻不予理會。爭戰過程
1874年5月10日，日軍於射寮（今屏東縣車城鄉射寮村）登入。5月18日到5月21日，日軍與台灣抗日派原住民有小規模接觸，互有傷亡。5月22日，佐久間左馬太率領日軍150人進抵石門（今屏東縣牡丹鄉石門村）遭到抗日派原住民強烈抵抗，最後日軍陸戰隊攀上峭壁居高臨下，情勢逆轉，原住民敗逃，牡丹社酋長阿祿古父子身亡。經此一役，多數采觀望態度的原住民皆靠向日本。6月1日起日軍分三路掃蕩抗日派的牡丹社、高士佛社、女奶社等原住民，沿途只有小規模抵抗，占領後焚燒村屋並撤回射寮營地。7月1日，牡丹社、高士佛社、女奶社終於投降。日軍移營龜山（今車城鄉國立海洋生物博物館附近）長期駐紮，但在熱病侵襲之下，日軍紛紛病倒，總指揮西鄉從道中將要求日本政府早日撤兵。
清朝態度
一開始清政府仍不以為意，但到了戰爭開始後，清廷在意識到事態嚴重。因此於5月下旬派遣沈葆楨來台查看，辦理台灣海防及對各國的外交事務。之後與日本大久保利通進行談判，簽訂《北京專約》。結果與影響
根據《北京專約》，日本方面要求清朝承認日本出兵是為了“保民義舉”，這就等於承認琉球是日本的屬地，中止了中國（清朝）與琉球間的藩屬關係。而清朝的主權行使範圍包括全台，也在日本簽下條約之後不再有爭議。雖然日本失敗，但是仗著由美國撐腰，日本向清政府索賠50萬兩白銀。雖然對日本這樣一個東瀛小國賠款十分有失大清帝國的體面，但是考慮到1840年以來大清帝國積貧積弱的實際情況，清政府最終選擇了花錢消災。畢竟，一個和珅抄家就能抄出上千萬兩白銀，50萬兩對於整個大清國來說不過九牛一毛。
錢是賠了，但是被這樣同屬被西方列強打壓的小兄弟欺負了的事實，還是在朝中激起了軒然大波。由總理各國事物衙門牽頭，群臣紛紛上奏，強調海防，引起了年輕的光緒帝高度重視，由此展開了一場關於海防戰略的大討論。在此過程中，文華殿大學士、首輔、直隸總督李鴻章前瞻性地指出：日本近在肘腋，將永為中土之患！
綜合各方面意見，朝廷最後決定：分別成立北洋水師和南洋水師，任命李鴻章為北洋通商事物大臣，總管北洋水師，任命沈保楨為南洋通商事務大臣，總管南洋水師。
文化資產
二鯤鯓炮台：國定古蹟，又稱「億載金城」，位於台南市，1874年日本發動牡丹社事件時，清廷一面向日本抗議，一面派福建船政大臣沈葆楨辦理台灣等地海防兼理各國事務大臣。沈葆楨以安平形勢險峻，奏請建造仿西洋式炮台一座。炮台由法國人帛爾陀（Berthaud）設計，從同治十三年（1874年）起建，到光緒二年（1876年）完工。當時安平南邊有一至七鯤鯓等七個沙洲島，炮台位於二鯤鯓上，故稱「二鯤鯓炮台」。因炮台入口城門上方有沈葆楨提額「億載金城」，亦稱「億載金城」，或相對於「安平小炮台」稱為「安平大炮台」。
鵝鑾鼻燈塔暨附屬建物：屏東縣歷史建築，位於恆春鎮鵝鑾里燈塔路90號，清光緒7年（1881年）11月創建，清同治6年（1867年）3月9日，一艘美國籍商船「羅發號」從汕頭駛往牛莊途中，航行至鵝鑾鼻西南七星岩附近，觸礁沉沒，船員登岸後遭受龜仔角（社頂）原住民襲擊，除清國水手一人逃至打狗（今高雄）外，全部罹難，且琉球人多次在該處亦遇難，並引發牡丹事件，應美國及日本政府之建議而籌設。
