保護區的地帶性植被為亞熱帶常綠闊葉林,森林覆蓋率為73%,活立木蓄積量為6100萬m。在境內的25.57萬hm林業用地中,生態公益林總面積為17.69萬hm,占69.2%;商品林面積為7.19萬hm,占28.1%。境內的有林地面積為22.63萬hm,占林業用地總面積的88.5%。其物種資源豐富,是難得的物種基因庫。據初步調查統計,該區現已發現脊椎動物5綱33目77科449種,其中魚綱5目14科43種;兩棲綱2目7科34種;爬行綱3目10科76種;鳥綱15目21科211種;哺乳綱8目25科85種。其中國家重點保護動物62種(華南虎、豹、黃腹角雉等9種屬國家一級保護動物;黑熊、藏酋猴、水獺、鴛鴦、穿山甲、白鷳等53種屬國家二級保護動物),占自然保護區內449種陸生脊椎動物的13.81%。另有“國家保護的有益的或者有重要經濟、科學研究價值的陸生脊椎動物”共257種,占保護區內陸生脊椎動物總物種數的57.24%。廣布種76種, 占16.93%。保護區植物種類組成較豐富,植被外貌終年常綠,群落結構比較簡單,藤本植物較多。有維管束植物2686種(含珍稀瀕危植物42種和國家一、二級保護植物36種),隸屬於290科1031屬。其中,以熱帶、亞熱帶植物種為主,占56%,世界廣布種占19%,熱帶種占18%,溫帶種占7%。植被的植物種類組成以殼斗科、樟科、木蘭科、杜英科、金縷梅科、山茶科、安息香科、山礬科和杜鵑花科為主,大多數是當地發生髮展起來的華南植物區系,是特有科屬分布中心之一。
根據粵北華南虎自然保護區1992年—2000年調查的資料顯示,以及2001—2002年由廣東省林業局部署,韶關市林業局組織了為期一年的粵北地區華南虎野外種群調查,採集了大量完整可靠的數據信息,通過考證推斷,在粵北華南虎自然保護區範圍內活動的華南虎有5—6頭。保護區在始興劉張家山、仁化小楣水、樂昌九峰三個核心地帶分別建立三個管理站,重點對華南虎活動情況進行監測及食物投放活動。
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