屋代島水軍，因為他們的本據在周防國的屋代島而得名。屋代島又名大島，是瀨戶內海面積處於第三位的島嶼。
屋代島水軍的主要勢力是白井氏。白井氏源自桓武平氏千葉氏一族，從千葉介常兼的第二子常親開始，居住在下總國的白井莊，因地得名。常兼曾孫胤正的第八子胤時繼承了白井莊和香取郡白井鄉，這是近世白井氏的最先起源。以後，白井氏分為了下總白井氏、安藝白井氏、若狹白井氏三個支系。戰國時代，作為大內氏水軍的最高責任者而活躍在海戰場上的白井賢胤即是安藝白井氏的後裔。
安藝白井氏，是在加賀守胤時一代向安藝國西遷的御家人。胤時以下第三代親胤，及其子光胤協同當時的安芸武田氏實現從廣島灣頭對海上的支配，擔當了守護的警固眾，這是白井一族作為水軍的開始。從明應四年（1495）到天文九年(1540) 安藝守護武田元信——武田元繁（安芸國守護）和周防守護代大內義興——大內義隆頒發了一共 18道安堵狀、軍忠狀、感狀給白井光胤、膳胤、房胤三代。在著段時期內，白井氏最初是武田氏的從屬，以安藝國安南郡仁保島為本拠掌握周邊地區的制海權。後來，武田氏和大內氏發生了爭鬥，白井氏在武田氏一側參戰，然而在大永七年的海戰後降伏了大內家，以後就作為大內方水軍而活躍。在這些文書中，包括有大內義隆以太宰大貳名義發出的“太府宣”這樣格式的貴重文書，可見白井水軍在大內家中的地位。
大永四年（1524）五月、大內氏對武田、尼子兩氏展開進攻。白井光胤的本城仁保島城受到了屬於大內水軍的能美、蒲刈周邊土豪的攻擊。七年（1527）三月，大內氏攻擊武田氏的安芸新城、阿南郡熊野。五月，逼近白井備中守光胤本拠安芸府中仁保島。
白井氏一族在大內氏的侵攻下退出了武田方，光胤之子膳胤為大內方寢返。大內義興立即就讓白井膳胤擔當了管理周防熊毛郡小周防內、安芸佐東郡北莊、山本、箱島這些地方的有關職務。
成為大內氏被官的白井氏，在天文十年（1541）前後，在對伊予河野氏的攻擊中參戰。該次合戰中白井房胤的家臣，水手有眾多負傷，但是在大內警固奉行人小原氏和冷泉氏的指揮下仍然頑強奮戰。這是白井氏作為大內氏水軍的第一次作戰。就是在這次合戰之時，白井氏的當主白井縫殿介、越中守賢胤改名為白井房胤。
天文十九年，陶隆房（晴賢）不滿大內義隆重用右筆相良武任為首的文治派，不理政務，而和大內氏譜代家臣杉重矩，內藤興盛聯合推翻了義隆，擁立大內義隆的侄子，大友宗麟之弟大友晴英（大內義長）為當主。於是，忠於義隆的石見吉見氏舉兵討伐陶氏。天文二十三年三月，陶晴賢攻擊吉見氏的居城三本松城，一直延續到八月下旬。看準了這個時機，原本和晴賢關係良好的毛利氏突然在五月和陶晴賢絕交，並且對立。
這期間白井賢胤負責攻擊吉見方長門阿武郡的加年要害和石見的吉見督城。當時從屬於陶氏的白井氏水軍卻奮戰在陸上。賢胤的“賢”字來自於晴賢的偏諱，而且也為了越中守這個官位的前途。白井氏當然忠誠的為陶方奮戰。弘治元年（1555）毛利氏和陶氏在廣島灣上的衝突開始。白井氏對毛利方的佐東郡從海上發起攻擊。
在著名的嚴島合戰中，白井氏的屋代島水軍終始在為陶方勇猛作戰。嚴島合戰失敗後，晴賢自害，陶氏滅亡。白井氏於是歸降了小早川。白井家最終加入了毛利氏一方。天正十年四月，因為幫助河野氏和屬於秀吉方的來島水軍在伊予越智郡作戰，得到了河野氏感狀。從慶長年間（1596～1615）以後，白井氏一直就作為毛利家的家臣，萩藩的藩士。
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