計算
增值稅實際稅負指的是一般納稅人企業在一定期間內繳納的增值稅與同期實現的增值稅計稅收入的百分比；增值稅理論稅負是一般納稅人企業在一定期間內按特定方式計算的理論增值稅與同期實現的增值稅計稅收入的百分比，其中理論增值稅是指在未考慮固定資產進項稅額和期間費用進項稅額的前題下，根據產品的毛利總額或毛利率、計稅銷售收入結合產品的成本結構計算出來的同期應納增值稅額，其計算公式為：
增值稅的理論稅負=理論增值稅/增值稅計稅收入×100%
A、對於工業企業，理論增值稅有如下計算公式：
理論增值稅=（不含稅收入-可抵扣成本）×適用稅率
=[不含稅收入-（不含稅材料成本+不含稅可抵扣製造費用）]×適用稅率
=（產品毛利+對應產品生產人工成本+不可抵扣製造費用）×適用稅率
B、對於商業業企業，理論增值稅有如下計算公式：
理論增值稅=（不含稅收入-商品銷售成本）×適用稅率
=商品銷售毛利×適用稅率
公式中的增值稅計稅收入，僅包括增值稅應稅收入，不包括出口收入等增值稅免稅收入，因為出口收入等增值稅免稅收入不存在增值稅稅負的問題，如企業同時存在出口收入等增值稅免稅收入，則在計算增值稅理論稅負時，計稅收入不含增值稅免稅收入，同時應剔除與增值稅免稅收入相對應的毛利及成本項目；
注意事項
當企業的增值稅應稅收入項目存在不同的增值稅適用稅率時，應分別計算不同稅率收入的理論增值稅，並將不同稅率收入的理論增值稅匯總得出一個總的理論增值稅，並以此來確定總體的增值稅理論稅負；
理論增值稅稅負作為一種稅負考核指標，在計算時未考慮固定資產和期間費用進項稅額，這是因為固定資產進項雖然對投入當期的稅負影響較大，但畢竟是一次性的影響，在作為稅負考核時剔除其進項稅額對稅負的影響，可使其與同期沒有固定資產進項稅的企業的增值稅稅負相比具有可比性；而期間費用進項因其在整個進項稅額中所占的比例很小，故在計算本指標時，為了簡化算式，節約管理成本，可忽略不計，但對於一些經營大宗商品的企業，如鋼材、礦石、水泥、煤炭經銷企業，由於其運雜費占期間費用的比重較大，故在對這類企業進行增值稅稅負考核時，要考慮運費進項對稅負的影響。
決定因素
從上面關於增值稅理論稅負的公式來看，雖然會計帳面體現的增值稅交多交少與當期銷項進項的多少比對有關，但從一個較長的期間來看，決定企業交納增值稅多少的因素有兩個：一是產品的毛利率，增值稅稅負與產品的毛利率正向相關；二是產品的成本結構，也就是產品成本中，材料和可抵扣製造費用及工資成本和不可抵扣製造費用占產品成本的比例構成，當材料及可抵扣製造費用占產品成本的比例大時，也就是工資成本和不可抵扣製造費用占產品成本的比例小時，所交的增值稅就少，反之則所交的增值稅就多，從這個表述來看，材料和可抵扣製造費用是增值稅的抵減因素，產品毛利、工資成本和不可抵扣製造費用是產生增值稅的根本原因。
正因為增值稅的交多交少與產品的毛利率和產品的成本結構相關，故在企業實務中才有三種關於增值稅偷稅方法，一是虛增材料成本，整體提高材料成本占整過產品成本的比重，既偷增值稅又偷逃企業所得稅；二是在虛增材料成本的同時，虛減工資及不可抵扣製造費用；三是採取進價加成或售價降低的方法去降低毛利。所以我們在進行審計和稽查作業時，如果一個企業的毛利太低，或者是其工人的工資造得比實際工資水平要低得多時，這個企業很有可能是在帳面動手腳偷增值稅。
差異分析
增值稅的理論稅負與企業實際申報表體現的增值稅實際稅負之間通常有很大的出入，這主要是增值稅的應納稅額及實際稅負與其期初留抵進項、本期進項到位程度及進項稅額轉出，本期銷項多少有關，增值稅理論稅負可根據上述公式計算，是一個固定值，而實際稅負脫離理論稅負上下變動通常有如下的原因：
1、當企業期初留抵進項與期初存貨餘額所應包含的進項稅額不比對時，會對本期增值稅的稅負產生影響，如期初留抵進項稅額大於期初存貨應包含的進項稅額，則會降低本期增值稅實際稅負率，因為其留抵進項有一部分沒有與之相對應的存貨存在，該部分進項稅額不產生相應的銷項稅額，必然占用其他存貨銷售的銷項稅額；如期初留抵進項稅額小於期初存貨應包含的進項稅額，如期初存貨在本期實現銷售，則會提升本期增值稅實際稅負率，因為期初存貨中有一部分沒有進項稅額，而又因其實現銷售而產生銷項稅額；
2、上期有較大暫估入庫商品，已在上期銷售，而進項發票在本期收到並抵扣，則該會計事項會降低本期增值稅實際稅負率，因為本期該部分進項參與抵扣，但卻由於不存在與之對應的存貨存在，從而不產生相應的銷項稅額；
3、當本期已銷商品，由於未及時取得進項發票而在會計上做暫估入庫處理，由於該商品已產生銷項稅額，因為進項發票未到沒有進項稅額抵扣發生，故會提升本期增值稅實際稅負率；
4、當本期採購之存貨未完全實現銷售，但其進項已全額抵扣，從帳面上的體現是存貨庫存越來越大，進項與銷項不配比，如進貨60噸，銷貨40噸，其中進貨20噸的進項會抵減銷貨40噸所產生的毛利的銷項，會產生零稅負或低稅負，此時也會降低增值稅實際稅負率，如新辦工商企業， 存貨增加會吃進進項，進而會造成稅負低下或零稅負，即是如此。
5、本期銷售數額大於與銷售數額對應的採購數額，則會提升本期增值稅實際稅負率，比如進貨60噸，但銷貨80噸，其中多銷貨之20噸貨物會提升增值稅實際稅負率。
6、企業從小規模納稅人處採購商品未取得增值稅專用發票，或雖從一般納稅人處採購商品，但未取得增值稅專用發票，而是取得增值稅普通發票，不能抵扣進項稅額，從而使企業多交增值稅，進而提升增值稅實際稅負率。
7、企業購入固定資產抵扣進項也會降低企業增值稅實際稅負，如工業企業成立第一年由於大量購置並抵扣固定資產進項，會形成低稅負或零稅負，即是如此。
考慮因素
所以對企業增值稅稅負的分析研究，首先要考慮期初存貨和期末存貨，其次要考慮期初期末的暫估應付款金額，最後還要考慮企業期初期末的進項留抵數額，對企業增值稅稅負的考核應從一個較長的期間進行取數比對，從短期來看，不能單純以申報稅負率高低作為納稅評估的依據，當一個企業在某期的稅負率較高，而其帳面毛利率較低時，該企業可能運用成本變動法偷漏增值稅，而當期體現的增值稅稅負高，是因為上述五個方面的因素綜合變動造成，並非其遵守稅法所致；當一個企業在某期的稅負率較低，而其帳面毛利率正常時，則該企業可能正處於高速成長期，帳面體現的是庫存較大，且呈上升趨勢，如其帳面所體現的存貨確實存在，那么該企業應該沒有什麼問題，屬於守法經營的企業，如果帳面庫存已不存在，有兩種情況，一是產成品或庫存商品帳多實少，則可能商品已銷售因未收到營業款項未及時開發票，二是原材料包裝物的帳多實少，則企業可能有虛開進項的嫌疑；如果其帳面庫存不大，則應調查企業是否有上期已銷售未到發票，稅款已在上期繳納，上期作暫估應付款處理，而進項發票在本期收到並抵扣進項稅額從而降低本期增值稅稅負率。
在對企業進行增值稅稅負分析時，要將理論稅負與實際稅負結合起來考慮，企業當期的實際稅負較低時，要分析其理論稅負是否到位，同時還要考慮當期是否有固定資產或本篇四所述的相關事項出現。
進行調查
增值稅實際稅負率高而毛利低，屬於理論稅負小於實際稅負，儘管其實際稅負可能正常，但由於其毛利太低，有成本不實的嫌疑，應該進行調查，不要被其表面現象迷惑；對於當期增值稅稅負率低而毛利高，屬於理論稅負大於實際稅負，應著重調查其帳面存貨是否存在，是否有推遲收入實現，是否有抵扣前期已實現銷售之存貨的進項稅額存在，如果其帳面列示的存貨不存在，則企業可能有延期確認收入或隱匿收入的嫌疑，應對其進行實質性調查。
