經過
這班波音767-366ER客機（註冊編號：SU-GAP）在甘迺迪國際機場起飛往開羅後30分鐘，從雷達上消失，並與控制塔失去聯絡。飛機由原定的飛行高度急降至16,000呎，再爬升至24,000呎，最後就一直急降至墜落在大西洋海上，整個過程只是36秒。
航機載有14名機組人員（4名飛行員，當中2名是後備機長和機師，加上10名服務員），和203名乘客（來自七個國家，包括美國、加拿大、埃及、德國、蘇丹、敘利亞和辛巴威），其中一名是埃及軍方的高層人士。
飛行紀錄顯示飛機移動升降舵來令飛機維持急降，機長和機師的控制紀錄顯示，他們的操作完全符合升降舵的移動來試圖挽救飛機。這個區域當時沒有其它飛機，也沒有證據顯示飛機曾發生爆炸。飛機的引擎全程操作正常，直至他們把它關掉且左邊引擎因壓力過大而脫落為止。
調查
美國國家運輸安全委員會（NTSB）認為備勤機師Gamil Al-Batouti，在正機長離開駕駛室時控制飛機。他關掉了自動導航系統，有意把飛機墜落在大西洋海上。他不停念著"Tawakalt ala Allah"（"I put my trust in God"，我把信念都交託給神），還有作出和正機師挽救客機完全相反的操作。這些只是美國當局的猜想且未經證實，但可能有殺人傾向或自殺傾向的說法則在報告的分析上指出。
這個結果引來埃及政府的不滿，他們認為是飛機的機件問題而導致意外。在西方國家，當中的埃及社群都對這份報告十分不滿，因為他們認為埃及人根本不喜歡自殺。埃及政府的理據經過美國方面的論證，但全部都和事實不符。例如，埃及方面指升降舵失去控制，但美國方面指當時升降舵是處於「分裂的狀態」。在這種情況下，一邊是升而另一邊是降，這種情況在767上只有飛行人員的操作才會做到。
而這宗空難，則認為和阿爾蓋達沒有關係。因為這次不同911事件，機長是正常地離開駕駛艙，也沒有對乘客有額外的警愓。而這次事件也沒有證據證明有非駕駛員走入駕駛室來令飛機失事。不過，從後備機長念讀句子的行為，則被視為是自殺的證據。
事後
埃及航空已取消洛杉磯至紐約的航段，只保持紐約到開羅的航段，航班改為MS986，並改用波音777執行此航段。
