職責調整
（一）取消已由省政府公布取消的行政審批事項。 （二）加強促進中醫藥和民族醫藥事業發展、繼承和發展中醫藥文化職責。
（三）加強中醫藥人才培養、中醫藥師承教育職責，提高中醫藥人員的職業素質和技術水平。
（四）加強指導農村和社區衛生服務中的中醫藥工作職責。
主要職責
（一）貫徹執行國家中醫藥（含中西醫結合和民族醫藥，下同）工作法律、法規和方針、政策，擬訂有關地方性法規規章、管理規範和技術標準並監督執行，參與重大中醫藥項目的規劃和組織實施，對全省中醫藥工作實行行業管理。
（二）承擔全省中醫醫療、預防、保健、康復及臨床用藥等的監督管理責任，規劃、指導和協調全省中醫醫療、科研機構的結構布局及其運行機制的改革，監督執行各類中醫醫療、保健等機構管理規範和技術標準，擬訂全省中醫藥人員服務規範和職業道德規範，促進全省中醫藥行業作風建設。
（三）指導農村和社區衛生服務中的中醫藥工作和全省民族醫藥的理論、醫術、藥物的發掘、整理、總結和提高，監督和協調全省醫療、研究機構的中西醫結合工作。
（四）組織開展全省中藥資源普查，促進中藥資源的保護、開發和合理利用，參與制訂全省中藥產業發展規劃、產業政策和中醫藥的扶持政策，參與全省基本藥物制度建設。
（五）組織擬訂全省中醫藥人才發展規劃，參與擬訂中醫藥教育發展規劃和中醫藥專業技術人員資格標準並組織實施，會同有關部門組織開展中醫藥師承教育、繼續教育和相關人才培訓工作，參與指導全省中醫藥教育教學改革。
（六）擬訂和組織實施全省中醫藥科學研究、技術開發規劃，指導中醫藥科研條件和能力建設，管理全省的國家和省重點中醫藥科研項目，促進中醫藥科技成果的轉化、套用和推廣。
（七）承擔保護全省瀕臨消亡的中醫診療技術和中藥生產加工技術的責任，組織開展對中醫古籍的整理研究和中醫藥文化的繼承發展，提出保護中醫非物質文化遺產的建議，推動中醫藥防病治病知識普及。
（八）指導全省中醫藥界與國際和港澳台地區的交流合作，促進中醫藥技術的國際推廣、套用和傳播。
（九）承擔省政府公布的有關行政審批事項。
（十）承辦省政府及衛生廳交辦的其他事項。
內設機構
根據上述職責，四川省中醫藥管理局設5個內設機構：
（一）辦公室（政策法規與監督處）。
負責機關文電、會務、機要、檔案、績效管理、政務督導、政務公開、新聞宣傳、來信來訪、信息傳遞、安全保密、財務、後勤等工作；起草中醫藥地方性法規、規章草案，組織擬訂有關標準；負責有關行政審批事項，承辦有關行政複議、行政應訴及機關有關規範性檔案的審核工作；承辦中醫醫療機構、執業人員、醫療服務及中醫藥廣告的監管工作；規範中醫醫療秩序，督辦重大中醫醫療違法案件；承擔中醫藥文化建設、中醫藥防病治病知識普及宣傳工作；承辦四川省中醫藥工作廳際協調小組辦公室的具體工作。
（二）規劃財務處。
擬訂全省中醫藥事業中長期發展和資源配置規劃；負責中央和省財政下達的全省中醫藥專項資金、基建投資、項目經費的管理和局機關及直屬單位的經費預算、決算管理；負責全省中醫藥信息統計工作；組織實施直屬單位政府集中招標採購管理工作；承辦直屬單位財務審計、國有資產監管和許可權內基本建設項目的審核或審批等工作；統籌中醫藥扶持和貸款資金的合理利用；參與擬訂中醫藥醫療服務項目、價格標準、基本醫療保險等相關政策及管理辦法。
（三）醫政處（民族醫藥與基層中醫處）。
擬訂全省中醫藥防治重大疾病規劃並組織實施；擬訂中醫、中西醫結合、民族醫醫療和保健機構及其技術套用的管理規範和標準並監督實施；指導和組織實施農村衛生、社區衛生服務中的中醫藥工作；擬訂中醫醫療、預防、保健、康復、護理、臨床用藥等管理規範和技術標準並監督實施，指導中醫醫院和其他醫療機構的中醫業務，監督實施中醫醫療、保健等人員的執業資格、服務規範；參與擬訂全省基本藥物目錄的有關工作；參與組織突發公共衛生事件的應急處理。
（四）科技處。
擬訂全省中醫藥科學研究、技術開發規劃並組織實施；指導中醫藥科研條件和科技能力建設；組織和管理中醫藥重點科研項目，促進中醫藥科技成果的轉化、套用和推廣；組織開展傳統中醫藥、民族醫藥古籍和診療技術的發掘、整理、總結與提高以及中藥資源的普查，促進中藥資源的保護、開發和合理利用；提出保護中醫非物質文化遺產的建議；參與擬訂中藥產業發展規劃和產業政策。
（五）人事教育處（國際合作處）。
組織擬訂全省中醫藥人才發展規劃，參與擬訂中醫藥專業技術人員資格標準並組織實施；按照管理許可權負責局機關及直屬單位的機構編制和人事工作；擬訂全省中醫藥中等教育、職業教育、成人教育、師承教育、繼續教育和相關人才培訓的發展規劃並組織實施；參與指導中醫藥教育教學改革；開展中醫藥界與國際和港澳台地區的交流合作；聯繫有關學術團體的工作。
機關黨委負責機關和直屬單位的黨群和紀檢監察工作。
人員編制
四川省中醫藥管理局機關行政編制31名。其中：局長1名、副局長2名；機關黨委書記按省委規定配備；正處級領導職數5名，副處級領導職數5名。
機關工勤人員控制數3名。
