內設機構
根據行署辦公室主要職責，行署辦公室設5個內設機構：
綜合秘書科
負責為專員、副專員的日常工作提供文秘服務，承擔行署及行署辦公室各類公文、領導講話的草擬工作。根據專員、副專員的指示，調查研究、匯總反映動態信息及有關事項；做好行署領導與各縣市、各部門的聯絡工作，發揮上傳下達、溝通左右的作用；負責行署及行署辦公室的政務聯絡工作。積極做好各類數據、資料的收集整理工作，及時準確地向行署領導呈報各類資料和數據；承擔行署、行署辦公室各類會議的準備、記錄和會議紀要的整理工作；負責行署領導參加重大活動的組織、協調和安排，以及大事記的記錄和整理工作；協調政府系統文秘人員的專業培訓、業務指導工作；負責自治區人大代表建議、批評、意見以及自治區政協委員提案的辦理和答覆工作。負責行署及行署辦公室的印章管理；負責各類文稿、材料的列印、裝訂及各種檔案、材料的收發、登記歸檔立卷、保管利用和銷毀；負責做好行署及辦公室的保密工作。負責管理行署機關和辦公室的行政財務，依法對各項經費進行業務管理，承辦憑證的填制、審核、記賬和編制財務報表等工作；依法設定賬戶，制定資金管理和使用計畫；負責管理基建資金的預算開支及各類資金的使用；負責行署機關人事工資工作及相關檔案管理；完成行署辦公室交辦的其他工作。
督查科
負責自治區人民政府政務督查工作的規定、規劃在全地區的貫徹落實，負責制定並組織實施地區政務督查工作管理辦法及規劃；負責承擔自治區人民政府，行署及有關領導批辦的督查、督辦工作；負責接受自治區人民政府辦公廳督查室及在和田地區設立的直報點聯繫和業務指導；負責行署常務會議、行署組成人員會議、專員辦公會議以及行署和行署辦公室下發的重要檔案、電報、領導批示和指示的貫徹落實情況；負責行署、行署辦公室與自治區人民政府各廳局及各縣市、各部門之間的無紙化傳輸工作。起草有關督查方面的文稿，定期通報政令執行情況；負責督查事項的情況匯報，編髮督查專報；負責接收辦公室電話、傳真及會議通知；完成行署辦公室交辦的其他工作。
信息科
負責收集整理有關政治、經濟、社會發展等方面的信息資料，及時處理各類信息，做好信息調研，辦好信息刊物，為領導決策提供服務；向自治區人民政府上報和田地區政務信息，負責同各地州市政務信息網路的聯繫，指導地區政務信息網路和信息員培訓工作；負責行署辦公室遠程通信站工作；完成行署辦公室交辦的其他工作。
翻譯科
負責行署及辦公室各類公文的翻譯、校對、列印工作；負責行署有關會議需要口譯、筆譯的翻譯工作；審定行署領導在各專題會議上的講話譯稿；承擔行署辦公室、各科室有關文字材料的翻譯工作；完成行署辦公室交辦的其他工作。
保衛科
負責行署機關及領導住地的安全保衛工作；負責辦公室機關社會治安綜合治理日常工作和治安管理監督檢查；協調各部門積極做好行署大院安全保衛值班及宣傳工作；負責進出機關人員、車輛管理；負責機關和機關家屬院消防安全工作；協助信訪部門做好到政府機關群體性上訪的勸解疏導工作；指導、配合武警做好機關、行署領導住地執勤及突發事件處置；負責做好領導交辦的其他工作。
主要職責
根據自治區黨委辦公廳、自治區人民政府辦公廳《關於印發<和田地區行政公署機構改革方案>的通知》（新黨廳字〔2011〕52號）精神，設立和田地區行政公署辦公室，為協助行署領導同志處理行署日常工作的機構。
（一）檢查督促行署各項決議、決定、重要工作部署以及行署領導重要指示的貫徹執行情況，並向行署領導報告。
（二）負責行署文電處理和日常工作；草擬、審核以行署、行署辦公室名義發布的檔案。
（三）負責行署各類會議的會務、記錄、翻譯、會議紀要整理工作；負責行署領導參加重大活動的組織、協調和安排。
（四）根據行署領導的指示或辦理檔案的需要，組織協調行署有關部門的工作，協助行署領導組織處理需由行署直接處理的重大事件和突發事件。
（五）負責行署機關及辦公室的值班工作，及時處理各類來電、來訪，並將重大情況和重要問題迅速向行署領導報告。
（六）根據行署的工作部署和行署領導指示，組織有關調查研究、收集信息、反映情況、提出建議等工作。
（七）負責自治區人民政府辦公廳轉交的自治區人大代表建議、批評、意見和自治區政協委員提案的辦理和答覆工作。
（八）承辦行署和行署領導交辦的其他工作。
領導分工
艾則孜·木沙專員：
全面負責行署的領導工作。主管發展改革委員會、財政局、人力資源和社會保障局、監察局、審計局、編辦、外事（僑務）辦公室。
張金標常務副專員：
負責行署常務工作和農牧業生產、扶貧開發、水利、供銷、科技等方面的工作。分管行署辦公室、法制辦公室、對口支援辦公室、政務服務中心、住房公積金管理中心、行署接待處、行署駐外辦事機構、農業局（鄉鎮企業局、農業產業化發展局、農經局、種子管理站、農廣校）、林業局、水利局（塔里木河流域和田管理局、吉音水利樞紐工程建設管理局、水文資源勘測局、防病改水辦公室、水利勘測設計院）、畜牧獸醫局（畜牧技術推廣站、動物防疫監理站、草原站、草原監理所）、綠化委員會、供銷社、農業技術推廣中心、糧食局（中儲糧和田直屬庫）、扶貧開發辦公室（移民局）、科學技術局、知識產權局。協助專員分管發展改革委員會、財政局、地稅局、國稅局、人力資源和社會保障局、監察局、審計局、編辦。聯繫協調水利廳烏魯瓦提建管局、農業廳和田蠶桑科學研究所以及金融、保險方面的工作。
庫來西·吐爾遜副專員：
負責民族宗教、公安司法、教育等方面的工作。分管民族宗教事務委員會、公安局（邊防局、消防局）、司法局（布雅監獄、于田監獄）、國家安全局、武警部隊、教育局（招生辦、成人教育委員會）、行署教育督導室、電大、教育學院（師範學校）、技校。協助專員分管外事僑務辦公室的工作。聯繫協調和田師範專科學校、維吾爾醫學專科學校。
何軍副專員：
負責民政、衛生、人口計畫生育、廣播電視等方面的工作。分管民政局、殘聯、老齡委員會、衛生局、食品藥品監督管理局、疾病控制中心、人民醫院、維吾爾醫醫院、傳染病醫院、紅十字會、中心血站、人口和計畫生育委員會、婦幼保健站、廣播電視局（廣播電台、電視台）、地震局。聯繫工會、共青團、婦聯等民眾團體工作。
楊渭鋒副專員：
負責工業經濟、安全生產、環境保護、國土資源管理、旅遊、通信、電力等方面的工作。分管經濟和信息化委員會、安全生產監督管理局、環境保護局、國土資源局（地質十大隊）、旅遊局、統計局、郵政局、長途傳輸局、無線電管理局、電信分公司、移動分公司、聯通分公司、電力有限責任公司、國有和非公有制企業。聯繫協調駐和工業企業。
禹學垠副專員：
負責城鄉規劃建設（城市住房保障）、招商引資、經濟協作等方面的工作。分管住房和城鄉建設局（房改辦、建築勘察設計院）、人防辦、招商局。
艾山江·尕依提副專員：
負責文化體育、交通商務、工商質監等方面的工作。分管文化體育局（文物局、新聞出版局）、交通運輸局（公路管理局、路政海事局、道路運輸管理局）、商務局、鹽務局、菸草專賣局、工商行政管理局、質量技術監督局。聯繫協調民航、鐵路方面的工作。
