生平事跡
吉藏受戒以後，學解更進，聲望日高。陳桂陽王（伯謀）欽慕他的學問，對他特加尊敬。陳末，隋兵進攻建康，社會極為混亂。吉藏和一些同學前往各寺，蒐集佛教文疏，藏於三間堂內，到戰事停止後加以整理。他涉獵典籍非常廣泛，後來他的著述注引的賅博，就是得力於此。隋朝平定江浙地方以後，吉藏遂移住會稽秦望山嘉祥寺。他在這裡弘傳佛法，從他受學者多至千餘人。後來學者即因他所住的寺號稱他為嘉祥大師。
吉藏在會稽嘉祥寺時，曾開講「法華經」並自著章疏。及智 再歸天台，他即於開皇十七年（五九七年）八月二十一日與禪眾百餘人致書請智 開講「法華」，智 因病未赴不久即圓寂。因從智 弟子灌頂聽天台宗義（「續高僧傳」卷十九「灌頂傳」）。
隋開皇最後幾年（西元五八一～六○○年），晉王楊廣（即隋煬帝）總管揚州，在揚州建置四個道場，延請佛教知名學者入住。吉藏以盛名被延入慧日道場，受到特殊禮遇。開皇十九年（五九九年），楊廣自揚州赴長安，邀吉藏同行，到長安後被安置於日嚴寺，即埋頭整理「維摩經」的著述。他的「淨名玄論」，就是這個時期的作品（見「淨名玄論」）。隋煬帝的次子齊王楊 ，早聞吉藏盛名，於大業五年（六○九年）請他蒞臨私第，邀集長安名士六十餘人舉行辯論會，並推吉藏為論主。當時有僧粲和他對論，往復四十餘番，結果吉藏獲勝。這時他已經六十一歲了。
隋朝亡後，唐高祖李淵初到長安，召集佛教知名人物在虔化門下接見。吉藏被推為代表往見。武德初年（六一八年），唐朝設定十大德管理佛教事務，吉藏被選為十人之一。他在長安先住實際寺和定水寺，後來齊王李元吉（唐太宗之弟）請他住延興寺。武德六年（六二三年）五月得病逝世，世壽七十五。臨終還寫了一篇「死不怖論」，葬於終南山至相寺的北岩（「續高僧傳」卷十一本傳）。
吉藏的學說淵源於攝山學系。攝山自梁僧朗、陳僧詮相繼，成為江南三論宗的發祥地。僧詮門下最傑出的有興皇寺法朗、攝山棲霞寺慧布、長乾寺慧辯和禪眾寺慧勇，尤以法朗為最著名。僧詮在攝山弘布三論及「摩訶般若經」，到了興皇法朗始兼講「涅盤經」（吉藏「涅盤經游意」）。吉藏從法朗受業，後來也廣弘這些經論，其學問授受的淵源是可以想見的。
吉藏一生的學說有三變，最初宗承他的本師法朗的學說，深究三論和「涅盤」；繼而攝取天台宗的「法華玄義」；最初傾其全力於三論的闡揚，著作「三論玄義」，樹立了自己的宗要。在他以前的所謂「古三論」，有羅什門下僧肇、道融的「關內義」（或稱「關河舊說」），有僧朗、僧詮、法朗三世相承的「山門義」，到了吉藏始集三論教義的大成，因此他的三論學說被稱為「新三論」。
吉藏博學多識，歷受陳、隋、唐三代王室的尊崇，不免恃才傲物；加以生活不拘細節，時或招受人們的非難。他在學問上雖有成就，並不善於處眾。所以道宣對他的評價是∶「縱達論宗，頗懷簡略，御眾之德，非其所長。」
吉藏弘法五十餘年，造就弟子很多。見於史傳記載的有慧遠、智拔、智凱（同名的兩人）、智命、碩法師、慧灌等。慧遠晚年住蘭田悟真寺，盛行講說。智拔，襄陽人，初為智潤的弟子，後來京師從吉藏研究「法華」，深得吉藏的器重（「續高僧傳」卷十四本傳）。智凱，丹陽人，因聞吉藏講「法華·火宅品」而出家，發色較黑，被稱為烏凱，隨吉藏到會稽嘉祥寺，是吉藏門下的俊才（「續高僧傳」卷十四本傳）。另一智凱是揚都人，聞吉藏在會稽傳播佛法，即棄俗從他出家，並受學三論。後隨吉藏入京，專攻子史，曾在內殿佛道辯論時折服了道士張鼎，是一個長於辯論的僧人（「續高僧傳」卷三十本傳）。智命，滎陽（今河南）人，初從吉藏聽三論和「法華」，發生了信仰。後來夫婦同時出家，不久因事被殺（「續高僧傳」卷二十七本傳）。碩法師從吉藏受學，曾著有「中論疏」十二卷。慧灌，高麗國人，曾入隋至會稽嘉祥寺從吉藏研究三論，後入日本傳弘三論，被稱為日本三論宗的初祖（日本師鏈「元亨釋書」卷一本傳）。
吉藏生平，曾講三論、「法華」、「大品」、「智論」、「華嚴」、「維摩」等經論多遍，並各著註疏行世。他的著述總計四十餘種，其中有的已經散失，有的真偽尚未決定，現存的尚有二十六部。其名如次∶「華嚴經游意」一卷、「淨名玄論」八卷、「維摩經游意」（即「維摩經義疏」卷首玄義）一卷、「維摩經義疏」六卷、「維摩經略疏」五卷、「勝 經寶窟」六卷、「金光明經疏」一卷、「無量壽經疏」一卷、「觀無量壽經義疏」一卷、「彌勒經游意」一卷、「大品經游意」一卷、「大品經義疏」十卷（卷二闕）、「金剛經義疏」四卷、「仁王經疏」六卷、「法華經玄論」十卷、「法華經游意」一卷、「法華經義疏」十二卷、「法華經統略」六卷、「涅盤經游意」一卷、「三論玄義」一卷、「中觀論疏」十卷、「百論疏」三卷、「十二門論疏」三卷、「法華論疏」三卷、「二諦章」三卷、「大乘玄論」五卷。
吉藏的著述，自隋唐以來並陸續流入朝鮮和日本，曾被廣泛研究和翻譯刻版，因而有所影響。
