吉布地古萊德總統軍校設校長(由上尉軍官擔任)一名和兩名分管後勤與訓練的副校長(由資歷較深的軍士長擔任)。學校下設訓練辦公室和後勤辦公室。訓練辦公室下設教官組,負責制訂訓練計畫,編寫教材,組織教學與施訓,並負責對學員的考核與鑑定。後勤辦公室下設文印室、會計室、汽車隊、修理車間、倉庫和兩個食堂。各部門的負責人均由軍士擔任。學校管理機構比較精幹。
吉布地古萊德總統軍校開設有下士專業課程,學員1~2年的時間裡,主要學習軍事地形學,進行輕、重機槍和迫擊炮等的操作與射擊,掌握攀登與翻越障礙的技術,學會爆破、構築工事和使用無線電台。學員在所有科目都考核合格後,才能正式被授予下士軍銜,成為一名職業軍人。由下士晉升為中士之前,還要回軍校參加為期6個月的中士訓練。參加者要掌握一個班長必須具備的知識,學會管理、組織訓練和指揮戰鬥。
軍校在建校之初,教官是由法國軍士擔任。現在學校已擁有由本國軍士組成的20多人的教官隊伍。軍校教官的職務不是固定的,一般任教1~2年後便與部隊的優秀軍士。