反密碼子

反密碼子是位於tRNA反密碼環中部、可與mRNA中的三聯體密碼子形成鹼基配對的三個相鄰鹼基。在蛋白質的合成中，起解讀密碼、將特異的胺基酸引入合成位點的作用。 反密碼子（anticodon）：RNA鏈經過摺疊，看上去像三葉草的葉形，其一端是攜帶胺基酸的部位，另一端有3個鹼基。每個tRNA(transfer RNA）的這3個鹼基可以與mRNA上的密碼子互補配對，因而叫反密碼子。 tRNA分子二級結構的反密碼環中部的三個相鄰核苷酸組成反密碼子。它們與結合在核糖體上的mRNA中的核苷酸（密碼子）根據鹼基配對原則互補成對，因此在蛋白質合成過程中，攜帶特定胺基酸的tRNA憑藉自身的反密碼子識別mRNA上的密碼子，把所攜帶的胺基酸摻入到多肽鏈的一定位置上。

反密碼子

anticodon中除有常見的4種鹼基外還出現次黃嘌呤（I） 其可最大限度閱讀mRNA上的信息，降低突變引起的誤差。所以實際上反密碼子少於61種。

在轉移RNA反密碼子環中的三個核苷酸的序列，在蛋白質合成中通過互補的鹼基配對，這部分結合到信使RNA的特殊密碼上。

色氨醯tRNA合成酶的晶體結構

已知一種tRNA只能攜帶一種胺基酸，這表明密碼子與反密碼子之間的配對還是十分嚴格的。但是，tRNA的反密碼子如何才能與其相應的胺基酸之間建立起結構上的關聯性呢？氨基醯tRNA合成酶（aminoacyl-tRNA synthetase，簡稱aaRS）在tRNA胺基酸臂上所攜帶的胺基酸與反密碼子之間架起了橋樑，酶具有很好的空間擴展能力與柔性。一般情況下，aaRS至少包含一個催化核心結構域（catalytic central domain, CCD）和一個結合反密碼子的結構域（anticodon-binding domain, ABD）。tRNA的胺基酸接受莖（即3’-端CCA-OH），在aaRS的催化下，與經ATP活化的胺基酸通過酯鍵結合。攜帶同一個胺基酸的所有tRNA（也稱為同功tRNA）由相同的aaRS所催化，而每種酶通過若干特殊鹼基來識別同工的tRNA。已知aaRS與呈L型的tRNA的內側面廣泛結合。