先生1925年考入南開中學，1931年畢業後，以第十九名考入清華大學。次年，患肺結核，系主任張子高先生謂不宜繼續學化學，乃轉入歷史學系，1934年因病休學兩年。
1937年盧溝橋事變爆發時，先生距畢業尚差十餘學分。胞弟卞又新也在清華大學(土木系)就學，學校安排已先期前往長沙（1938年初投筆從戎，參軍抗戰），先生則留津承擔家庭生計。8月16日，先生離校返津，在天津車站即遭日本憲兵拘捕，被投入囚禁天津著名報人劉髯公、神父師潛叔等人的囚室, 先生在多方營救下，囚禁18天后方得以獲釋，目睹同囚難友橫遭殘虐，對日寇之殘暴，憤慨尤深，乃以不任偽職、不投文稿自律，直至日寇投降。
1961年初秋，先生以確鑿證據撰寫《關於〈資治通鑑〉的幾個問題》，對著名史學權威的觀點提出質疑，投稿無果。友人提示發表此類文章可能殃及今後的學術生涯，但先生不以為然。後寄至吳晗處，吳晗閱後覺得甚好，便推薦到《光明日報》，文稿被刪除一半，得以發表。但即遭翦伯贊先生弟子撰文攻擊，再投稿反駁時，報社以對此問題不再討論為由拒絕發表。三十年後陳垣的秘書、北京師範大學劉乃和教授講：對該文印象極深，並問為何再沒見文章發表？
先生心繫文史，於1957年受聘天津史編纂室。不料，“反右”爆發，先生被劃為“右派”分子。次年，天津史編纂室併入天津市歷史研究所。由於機構變更，先生“右派”身份雖僥倖逃過正式審批，先生雖得到歷史所領導的保護，未被補戴右派分子帽子，實則仍需按“右派”對待。只能從事圖書資料室工作，無法安排到研究崗位，長達二十餘年。先生並不氣餒，坐冷板凳數十年，逆事順辦，利用工作之便利，大量購買認為可研究的圖書資料，同時也更加重家中經濟之拮据。
1959年9月吳晗發表《論海瑞》、《海瑞罵皇帝》等提倡敢講真話的文章，先生在購舊書時發現海瑞墨跡，即購贈吳晗先生。吳晗在《海瑞罷官》單行本序的末尾,寫了“墨跡(指海瑞墨跡照片)中有一份是天津卞慧新同志送的,……並致謝意”。孰料此事在 “文革”中竟被指為一大罪狀，先生成為天津歷史研究所第一個“現行反革命分子”。
先生史學研究繼承清華大學國學院建院初期的嚴謹治學傳統，著述力求平實。先生在職期間，精心蒐集史料，撰寫專題、起草史稿，指導後學。此外，曾被指派參與中國地震歷史資料彙編、河北省歷代災害調研及天津市環境質量圖集、歷史地圖編制等項工作。其工作異常繁重，其研究成果則罕能發表。上世紀八十年代後期，先生年逾七旬，面臨退職，仍無學術職稱，自“文革”結束至1987年雖發表了近三十篇文章，出版了《第二次鴉片戰爭在天津》（1983.7）、《天津史地知識》（1987.6），其成果遠未能反映先生之功力和學術水平。衡諸當時有關條例，知先生者不免焦慮，先生則淡然處之。幸賴領導和學界秉公評議，眾望所歸，先生得以以研究員職稱退職。
1988年先生退職後，如嚴范孫先生詩句一樣“花但能開不厭遲”，辛勤如昔，筆耕如常，常年的功力煥發為學術上的青春，緬懷嚴范孫、梅月涵、雷伯倫、陳寅恪、吳雨僧、錢賓四等諸位師長的文字不斷發表。《老天津的年節風俗》（1992.11）、《〈津門詩鈔〉校點》（1993.1）出版。先生嘗以數十年之力，為在歷史上被誤解湮沒已久的呂留良廣收遺事，纂為長編，發潛闡幽，得未曾有。海內學者得見之者，或稱其蒐集難度甚大，或稱其持論精確新穎，或稱其撰著經得起歷史上的考驗。《呂留良年譜長編》歷經七十年，至2003年9月方得以在中華書局出版，該書得到中國出版集團學術著作、重點圖書專項補貼。蔣寅研究員以“一部獨具特色的清代人物年譜” 對該書的體例結構之完備，資料之豐富、充實，倍加讚賞。《陳寅恪先生年譜長編（初稿）》經近十年的編撰於1995年曾協商出版事宜，因責編大肆刪削，以至面目全非，先生寧不出版，亦不願毀其文稿，負罪師門，亦無以對託付於己的蔣天樞先生。歷經磨難二十餘年，於2010年4月在中華書局出版。年末被《中華讀書報》編輯部評選為2010年度十佳圖書。兩部巨作其學術價值和艱難歷程，令人動容推崇。
對於先生來說，百年的人生苦旅，並非一路福星，先生幼年身體孱弱，青年患重病，早年喪父，中年喪妻，晚年喪子，家庭變故不斷，經濟之拮据，生活困頓，而先生堅忍對待，終能處之泰然。惟於治學一事，卻夙興夜寐，焚膏繼晷，矻矻終日，鍥而不捨。凡此種種，堪稱人生典範。
而今，期頤之年，藏書數萬冊，四世同堂。雖有老病宿疾，卻無菸酒惡習。九八高齡時大腿骨折，其骨質之密度令醫生驚嘆，手術平安，康復正常，創該院迄今僅有之例。
先生不嗜菸酒，勤于思考，筆耕不止；溫和平靜，低調做人，不爭強好勝，生活順其自然；淡泊名利，得意而不忘形，失意而不喪氣，無疑是他得以登壽域、躋春台的秘訣。
