人員編制
2009年共組織稅收收入660835.88萬元。現有幹部40人，男31人，女9人，其中30歲以下2人，占5%，30至40歲4人，占10%，40至50歲28人，占70%，50歲以上6人，占15%。黨員19人，占48%，民眾21人，占52%。科級領導職務7人，科級非領導職務22人。現有幹部中本科學歷28人，大專學歷12人，註冊稅務師4人，中級職稱11人。
主要機構
根據工作職責，南京市國家稅務局第一稽查局設6個內設機構（正科級）：綜合科、人事教育監察科、案件審理科、檢查一科、檢查二科、檢查三科。
1、綜合科
負責本局稽查綜合管理和稽查信息化管理工作；負責本局稽查選案、稽查任務分配與業務考核工作；組織本局查辦案件的執行工作；負責對外聯絡與協調；負責本局行政事務、經費及財務管理、資產管理及後勤保障工作；承辦領導交辦的其他工作。
2、人事教育監察科
研究和執行人事管理制度；負責機構、編制、任免、考核、調配、交流、辭職辭退、工資福利、專業技術職務等人事管理工作;負責離退休幹部及提前離崗人員的管理和服務；負責思想政治工作、精神文明建設和基層建設；負責教育培訓管理工作；負責黨建、工會、共青團和婦聯工作；負責機關的黨群工作；承擔思想政治工作和精神文明建設。
負責貫徹執行黨和國家的路線方針及稅收法律、法規情況的監督檢查；負責黨的紀律檢查、行政監察和廉政建設工作；負責執法監察和糾風工作；負責信訪舉報、違法違紀案件工作；承辦領導交辦的其它工作。
3、案件審理科
負責本局查處的一般稅務違法案件的審理工作，對應由市局審理的重大稅收違法案件提出初審意見；負責本局稽查案件卷宗的歸檔管理；負責本局稅收法制工作；負責本局稽查建議、征管查聯動和查後建議的管理；承辦領導交辦的其他工作。
4、檢查一、二、三科
負責根據本局下達的稽查計畫開展日常稅收檢查，按規定整理並向審理部門移交案卷資料，協助做好案件執行工作；負責所查案件的稽查建議、案例分析以及案件聽證、複議、訴訟等事項的舉證工作；負責上級及本局下達的重大稅收違法案件查處工作；承辦領導交辦的其他工作。
人員編制
南京市國家稅務局第一稽查局行政編制限額40名。其中：局長1名，副局長1名，正科級領導職數6名，副科級領導職數6名。處級、科級非領導職數由南京市國家稅務局按照有關規定核定。
