管轄納稅人
南京市國稅局下設4個正處級稽查局，即稽查局、第一稽查局、第二稽查局、第三稽查局；五縣（區）局保留稽查局為其直屬單位，其中溧水縣國稅局、高淳縣國稅局稽查局為副科級單位，江寧區國稅局、六合區國稅局、浦口區國稅局稽查局為正科級單位。
集中稽查新格局初步建立後，在案源的選擇和分配上，採取上下結合，指定與自選相結合的辦法。案件審理上，各稽查局單獨成立案件審理委員會。個案查補稅款50萬元以上，及上級交辦、督辦的專案，跨區域性案件的審理，由市國稅局分管局長及各稽查局主要負責人組成專門審理委員會審理。百萬元以上案件，仍由市國稅大要案審理委員會選擇審理。在舉報案件管理上，市稽查局和三區兩縣設立舉報中心。市國稅局各稽查局查處偷、騙、抗稅以及虛開發票案件，凡達到移送公安機關追究刑事責任的，均由市國稅局稽查局牽頭、定期統一向公安局經偵支隊辦理移送手續，需立即移送的特殊案件，可隨時提請市稽查局聯繫、組織移送。三區兩縣需移送案件，仍各自向所在地公安機關移送。
稅收狀況
2010年，全市稽查共檢查、自查各類納稅戶2880戶，其中立案案件761件，總計查補收入74404萬元(含自查查補31427萬元)，入庫73490萬元（含自查入庫31427萬元）。全市稽查查補收入42977萬元，入庫42063萬元（含移送數據）。稽查查補收入首次突破4億元大關，和去年同期相比，增加了10434萬元，增幅達32.1%。新成立的三個稽查局查補總量（含自查）均位居前列，合計37362萬元。全市累計處罰率15%，稽查查補入庫率98%，結案率96%，選案準確率97%，移送司法機關涉稅案件74件。大要案件查處50件。其中，查補稅款1000萬元以上的案件8件；查補稅款100—1000萬案件29件；查補稅款50—100萬案件13件。
機構榮譽
2010年，南京市國稅局稽查局獲南京市文明單位稱號，被授予法治南京建設示範單位；“陽光稅線”被評為南京市第三批服務品牌；省局“330”專案單位嘉獎；被評為南京市國稅系統文明單位、南京市國稅系統爭創無職務犯罪先進單位、白下區無職務犯罪示範單位。“行為規範DIY，以行為文化促平安稽查”入選南京市國稅系統五好和諧基層建設創新項目。
機構設定
（一）辦公室
負責制定本局辦公規章制度；制定年度工作計畫及長遠發展規劃；處理日常政務，起草和審核有關檔案和報告；負責財務及資產管理；負責後勤保障工作；負責文秘事務、網站管理、文書檔案、文印、信訪、保密、調研、信息宣傳、目標管理考核、督查督辦、綜合行政管理信息系統管理等機關行政事務工作；辦理人大代表建議、政協委員提案；協助領導對有關工作進行綜合協調；負責上級對口處室的目標責任制考核；承辦領導和上級交辦的其他工作。
（二）人事教育監察科
負責制定本局人教監察、文明創建和黨群管理制度；負責本局機構編制、工資福利、任免調配、考核獎懲、交流、辭職辭退、專業技術職務、外出及請休假管理、幹部人事檔案、人事統計等人事管理工作;負責離退休幹部及提前離崗人員的管理和服務；負責思想政治工作、精神文明建設、國稅文化建設等基層建設工作；負責教育培訓工作；負責黨建、工會、共青團和婦聯等黨群工作；負責紀律監察、黨風廉政和糾風工作；負責上級對口處室的目標責任制考核；承辦領導和上級交辦的其他工作。
（三）綜合選案科
負責制定全市國稅系統稅收檢查計畫，分配稽查任務，組織落實稅務稽查政策法規和上級工作要求；負責全市國稅稽查工作的指導、管理、考核和稽查納稅服務管理；負責全市國稅稽查信息化管理；負責全市國稅專項檢查和專項整治工作；負責全市國稅稽查案件督辦、跟蹤管理、組織案件複查和大要案管理；負責全市國稅系統稅務檢查證管理；負責全市國稅稽查辦案經費管理；負責全市國稅稽查數據、信息統計，報表編制以及綜合文字工作；負責與公安、地稅、工商、海關等部門的工作聯絡和協調，配合紀檢監察、法制部門開展涉稅案件調查；負責公告、曝光案件的收集、整理和上報；負責上級對口處室的目標責任制考核等工作；承辦領導和上級交辦的其他工作。
（四）案件審理科
負責本局查處案件的審理工作；對市局審理的重大稅收違法案件提出初審意見；負責對全市國稅稽查案件審理工作進行指導和管理；負責全市國稅稽查文書規範工作；負責本局稽查案件卷宗的歸檔管理；負責本局稅收法制工作；負責涉稅犯罪案件移送管理；負責全市國稅稽查系列與管理系列聯動管理；負責全市國稅稽查建議、查後建議的管理，組織全市國稅稽查能手、優秀稽查建議、優秀案例等評選；負責全市國稅稽查系列政策業務培訓，參與疑難案件的政策協調；負責上級對口處室的目標責任制考核；承辦領導和上級交辦的其他工作。
（五）案件執行科
負責本局查處的稽查案件的執行工作；負責對全市國稅稽查案件執行工作的業務指導和管理；負責上級對口處室的目標責任制考核；承辦領導和上級交辦的其他工作。
（六）稅務違法案件舉報中心
負責全市國稅違法案件舉報的受理、登記、查辦、轉辦、交辦、催辦、反饋以及綜合管理工作；負責上級下發舉報案件的轉辦、督辦、上報工作；對受理的應由本局查處的一般舉報案件進行查處；負責全市國稅舉報獎勵管理；負責全市國稅金稅工程協查系統管理；負責全市國稅外地來人來函協查管理；負責全市國稅稽查“第三類案件”（上級稅務機關通過金稅稽核系統比對生成的案件）管理；負責上級對口處室的目標責任制考核；承辦領導和上級交辦的其他工作。
（七）檢查一、二、三科
負責根據本局下達的稽查計畫開展日常稅收檢查，按規定整理並向審理部門移交案卷資料，協助做好案件執行工作；負責所查案件的稽查建議、案例分析以及案件聽證、複議、訴訟等事項的舉證工作；負責上級及本局下達的重大稅收違法案件查處工作；承辦領導和上級交辦的其他工作。
