歷史沿革
成立於1988年的南京出版社是南京市市屬唯一的地方城市綜合性出版社，是南京出版傳媒集團旗下核心企業。
組織機構
重大選題出版部
主要職能：主要負責重點圖書的選題策劃、編輯加工、資源維護等。
一般圖書中心
主要職能：主要負責一般圖書的選題策劃、編輯加工、資源維護等。
第一編輯部/第二編輯部
主要職能：主要負責教輔圖書的選題策劃、編輯加工。
市場部
主要職能：主要負責圖書的市場開發、發行渠道的建立和維護；負責庫存圖書的管理；負責圖書收、發、退貨的協調及統計、核對、結算等。
綜合管理部
負責組織協調出版社日常行政管理工作；負責出版社重要會議、活動的會務組織工作；負責人事、保密、文書檔案工作；負責編輯管理工作；負責選題計畫的編制、整理、上報工作；負責出版契約、書號、樣書、書稿檔案、著作權、圖書評獎、審讀等編務管理工作；負責圖書生產情況的綜合、分析和協調等工作。
美術編輯部、財務部
略。
主要業務
《金陵全書》系列
南京出版社《金陵全書》是距今600多年前明朝中央政府在南京編纂《永樂大典》以來，南京地方政府對南京文獻的首次系統編纂整理。同時，也是南京自行組織編纂的最大規模的出版工程。
南京作為世界著名的歷史文化名城，在中華文化發展史上有著特殊地位和重要影響，南京的歷史文獻也是中華歷史文化、世界文化遺產的重要組成部分，是全人類的共同財富。南京利用得天獨厚的歷史文化資源，將分散在全國各地的南京文獻進行系統蒐集整理，彙編為《金陵全書》影印出版，體現了南京市委、市政府領導的歷史責任感和遠見卓識，體現了市委、市政府領導的高度文化自覺，是貫徹科學發展觀的重要舉措，在全國具有先導作用。
《金陵全書》分甲、乙、丙三編。其中甲編是方誌類，包含南京歷代府志、縣誌、專志；乙編是南京歷代方誌以外的史料；丙編是南京珍貴的歷史檔案。
《金陵全書》為大16開，硬封布面精裝，甲編、乙編、丙編三大類分別用深藍、墨綠、棕色3種顏色區分，每冊800頁左右，全部採用原大影印和部分雙色印刷。封面書名“金陵全書”4字集東晉書法家王羲之字，展現了南京城的古樸與厚重。整個編纂將用15年左右的時間，平均每年出版20冊以上。
《中國戰區受降檔案》
《中國戰區受降檔案》（全12冊）收錄原始檔案資料4800餘頁，封面採用布面精裝，全彩影印，最大程度地呈現了這批檔案的歷史原貌，堪稱是中華民族的勝利寶典。封面上的英文字母“V”，出自1945年中國戰區受降儀式會場——原中國陸軍總司令部大禮堂鐘樓以及大禮堂內前廳裝飾的表示勝利的“V”型標誌。
《中國戰區受降檔案》是自1945年中國抗戰勝利以來，第一次系統整理出版的中國戰區受降檔案，首次全面披露了中國戰區受降、128萬餘日軍投降的內幕和經過。作為中國戰區受降的重要文獻，本書重點收錄了當時中國戰區和各受降區受降的綜合報告類檔案、文電、地圖以及歷史照片等原始文獻資料，集中反映了從1945年8月到1946年2月中國政府對128萬餘日軍實施受降，及對各地日偽機關、產業、物資等進行接收的實際情況，是對中國戰區受降歷史的一次全面展示，對研究第二次世界大戰中的中國戰場具有重要的參考價值。
《南京大屠殺死難者國家公祭讀本》
南京出版社為配合南京大屠殺死難者國家公祭日活動的開展，南京市教育局，侵華日軍南京大屠殺遇難同胞紀念館與南京出版傳媒集團組織有關專家、教師編寫了《南京大屠殺死難者國家公祭讀本》，包括《血火記憶》《歷史真相》《警示思考》三冊，分別供國小、國中、高中學生閱讀和學習。
《歷史真相》以“銘記歷史、緬懷先烈、珍視和平、警示未來”為主題，內容包括戰前的南京、南京保衛戰、南京大屠殺、救援與揭露、歷史的審判、記憶與公祭六部分。以全面展現史實、增進歷史認知為目的，每部分均包括導讀、正文、連結史實、活動建議四方面內容。按照歷史發展的時序，採用“點線”結合的呈現方式，通過“點”與“點”之間的聯繫，構成較為清晰的“線”，幫助學生在掌握相關歷史事實的基礎上理解歷史發展的過程。
《血火記憶》的讀本國小版，分為：浴血守城、災難降臨、人性光輝、正義審判、珍視和平、國家公祭六個部分。告訴小學生應該進一步了解歷史真相，銘記歷史教訓，更好地建設和平未來。
《警示思考》採取“專題-探究”結合的方式，將這段歷史分為“對南京保衛戰的分析”、“對日軍暴行的思考”、“對安全區的解讀”、“對歷史的反思”、“對國家公祭的認識”五部分，設定了課堂閱讀、自主閱讀、自主思考等環節，以典型歷史材料和相關解讀對這些專題進行全方位、多角度探討，力圖通過探究和思考這些具有思辨性的專題，提升歷史思維能力，進一步形成善待生命、追求和平的人文主義精神，以啟發學生對中華民族及全人類命運的深層思考。
榮譽
南京出版社先後有300多種圖書獲得中宣部“五個一工程”獎、中國圖書獎，以及各級各類獎項。出版的《南京百年城市史》（1套13本）、《南京保衛戰史》、《掌握命運創造歷史的哲學——對中國馬克思主義哲學範式的研究》、《希臘遺教：藝術教育與公民德行》4種圖書分別獲得2013年華東地區優秀哲學社會科學圖書一、二等獎。
