簡介
各種生物都是有細菌的，但分有害菌和無害菌，有害菌可以使身體不適，要消滅它可是無害菌不會給身體帶來不適而且還有益，可以和被寄生的生物共生的細菌稱為共生細菌。
在人的身體內，住著數以萬億計的細菌和其他微生物。它們寄生在人們的皮膚、生殖器、口腔，特別是腸道等部位。實際上，人體細胞並不是人體內數量最多的細胞，共生細菌的數量是人體細胞的10倍。由微生物細胞和它們所包含的基因組成的細菌群落，不僅不會危害我們的健康，反而對人體有益，能幫助身體進行消化、生長和防禦。
與人體
人體內的共生細菌普林斯頓大學的生物學家BonnieBassler曾經舉過一個例子：一個人大約有1萬億個人體細胞，而他體內的細菌數量卻可以多達10萬億個。所以某種意義上，當我們看到一個人在大街上走的時候，我們看到的90%是細菌。
人體內的共生菌分布很廣，理論上，任何可以和環境接觸的地方都有共生菌的存在——皮膚，眼睛，呼吸道黏膜上都存在著不同的微生物。不過，它們大多數存在於消化系統，尤其是大腸里。這些共生菌與我們互利互惠，建立起雙贏的關係。一方面，我們溫暖濕潤的臟器為它們提供相對安全穩定的生活環境以及豐富的營養物質；另一方面，這些細菌參與食物消化代謝、幫助我們抵禦外敵，對人體健康有著重要意義。所以有人把它們稱為“被遺忘的器官”。
人從很小的時候開始，體內就有一個微生物群落，當然，這些細菌並不是與生俱來的。每個人都是在與周圍環境接觸的過程中，漸漸形成自己的共生細菌群落的。一般說來，子宮內沒有細菌，所以生命之初的胎兒是真正無菌的個體。但是，當新生兒通過產道時，母親體內的共生細菌，就會轉移到嬰兒身上，並開始繁殖。隨著與父母、祖父母、兄弟姐妹、朋友，還有床單、毯子、寵物等的接觸，嬰兒體內的細菌會變得越來越多，到嬰幼兒晚期，人體內已經形成了地球上最複雜的微生物群落。
基因研究
每種共生細菌都有自己的“身份證”16S核糖體RNA基因，在每種細菌中，這種基因都不一樣。該基因可以編碼核糖體中特定的RNA分子（核糖體是細胞中負責合成蛋白質的機器）。科學家試圖通過確定這類基因的序列，打造一本“人體細菌手冊”。這樣，我們就可以知道自己體內有哪些細菌，和別人體內的細菌有什麼不同。
在美國和歐洲，各有一組科學家利用計算機和超快的基因測序儀新技術，對人體內的細菌基因進行統計。2010年初，歐洲小組發表了他們對人體消化系統中細菌基因數目的統計結果330萬個基因(來自1000多個菌種)，差不多是人類基因數量的150倍（人類有2萬~2.5萬個基因）。
在研究人體內細菌群落的過程中，有許多令人驚奇的發現比如，你幾乎找不到細菌群落組成完全一樣的兩個人，即使是同卵雙胞胎。
免疫學特點
利於健康方面
發表於《免疫學》（Immunity）雜誌上的一項研究中，來自賓夕法尼亞大學佩雷爾曼醫學院的微生物學副教授DavidArtis博士及博士後研究人員MichaelAbt證實這些共生細菌也是對抗病毒感染的必要條件。這些微生物夥伴通過多種途徑提供有利的幫助，從幫助消化食物到形成健康免疫系統。
致病因素
但是，即使是最有益的細菌，如果它們在不恰當的地方大量滋生的話，也可能導致嚴重的疾病。比如，細菌跑到血液中，就會導致敗血症；進入腹部器官之間的組織網路中，就會導致腹膜炎。
